From a9b878671cb918e43bf6b75a4a10a9c03aaa5318 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?M=C3=A9lanie=20=20HENNART?= <melanie.hennart@pasteur.fr>
Date: Wed, 30 May 2018 10:57:39 +0200
Subject: [PATCH] Update README.md

---
 README.md | 4 +---
 1 file changed, 1 insertion(+), 3 deletions(-)

diff --git a/README.md b/README.md
index 6b8a203..c8a8088 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -75,8 +75,7 @@ In the example folder, you have example files from the following command:
 ```bash
 python LINcode.py -i BIGSdb_eliza.txt -t 1-2 -l 3- -b 10,20,50,80,99.68,99.74,99.81,99.87,99.94,100
 ```
-output : 
-
+This code ligne return : 
     - .lin file : 
     
 ```bash
@@ -92,7 +91,6 @@ output :
 16_0_0_0_1_0_0_0_0_0	9	6	0	0	0	4	9	6	5	8	0	0	6	6	6	8	0	6	8	0	0	6	6	4	8	0	6	0	6	5	6	6	0	5	7	6	6	6	6	8	9	6	6	0	6	6	8	6	6	6	8	8	0	6	9	0	6	0	6	6	7	4	0	6	5	0	4	4	5	5	0	5	5	0	8	5	0	0	7	4	6	5	5	5	6	5	0	0	6	6	6	6	9	7	7	6	5	9	8	0	6	6	3	0	4	6	0	6	0	5	0	6	3	8	6	5	4	6	0	8	8	0	6	8	0	5	6	6	6	6	6	6	6	9	6	5	4	9	5	6	0	5	6	6	0	5	0	6	9	6	6	0	7	0	4	10	0	5	6	9	9	0	6	8	6	6	0	0	8	8	7	0	6	6	8	6	9	6	6	0	0	8	5	6	9	6	5	0	6	8	6	5	8	7	0	6	8	5	6	5	7	7	7	5	5	5	5	6	8	0	0	8	8	6	6	5	5	9	9	8	6	6	6	8	6	8	9	6	0	5	0	0	6	9	6	6	6	6	0	6	9	6	5	6	6	5	5	6	6	6	6	5	5	6	6	5	7	6	0	0	0	9	7	0	0	0	0	6	6	6	5	6	0	0	6	0	0	6	8	6	0	6	9	6	6	8	0	6	5	0	6	5	6	0	9	6	0	6	5	6	5	6	0	0	6	9	6	6	9	0	6	6	0	8	0	8	9	6	10	6	9	8	5	6	5	6	0	7	6	6	5	6	0	5	4	4	0	8	9	6	0	0	6	5	5	6	6	0	6	6	9	5	6	8	6	8	5	0	6	5	4	4	0	0	5	5	3	8	6	6	6	5	0	0	4	0	0	5	7	0	6	6	5	2	8	6	6	0	4	8	3	4	3	8	5	5	3	5	6	6	6	6	6	6	6	0	5	9	9	9	6	5	4	6	6	8	8	8	6	0	7	4	5	5	3	0	6	6	8	4	6	7	5	6	6	6	5	6	6	7	4	6	5	6	5	6	6	5	7	8	8	6	6	7	4	5	5	9	0	9	6	6	5	8	6	5	8	6	5	6	5	8	8	0	9	6	7	0	8	5	6	0	5	7	8	0	7	6	6	6	3	5	8	5	4	6	6	6	6	6	8	5	5	5	8	6	5	6	7	9	5	6	6	0	6	7	0	6	2	6	7	6	6	5	6	9	6	4	0	7	4	0	8	6	6	0	0	5	0	9	6	7	6	6	6	6	4	9	5	6	6	4	6	4	5	0	6	5	6	8	9	5	6	8	0	6	5	5	5	6	7	7	6	4	6	6	0	6	6	0	6	6	6	4	6	3	6	8	5	6	3	6	6	7	6	7	9	5	6	6	6	6	6	7	9	3	8	6	6	0	5	6	0	0	3	0	0	8	6	6	6	6	6	6	9	3	6	6	6	4	6	8	6	5	5	5	8	6	8	6	6	8	8	6	9	0	5	5	9	