diff --git a/contig_info.sh b/contig_info.sh index cd020ae84730aa299416038271d95de2cf92ea66..a85367337fe582a2aff565b44c7564bdef73c2b7 100755 --- a/contig_info.sh +++ b/contig_info.sh @@ -20,8 +20,7 @@ # Contact: # # Alexis Criscuolo alexis.criscuolo@pasteur.fr # # Genome Informatics & Phylogenetics (GIPhy) giphy.pasteur.fr # -# Bioinformatics and Biostatistics Hub research.pasteur.fr/en/team/hub-giphy # -# USR 3756 IP CNRS research.pasteur.fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub # +# Bioinformatics and Biostatistics Hub research.pasteur.fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub # # Dpt. Biologie Computationnelle research.pasteur.fr/department/computational-biology # # Institut Pasteur, Paris, FRANCE research.pasteur.fr # # # @@ -94,6 +93,18 @@ fi # # ############################################################################################################# +############################################################################################################# +# # +# ================ # +# = CONSTANTS = # +# ================ # +# # +# = temp directory ======================================================================================= # +# # + TEMP_DIR=${TMPDIR:-/tmp}; +# # +############################################################################################################# + ############################################################################################################# # # # ================ # @@ -104,7 +115,7 @@ fi # returns a random file name within /tmp/ # # # randomfile() { - rdmf=/tmp/$RANDOM; while [ -e $rdmf ]; do rdmf=/tmp/$RANDOM ; done + rdmf=$TEMP_DIR/$RANDOM; while [ -e $rdmf ]; do rdmf=$TEMP_DIR/$RANDOM ; done echo $rdmf ; } # #