From b9380298b3b0bb7154e4509bc494dbe738451d6d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Alexis CRISCUOLO <criscuol@maestro-submit.maestro.pasteur.fr> Date: Mon, 20 Feb 2023 17:07:23 +0100 Subject: [PATCH] 1.1 --- SimiPlot.sh | 14 ++++++++++---- 1 file changed, 10 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/SimiPlot.sh b/SimiPlot.sh index 2a4de59..d3a36c0 100755 --- a/SimiPlot.sh +++ b/SimiPlot.sh @@ -32,7 +32,11 @@ # = VERSIONS = # # ============ # # # - VERSION=1.0.220321ac # + VERSION=1.1.230220ac # +# + updating finalizers for BLAST+ version >= 2.13.0 # +# + fixed bug when the reference contains multiple sequences # +# # +# VERSION=1.0.220321ac # # # ############################################################################################################## @@ -264,7 +268,7 @@ TMP=$(randfile $OUTFILE.tmp); ## defining traps ############################################################################################ finalizer() { - rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ; + rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.njs $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ; rm -f $FRAG $TMP ; } echoxit() { @@ -311,7 +315,9 @@ fi echo " window size (-w) $WSIZE" ; ## formatting reference sequences ############################################################################ -$MKBNDB -in $REFFILE -out $DB &>/dev/null ; +echo ">ref" > $FRAG ; +grep -v "^>" $REFFILE >> $FRAG ; +$MKBNDB -in $FRAG -out $DB &>/dev/null ; ## checking no. threads ###################################################################################### [ $NTHREADS -lt 1 ] && NTHREADS=1; @@ -341,7 +347,7 @@ do INFO=$(randfile $FASTA.info); INFOFILES="$INFOFILES $INFO"; finalizer() { - rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ; + rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.njs $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ; rm -f $FRAG $TMP ; rm -f $INFOFILES ; } -- GitLab