6	6	6	8	4	0	6	7	6	5	6	7	6	4	8	6	6	0	0	11	5	8	5	6	4	6	0	0	7	6	8	5	0	6	0	6	6	6	6	9	6	0	6	6	5	6	6	0	6	6	6	6	6	6	6	0	0	0	8	8	6	0	9	9	6	6	5	4	6	6	4	7	5	6	4	7	6	6	4	6	5	7	0	3	8	5	0	0	6	6	8	6	6	6	9	6	8	5	4	0	5	7	3	5	7	5	6	6	6	5	5	7	5	6	0	6	9	6	5	6	6	6	9	6	7	6	4	5	6	4	8	6	0	0	6	5	8	6	4	5	8	2	4	5	3	6	6	4	6	0	0	0	5	9	6	4	0	6	5	6	6	5	0	9	6	6	0	6	5	8	6	6	8	4	0	6	3	0	0	6	6	6	7	5	5	3	8	6	6	6	0	7	5	8	6	6	4	5	6	6	5	9	5	0	5	6	4	3	2	6	6	6	0	6	8	5	9	0	8	8	4	6	0	5	6	0	5	0	0	9	6	7	5	6	6	0	7	0	5	9	7	5	9	5	6	6	6	5	9	6	6	9	6	9	6	6	0	5	6	4	4	6	6	5	5	6	6	5	3	3	4	5	4	3	3	3	3	5	6	4	5	4	6	9	9	0	9	3	7	3	3	6	6	8	0	6	6	6	6	8	6	6	6	5	8	0	0	6	3	0	8	8	9	6	0	6	6	9	9	5	5	0	5	5	4	6	7	6	6	7	6	0	5	5	6	0	8	9	6	9	4	6	6	6	6	4	6	6	6	4	6	8	6	10	8	4	4	4	0	8	6	6	8	0	5	6	6	6	6	5	6	6	8	6	6	6	0	5	6	6	5	6	6	8	5	6	10	5	6	0	8	9	0	0	0	6	0	0	6	6	6	2	5	6	6	6	6	6	6	9	4	0	6	5	0	0	0	7	3	6	8	4	5	8	8	6	6	8	6	8	6	6	4	6	5	4	6	9	0	6	6	6	6	6	6	6	5	2	6	4	6	7	6	0	4	6	4	2	0	0	6	6	7	6	6	5	0	0	8	6	0	0	0	6	8	9	7	5	0	8	0	6	6	9	3	6	4	6	8	6	6	3	8	6	0	6	5	5	0	4	8	6	6	6	8	7	4	0	6	9	9	9	6	4	10	6	8	6	5	8	6	8	0	9	6	6	6	8	6	5	6	6	6	5	0	8	6	8	6	0	6	5	8	5	7	6	6	0	0	5	9	6	8	6	6	4	8	0	8	6	6	0	7	8	0	6	0	0	7	6	0	6	0	6	0	0	6	0	0	0	7	6	6	6	8	6	3	6	6	0	0	6	6	6	6	0	6	6	6	9	6	6	8	6	6	6	6	0	0	8	9	0	4	0	0	4	5	0	0	6	0	7	7	5	6	8	7	0	8	6	6	7	0	8	6	0	0	6	6	5	6	6	6	6	9	9	8	0	6	5	6	6	6	4	0	4	6	3	6	6	6	6	5	5	6	6	8	0	0	5	6	6	0	6	0	6	0	0	0	10	5	0	0	4	5	5	8	6	6	6	6	6	6	6	6	0	7	6	6	3	5	6	2	6	4	0	0	0	7	5	6	6	0	0	0	0	0	6	8	6	8	5	0	6	0	0	0	9	0	0	0	8	0	6	8	5	7	5	0	6	6	8	0	6	7	0	0	8	0	8	0	0	0	9	6	6	8	8	6	6	0	0	6	0	6	0	0	0	6	6	8	6	6	6	10	9	6	0	0	6	6	0	6	5	4	3	0	0	4	6	6	5	4	6	7	5	3	6	6	4	6	5	4	5	5	3	3	6	6	6	0	9	9	3	3	8	6	6	6	0	5	6	6	6	0	6	8	6	5	6	7	6	6	9	6	6	0	6	2	0	4	5	8	5	6	4	3	0	7	6	5	4	0	6	6	2	6	6	9	8	6	6	4	6	6	6	6	6	0	0	6	6	7	5	9	7	5	8	4	9	6	6	7	6	0	0	8	6	6	6	6	4	8	6	5	9	4
