From b9380298b3b0bb7154e4509bc494dbe738451d6d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Alexis  CRISCUOLO <criscuol@maestro-submit.maestro.pasteur.fr>
Date: Mon, 20 Feb 2023 17:07:23 +0100
Subject: [PATCH] 1.1

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 SimiPlot.sh | 14 ++++++++++----
 1 file changed, 10 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/SimiPlot.sh b/SimiPlot.sh
index 2a4de59..d3a36c0 100755
--- a/SimiPlot.sh
+++ b/SimiPlot.sh
@@ -32,7 +32,11 @@
 # = VERSIONS =                                                                                               #
 # ============                                                                                               #
 #                                                                                                            #
-  VERSION=1.0.220321ac                                                                                       #
+  VERSION=1.1.230220ac                                                                                       #
+# + updating finalizers for BLAST+ version >= 2.13.0                                                         #
+# + fixed bug when the reference contains multiple sequences                                                 #
+#                                                                                                            #
+# VERSION=1.0.220321ac                                                                                       #
 #                                                                                                            #
 ##############################################################################################################
   
@@ -264,7 +268,7 @@ TMP=$(randfile $OUTFILE.tmp);
 
 ## defining traps ############################################################################################
 finalizer() {
-  rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ;
+  rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.njs $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ;
   rm -f $FRAG $TMP ;
 }
 echoxit() {
@@ -311,7 +315,9 @@ fi
 echo " window size      (-w)  $WSIZE" ;
 
 ## formatting reference sequences ############################################################################
-$MKBNDB -in $REFFILE -out $DB &>/dev/null ;
+echo ">ref"            > $FRAG ;
+grep -v "^>" $REFFILE >> $FRAG ;
+$MKBNDB -in $FRAG -out $DB &>/dev/null ;
 
 ## checking no. threads ######################################################################################
 [ $NTHREADS -lt 1 ] && NTHREADS=1;
@@ -341,7 +347,7 @@ do
   INFO=$(randfile $FASTA.info);
   INFOFILES="$INFOFILES $INFO";
   finalizer() {
-    rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ;
+    rm -f $DB $DB.ndb $DB.nhr $DB.nin $DB.njs $DB.not $DB.nsq $DB.ntf $DB.nto ;
     rm -f $FRAG $TMP ;
     rm -f $INFOFILES ;
   }
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