diff --git a/contig_info.sh b/contig_info.sh
index 14a059da4889513b7da3993a717b8d8d1b62187f..c17a2ce98cdd4315c94e12b74ea9af43013661b9 100755
--- a/contig_info.sh
+++ b/contig_info.sh
@@ -70,12 +70,13 @@
#############################################################################################################
# #
# ================ #
-# = MANUAL = #
+# = FUNCTIONS = #
# ================ #
# #
+# = mandoc() ============================================================================================= #
+# prints the doc #
# #
-if [ "$1" == "-h" ] || [ $# -lt 1 ]
-then
+mandoc() {
echo -e "\n\033[1m contig_info v$VERSION $COPYRIGHT\033[0m";
cat <<EOF
@@ -93,16 +94,7 @@ then
-h prints this help and exits
EOF
- [ "$1" == "-h" ] && exit 0 || exit 1 ;
-fi
-# #
-#############################################################################################################
-
-#############################################################################################################
-# #
-# ================ #
-# = FUNCTIONS = #
-# ================ #
+}
# #
# = randomfile() ========================================================================================= #
# creates a random file within $TEMP_DIR and returns its name #
@@ -118,6 +110,8 @@ randomfile() {
#### INITIALIZING PARAMETERS AND READING OPTIONS ####
#### ####
#############################################################################################################
+if [ $# -lt 1 ]; then mandoc ; exit 1 ; fi
+
export LC_ALL=C;
MIN_CONTIG_LGT=1;
@@ -125,15 +119,15 @@ GENOME_SIZE=0;
RES_CONTENT=false;
TSVOUT=false;
-while getopts m:g:tr option
+while getopts m:g:trh option
do
case $option in
- m) MIN_CONTIG_LGT=$OPTARG ;;
- g) GENOME_SIZE=$OPTARG ;;
- r) RES_CONTENT=true ;;
- t) TSVOUT=true ;;
- :) echo "option $OPTARG : missing argument" ; exit 1 ;;
- \?) echo "$OPTARG : option invalide" ; exit 1 ;;
+ m) MIN_CONTIG_LGT=$OPTARG ;;
+ g) GENOME_SIZE=$OPTARG ;;
+ r) RES_CONTENT=true ;;
+ t) TSVOUT=true ;;
+ h) mandoc ; exit 0 ;;
+ \?) mandoc ; exit 1 ;;
esac
done
if ! [[ $MIN_CONTIG_LGT =~ ^[0-9]+$ ]]; then echo " incorrect value (option -m): $MIN_CONTIG_LGT" >&2 ; exit 1 ; fi