 17_0_0_0_0_0_0_0_0_0	21	25	0	0	0	20	29	18	5	20	0	0	18	25	19	22	0	18	8	0	0	19	28	4	19	0	16	0	20	24	19	21	0	20	19	28	19	27	20	24	24	21	26	0	22	17	23	18	15	15	17	27	0	20	21	0	21	0	23	26	20	18	0	25	25	0	15	4	15	24	0	17	19	0	16	22	0	0	20	23	27	20	5	16	23	19	0	0	18	19	28	23	27	21	19	22	17	26	20	0	26	26	3	0	21	26	0	18	0	15	0	22	12	28	19	17	24	19	0	22	25	0	20	26	0	19	23	19	27	19	27	20	20	22	25	21	16	22	19	20	0	13	24	21	0	20	0	20	22	20	21	16	18	22	16	21	0	11	24	25	23	0	13	27	26	24	0	0	17	26	21	0	20	19	25	19	25	17	18	0	0	24	25	21	21	30	20	0	17	8	23	5	20	24	0	21	14	16	21	17	14	7	27	18	18	11	22	17	19	0	0	20	23	26	19	17	18	20	24	23	17	25	26	20	18	17	24	25	0	17	0	0	20	26	27	20	19	16	0	23	9	6	15	31	17	19	18	23	12	19	17	18	16	18	18	5	25	17	0	0	19	22	20	18	0	0	0	18	17	27	20	18	0	0	19	0	0	21	18	22	0	19	27	23	20	20	0	19	5	0	25	24	20	0	25	19	0	18	23	29	14	6	25	0	23	20	16	21	9	0	21	20	19	15	0	26	27	27	21	26	20	15	22	25	24	13	0	19	26	15	15	27	0	20	4	12	0	0	20	23	0	0	17	23	21	18	6	0	28	24	20	20	25	19	19	18	21	19	26	5	10	22	0	0	19	17	16	29	19	23	18	18	0	0	4	0	0	18	14	0	16	22	22	2	24	17	17	0	12	19	15	24	13	27	20	5	12	17	24	21	22	19	27	18	29	18	20	25	23	20	25	25	15	18	19	15	17	14	14	0	15	20	17	19	17	0	26	16	14	15	26	22	14	20	20	19	24	27	24	28	20	24	21	19	19	21	25	16	15	20	18	18	18	18	0	15	15	24	0	26	19	21	16	21	25	5	23	26	26	18	15	0	17	0	18	21	27	0	0	16	23	0	18	18	0	0	21	21	23	23	3	14	18	28	23	25	19	18	25	25	25	18	5	18	8	6	24	6	20	22	25	6	18	0	26	27	0	20	10	20	25	21	19	15	13	28	27	18	0	23	13	0	0	20	17	0	0	17	0	9	19	17	19	26	25	29	17	21	24	23	26	21	24	18	27	0	28	17	16	21	21	20	21	17	0	6	5	16	21	6	21	22	26	10	19	23	0	21	23	22	25	24	22	15	29	14	28	28	23	22	20	27	17	15	13	23	20	5	17	6	21	17	28	23	30	15	19	16	24	0	26	17	0	0	3	0	0	26	23	22	23	24	19	6	26	14	24	26	20	13	23	16	22	23	25	21	16	18	18	28	24	19	22	20	22	0	16	5	26	6	18	17	23	15	0	20	21	19	17	6	23	25	24	26	21	22	0	9	30	18	18	17	18	16	21	0	0	14	21	15	18	0	24	25	22	28	28	19	19	19	0	27	19	14	22	19	0	23	25	26	24	22	16	25	0	0	0	0	0	28	0	25	21	26	17	25	4	6	6	4	23	5	20	17	20	23	14	16	18	20	24	0	15	19	18	0	28	26	26	22	17	25	19	25	18	27	17	4	0	15	16	10	27	26	5	27	18	22	18	18	16	21	18	0	21	21	27	18	21	22	27	28	19	24	19	17	18	18	20	19	25	0	0	6	15	16	20	14	21	24	2	4	22	3	15	22	4	23	0	0	0	17	25	20	15	0	19	13	24	23	18	0	20	26	23	