conkit reader integration

• Fusionner types dans la commande ariaec setup
• Modifier la fonction MapFile.read() et utiliser la fonction load uniquement si chek_type a été appelé
• hierarchy = conkit.read(f_in, 'file_format')
• isinstance(hierarchy, conkit.core.contactfile.ContactFile) --> traitement ecs
• isinstance(hierarchy, conkit.core.sequencefile.SequenceFile) --> traitement msa