{
"cells": [
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 1,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": [
"# !conda env list\n",
"# !pip install aicsimageio[bioformats]\n",
"from aicsimageio import AICSImage, formats\n"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 2,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"ename": "UnsupportedFileFormatError",
"evalue": "AICSImage does not support the image: '/home/aaristov/Anchor/Lena/Data/20210622-MIC-load/10ng-BF.nd2'. File extension suggests format: 'nd2'. Install extra format dependency with: `pip install aicsimageio[bioformats]`. See all known format extensions and their extra install name with `aicsimageio.formats.FORMAT_IMPLEMENTATIONS`.",
"output_type": "error",
"traceback": [
"\u001b[0;31m---------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
"\u001b[0;31mUnsupportedFileFormatError\u001b[0m Traceback (most recent call last)",
"\u001b[0;32m<ipython-input-2-6b56024d61cc>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[0;34m\u001b[0m\n\u001b[0;32m----> 1\u001b[0;31m \u001b[0mimg\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mAICSImage\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m'/home/aaristov/Anchor/Lena/Data/20210622-MIC-load/10ng-BF.nd2'\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m",
"\u001b[0;32m~/miniconda3/envs/nd2/lib/python3.8/site-packages/aicsimageio/aics_image.py\u001b[0m in \u001b[0;36m__init__\u001b[0;34m(self, image, reader, reconstruct_mosaic, **kwargs)\u001b[0m\n\u001b[1;32m 214\u001b[0m \u001b[0;32mif\u001b[0m \u001b[0mreader\u001b[0m \u001b[0;32mis\u001b[0m \u001b[0;32mNone\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m 215\u001b[0m \u001b[0;31m# Determine reader class and create dask delayed array\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 216\u001b[0;31m \u001b[0mReaderClass\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mself\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mdetermine_reader\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0mimage\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m \u001b[0;34m**\u001b[0m\u001b[0mkwargs\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[1;32m 217\u001b[0m \u001b[0;32melse\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m 218\u001b[0m \u001b[0;31m# Init reader\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
"\u001b[0;32m~/miniconda3/envs/nd2/lib/python3.8/site-packages/aicsimageio/aics_image.py\u001b[0m in \u001b[0;36mdetermine_reader\u001b[0;34m(image, **kwargs)\u001b[0m\n\u001b[1;32m 180\u001b[0m \u001b[0;32mif\u001b[0m \u001b[0mpath\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mlower\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m.\u001b[0m\u001b[0mendswith\u001b[0m\u001b[0;34m(\u001b[0m\u001b[0;34mf\".{format_ext}\"\u001b[0m\u001b[0;34m)\u001b[0m\u001b[0;34m:\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m 181\u001b[0m \u001b[0minstaller\u001b[0m \u001b[0;34m=\u001b[0m \u001b[0mREADER_TO_INSTALL\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0mreaders\u001b[0m\u001b[0;34m[\u001b[0m\u001b[0;36m0\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m]\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m--> 182\u001b[0;31m raise exceptions.UnsupportedFileFormatError(\n\u001b[0m\u001b[1;32m 183\u001b[0m \u001b[0;34m\"AICSImage\"\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m 184\u001b[0m \u001b[0mpath\u001b[0m\u001b[0;34m,\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0;34m\u001b[0m\u001b[0m\n",
"\u001b[0;31mUnsupportedFileFormatError\u001b[0m: AICSImage does not support the image: '/home/aaristov/Anchor/Lena/Data/20210622-MIC-load/10ng-BF.nd2'. File extension suggests format: 'nd2'. Install extra format dependency with: `pip install aicsimageio[bioformats]`. See all known format extensions and their extra install name with `aicsimageio.formats.FORMAT_IMPLEMENTATIONS`."
