Commit 0c7d6ca8 authored by Alexis  CRISCUOLO's avatar Alexis CRISCUOLO

fixed bug

parent 96e2eb01
......@@ -63,25 +63,29 @@ public class C2A {
case 'A': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('K'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('N'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // AA.
case 'C': aa = aa.append('T'); ++c; continue; // AC.
case 'G': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('R'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('S'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // AG.
case 'T': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'C': case 'T': aa = aa.append('I'); continue; case 'G': aa = aa.append('M'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } } // AT.
case 'T': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'C': case 'T': aa = aa.append('I'); continue; case 'G': aa = aa.append('M'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // AT.
default: aa = aa.append('X'); ++c; continue; }
case 'C':
switch (cod.charAt(++c)) { // C..
case 'A': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('Q'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('H'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // CA.
case 'C': aa = aa.append('P'); ++c; continue; // CC.
case 'G': aa = aa.append('R'); ++c; continue; // CG.
case 'T': aa = aa.append('L'); ++c; continue; } // CT.
case 'T': aa = aa.append('L'); ++c; continue; // CT.
default: aa = aa.append('X'); ++c; continue; }
case 'G':
switch (cod.charAt(++c)) { // G..
case 'A': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('E'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('D'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // GA.
case 'C': aa = aa.append('A'); ++c; continue; // GC.
case 'G': aa = aa.append('G'); ++c; continue; // GG.
case 'T': aa = aa.append('V'); ++c; continue; } // GT.
case 'T': aa = aa.append('V'); ++c; continue; // GT.
default: aa = aa.append('X'); ++c; continue; }
case 'T':
switch (cod.charAt(++c)) { // T..
case 'A': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('X'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('Y'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // TA.
case 'C': aa = aa.append('S'); ++c; continue; // TC.
case 'G': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': aa = aa.append('X'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('C'); continue; case 'G': aa = aa.append('W'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // TG.
case 'T': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('L'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('F'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } } // TT.
case 'T': switch (cod.charAt(++c)) { case 'A': case 'G': aa = aa.append('L'); continue; case 'C': case 'T': aa = aa.append('F'); continue; default: aa = aa.append('X'); continue; } // TT.
default: aa = aa.append('X'); ++c; continue; }
default: aa = aa.append('X'); ++c; ++c; continue;
}
return aa.toString();
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment