From 07e3a16808466c42ce399385a221909aa05908f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: criscuol <alexis.criscuolo@pasteur.fr>
Date: Wed, 24 Mar 2021 15:30:29 +0100
Subject: [PATCH] 2.0
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contig_info.sh | 17 ++++++++++++++---
1 file changed, 14 insertions(+), 3 deletions(-)
diff --git a/contig_info.sh b/contig_info.sh
index cd020ae..a853673 100755
--- a/contig_info.sh
+++ b/contig_info.sh
@@ -20,8 +20,7 @@
# Contact: #
# Alexis Criscuolo alexis.criscuolo@pasteur.fr #
# Genome Informatics & Phylogenetics (GIPhy) giphy.pasteur.fr #
-# Bioinformatics and Biostatistics Hub research.pasteur.fr/en/team/hub-giphy #
-# USR 3756 IP CNRS research.pasteur.fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub #
+# Bioinformatics and Biostatistics Hub research.pasteur.fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub #
# Dpt. Biologie Computationnelle research.pasteur.fr/department/computational-biology #
# Institut Pasteur, Paris, FRANCE research.pasteur.fr #
# #
@@ -94,6 +93,18 @@ fi
# #
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+# #
+# ================ #
+# = CONSTANTS = #
+# ================ #
+# #
+# = temp directory ======================================================================================= #
+# #
+ TEMP_DIR=${TMPDIR:-/tmp};
+# #
+#############################################################################################################
+
#############################################################################################################
# #
# ================ #
@@ -104,7 +115,7 @@ fi
# returns a random file name within /tmp/ #
# #
randomfile() {
- rdmf=/tmp/$RANDOM; while [ -e $rdmf ]; do rdmf=/tmp/$RANDOM ; done
+ rdmf=$TEMP_DIR/$RANDOM; while [ -e $rdmf ]; do rdmf=$TEMP_DIR/$RANDOM ; done
echo $rdmf ;
}
# #
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