diff --git a/.gitmodules b/.gitmodules index 5e6e28941d1e481d5bdcd0dabd1c4b4e02201081..5637a77d01c37a95e2102f59da606ed4be70bf0a 100644 --- a/.gitmodules +++ b/.gitmodules @@ -19,3 +19,6 @@ [submodule "plotting_scripts"] path = plotting_scripts url = git@gitlab.pasteur.fr:bli/plotting_scripts.git +[submodule "snakemake_wrappers"] + path = snakemake_wrappers + url = git@gitlab.pasteur.fr:bli/snakemake_wrappers.git diff --git a/snakemake_wrappers b/snakemake_wrappers new file mode 160000 index 0000000000000000000000000000000000000000..2295326f9037d590ba5953cba6c436af729b8efa --- /dev/null +++ b/snakemake_wrappers @@ -0,0 +1 @@ +Subproject commit 2295326f9037d590ba5953cba6c436af729b8efa diff --git a/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py b/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py deleted file mode 100644 index f3a4218121589a08554a5c1269066910402178da..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,7 +0,0 @@ -import pandas as 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py deleted file mode 100644 index d3d7c6945d49be59f8e67023075128ff241d735c..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.7d9py3f6.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.7d9py3f6.wrapper.py deleted file mode 100644 index c9663447da518fbfb0b29efe53a236e4ee45f04c..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.7d9py3f6.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.by3fj1v8.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.by3fj1v8.wrapper.py deleted file mode 100644 index b69adf099009c8270b555beb0dffb3f170368cda..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.by3fj1v8.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.ftb48_zh.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.ftb48_zh.wrapper.py deleted file mode 100644 index eaa37b22404ebf785cbc09529c7369c5a87a3cb5..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.ftb48_zh.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05X[\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_HS30RT120_1_18-26_on_C_elegans/all_siRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XJ\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1/all_siRNA_on_C_elegans.samq\rX\\\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1_all_siRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.km0dybww.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.km0dybww.wrapper.py deleted file mode 100644 index d575a1df52e0589dcbf792e982eb196ffc4edf51..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.km0dybww.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q4x91jrv.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q4x91jrv.wrapper.py deleted file mode 100644 index 3b4e16626c27a914722ecc4e87e869fa4ae734f8..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q4x91jrv.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py deleted file mode 100644 index 5c71cdca8be7ac2bf8be5e5c4c66cbc73aaa44b9..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XP\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_RT_2_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(X?\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_RT_2/piRNA_on_C_elegans.samq\rXQ\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_RT_2_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.uh5y8lab.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.uh5y8lab.wrapper.py deleted file mode 100644 index 8fbe9363b768c1d02ce63dc11ac4719c7219eaec..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.uh5y8lab.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py deleted file mode 100644 index 3cd1683a96244db4f914ab9a9385ff35a2f0ad20..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py deleted file mode 100644 index 0d4f9733e6c0ad287e09c48a4ed780e11fc5fafd..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ - -######## Snakemake header ######## -import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XW\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_HS30RT120_1_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XF\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1/piRNA_on_C_elegans.samq\rXX\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\t\x00\x00\x00HS30RT120q!X\x01\x00\x00\x001q"X\x05\x00\x00\x00piRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_1_piRNA.logq?X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_1_piRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(h"X\x01\x00\x00\x002qdeX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.') -######## Original script ######### -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -genome_dir="${{HOME}}/Genomes" -genome="C_elegans" -cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}" - echo ${{cmd}} - eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err} -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py deleted file mode 100644 index 22d901864c04485a2f73c3318f667dc0ce151f41..