0	21	5	19	16	19	18	15	0	18	3	0	0	23	20	20	24	16	5	12	19	18	18	26	0	25	16	18	22	24	17	5	6	19	23	9	18	0	24	18	11	8	11	16	25	27	0	18	19	16	16	0	23	19	15	18	0	21	19	0	15	0	0	19	27	21	22	24	26	0	17	0	5	27	24	18	19	21	25	19	17	15	18	24	25	29	19	21	26	6	0	21	27	4	4	24	24	24	16	18	24	18	3	3	4	20	17	3	3	3	3	5	6	15	17	4	19	28	0	0	23	3	27	3	3	25	21	19	0	18	20	18	19	19	19	29	19	16	20	0	0	18	13	0	16	18	27	15	24	18	15	16	22	17	24	0	5	5	4	6	21	19	24	25	6	0	0	15	16	0	19	29	21	25	23	27	24	23	27	13	17	6	20	15	29	18	25	28	16	13	15	18	0	26	21	17	20	0	15	23	17	20	25	22	27	20	20	21	21	28	0	16	19	26	5	25	21	27	18	29	21	17	19	0	29	29	0	0	29	13	0	0	18	6	18	2	13	23	29	27	24	19	26	26	18	0	25	23	0	0	0	16	3	19	25	4	13	16	23	27	22	19	28	27	20	17	14	20	5	11	19	23	0	28	26	19	27	20	26	18	14	15	22	16	18	22	24	0	17	20	18	6	0	0	20	27	19	17	19	20	0	0	18	24	0	0	0	17	22	27	28	17	0	26	15	6	28	19	13	21	24	27	8	6	23	17	18	23	0	18	17	17	0	22	17	23	17	25	22	25	19	0	18	21	19	0	16	14	20	20	20	22	19	8	28	27	20	26	23	24	6	23	23	16	20	19	20	15	0	26	23	18	25	0	24	5	19	5	24	19	20	0	0	18	25	18	18	28	23	11	0	0	26	27	24	0	7	19	0	18	0	0	19	20	0	21	0	27	0	0	0	0	0	0	21	19	16	23	27	19	10	21	26	0	0	21	22	16	18	0	19	19	20	26	19	26	18	28	19	6	21	0	0	20	27	0	16	26	0	4	16	0	0	21	0	24	14	19	12	17	23	0	24	26	17	23	0	25	28	0	0	29	20	12	19	17	20	23	28	20	18	0	27	14	19	0	6	13	0	10	20	22	27	23	25	26	14	18	27	20	27	0	0	18	21	20	0	20	0	23	0	0	0	22	19	0	0	4	16	5	17	22	25	20	25	15	22	17	18	0	28	6	19	13	22	19	2	18	14	0	0	0	24	17	21	20	24	0	0	0	0	6	17	0	26	19	0	19	0	0	0	21	0	0	0	21	0	20	18	18	15	15	0	25	16	23	0	13	17	0	0	18	0	18	0	0	0	27	20	25	18	0	18	17	0	0	25	0	27	0	0	0	28	19	18	19	24	18	20	22	27	0	0	19	20	0	19	20	13	3	0	0	13	19	18	13	12	6	15	23	13	17	23	17	26	18	18	21	13	3	3	19	20	25	0	28	9	13	11	26	18	20	6	0	25	25	20	20	18	20	18	16	5	18	19	27	6	21	25	21	0	19	14	0	4	24	27	25	19	15	23	0	19	27	20	24	0	26	25	2	6	18	20	20	24	19	21	21	16	17	19	27	0	0	20	21	25	0	25	16	25	20	17	18	21	19	21	19	0	0	20	29	26	16	28	10	17	26	17	27	21
 ```
-    
     - .txt file : 
     
 ```bash
-- 
GitLab