]
}
],
"source": [
"img = AICSImage('/home/aaristov/Anchor/Lena/Data/20210622-MIC-load/10ng-BF.nd2')"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 6,
"metadata": {},
"outputs": [
{
"data": {
"text/plain": [
"{'1sc': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" '2fl': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" '3fr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'acff': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'acqp': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'afi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'afm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'aim': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'al3d': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ali': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'am': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'amiramesh': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ano': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'apl': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'arf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'array-like': ['aicsimageio.readers.array_like_reader.ArrayLikeReader'],\n",
" 'arw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'avi': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'bay': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'bif': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'bin': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'bip': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'bmp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'bmq': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'bsdf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'bufr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'bw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'c01': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cap': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'cat': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cfg': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ch5': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cif': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cine': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'cr2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'crw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cs1': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'csv': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ct': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ct.img': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'cur': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'cut': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'cxd': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'czi': ['aicsimageio.readers.czi_reader.CziReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dat': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'db': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dc2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dcm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dcr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dcx': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dds': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'df3': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dicom': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dm2': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dm3': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dng': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'drf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dsc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'dti': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'dv': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ecw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'emf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'eps': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'epsi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'erf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'exp': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'exr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'fake': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fdf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fff': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ffr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fid': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fit': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'fits': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'flc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'flex': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fli': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'fpx': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'frm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ftc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'fts': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ftu': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'fz': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'g3': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'gbr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'gdcm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'gel': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'gif': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'gipl': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'grey': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'grib': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'h5': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'hdf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'hdf5': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'hdp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'hdr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'hed': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'his': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'htd': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'htm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'html': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'hx': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'i2i': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ia': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'icns': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ico': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ics': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ids': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'iff': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'iim': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'iiq': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'im': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'im3': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'img': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'imggz': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ims': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'inf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'inr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ipl': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ipm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ipw': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'j2c': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'j2k': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jfif': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jif': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jng': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jp2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jpc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jpe': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jpeg': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jpf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'jpg': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jpk': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jpx': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'jxr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'k25': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'kc2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'kdc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'klb': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'koa': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'l2d': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'labels': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'lbm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'lei': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'lfp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'lfr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'lif': ['aicsimageio.readers.lif_reader.LifReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'liff': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'lim': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'lms': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'lsm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mdb': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mdc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mef': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mgh': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mha': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mhd': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mic': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mkv': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mnc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mnc2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mng': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mod': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mos': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mov': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mp4': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mpeg': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mpg': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mpo': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mrc': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mri': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'mrw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'msp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'msr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mtb': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'mvd2': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'naf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'nd': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'nd2': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ndpi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ndpis': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'nef': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'nhdr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'nia': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'nii': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'nii.gz': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'niigz': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'npz': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'nrrd': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'nrw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'obf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'oib': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'oif': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'oir': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ome': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ome.tif': ['aicsimageio.readers.ome_tiff_reader.OmeTiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.tiff_reader.TiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ome.tiff': ['aicsimageio.readers.ome_tiff_reader.OmeTiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.tiff_reader.TiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'orf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'par': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pbm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pcd': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pcoraw': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pct': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pcx': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pef': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pfm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pgm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pic': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pict': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'png': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'pnl': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ppm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pr3': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ps': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'psd': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'ptx': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pxn': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'pxr': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'qptiff': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'qtk': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'r3d': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'raf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'ras': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'raw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'rcpnl': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'rdc': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'rec': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'rgb': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'rgba': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'rw2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'rwl': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'rwz': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'scan': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'scn': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sdt': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'seq': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sif': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sld': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sm2': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sm3': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'spc': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'spe': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'spi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sr2': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'srf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'srw': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'st': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'sti': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'stk': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'stp': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'svs': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'swf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'sxm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'targa': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'tfr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'tga': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'thm': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'tif': ['aicsimageio.readers.ome_tiff_reader.OmeTiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.tiff_reader.TiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'tiff': ['aicsimageio.readers.ome_tiff_reader.OmeTiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.tiff_reader.TiffReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader',\n",
" 'aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'tim': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'tnb': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'top': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'txt': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'v': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'vff': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'vms': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'vsi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'vtk': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'vws': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'wap': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wat': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'wav': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'wbm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wbmp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wdp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'webp': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wlz': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'wmf': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wmv': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'wpi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xbm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'xdce': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xml': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xpm': ['aicsimageio.readers.default_reader.DefaultReader'],\n",
" 'xqd': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xqf': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xv': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'xys': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'zfp': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'zfr': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'zip': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'zpo': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader'],\n",
" 'zvi': ['aicsimageio.readers.bioformats_reader.BioformatsReader']}"
]
},
"execution_count": 6,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"
}
],
"source": [
"formats.FORMAT_IMPLEMENTATIONS"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"metadata": {},
"outputs": [],
"source": []
}
],
"metadata": {
"kernelspec": {
"display_name": "Python 3",
"language": "python",
"name": "python3"
},
"language_info": {
"codemirror_mode": {
"name": "ipython",
"version": 3
},
"file_extension": ".py",
"mimetype": "text/x-python",
"name": "python",
"nbconvert_exporter": "python",
"pygments_lexer": "ipython3",
"version": "3.8.3"
}
},
"nbformat": 4,
"nbformat_minor": 4
}