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -converter="/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genes/genes_id2name.pickle" -cmd="htseq-count -f bam -s {snakemake.params.stranded} -a 0 -t transcript -i gene_id -m {snakemake.params.mode} {snakemake.input.sorted_bam} {snakemake.params.annot} | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}" -echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log} -eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} || error_exit "htseq-count failed" -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/includes/install.sh b/snakemake_wrappers/includes/install.sh deleted file mode 100755 index 5ddc41a80e7fe6839786c8be3efa902015bc1b2a..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/includes/install.sh +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -#!/bin/sh -python3.6 setup.py build_ext -# .egg-link does not work with PYTHONPATH ? -python3.6 -m pip install -e . -python3.6 -m pip install --no-deps --ignore-installed . diff --git a/snakemake_wrappers/includes/setup.py b/snakemake_wrappers/includes/setup.py deleted file mode 100644 index 5a89d013817077e8401c555adf64890de2ff1527..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/includes/setup.py +++ /dev/null @@ -1,32 +0,0 @@ -from setuptools import setup, find_packages -import os -# OPJ = os.path.join -# OPA = os.path.abspath -# OPB = os.path.basename -from glob import glob -#from Cython.Build import cythonize - -#import libworkflows -# Adapted from Biopython -__version__ = "Undefined" -for line in open('smincludes/__init__.py'): - if (line.startswith('__version__')): - exec(line.strip()) - -# _rule_files = [OPA(rule_file) for rule_file in glob(OPJ("smincludes", "*.rules"))] -# print(_rule_files) - -setup( - name="smincludes", - #version=libworkflows.__version__, - version=__version__, - description="Rules that can be included in snakemake workflows.", - author="Blaise Li", - author_email="blaise.li@normalesup.org", - license="MIT", - packages=find_packages(), - package_data={"smincludes": ["*.rules"]}, - ) - #ext_modules = cythonize("libsmallrna/libsmallrna.pyx"), - #install_requires=["cytoolz"], - #zip_safe=False diff --git a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py b/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py deleted file mode 100644 index e98dd9e1639564b8b45d9bd16a5f745d8b452edb..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ -from glob import glob -import os -OPJ = os.path.join -OPA = os.path.abspath -OPB = os.path.basename - -__all__ = ["rules"] - -# The working directory is that of the importing context. -# __path__ gives access to the package path -_local_dir, = __path__ -_rule_files = glob(OPJ(_local_dir, "*.rules")) -rules = {} -for rule_file in _rule_files: - rules[OPB(rule_file)[:-6]] = OPA(rule_file) diff --git a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules b/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules deleted file mode 100644 index c70eebcaf0d955a738e211a87beec3356d3c5490..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules +++ /dev/null @@ -1,21 +0,0 @@ -import os -# Not necessary, because variables defined at include time seem to be -# availble here (same for data_dir). -#lib2raw = config["lib2raw"] - - -def lib2data(wildcards): - return lib2raw[wildcards.lib][wildcards.rep] - - -rule link_raw_data: - """This rule installs the raw data in a local directory using symlinks. - The location of the original files is taken from the configuration.""" - input: - raw = lib2data, - output: - link = os.path.join(data_dir, "{lib}_{rep}.fastq.gz"), - message: - "Making link {output.link} to raw data {input.raw}." - run: - os.symlink(os.path.abspath(input.raw), output.link) diff --git a/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py b/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py deleted file mode 100644 index 622ba6962a1a68cb98e4565cca3305d5578b9f20..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,40 +0,0 @@ -from snakemake.shell import shell -from libworkflows import SHELL_FUNCTIONS -# Define functions to be used in shell portions -shell.prefix(SHELL_FUNCTIONS) - -cmd = """ -# make bedtools crash if it uses too much memory -# http://cr.yp.to/daemontools/softlimit.html -# sudo apt install daemontools -converter="/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genes/genes_id2name.pickle" - -# Put fifos in a temporary directory -workdir=$(mktemp -d) -annot="${{workdir}}/annot.bed" -# Doesn't work if fifo: -# The annot file may have only 3 columns instead of 6 -# Maybe it is read before the line is complete? -#mkfifo ${{annot}} -genome_file="${{workdir}}/chrom_sizes.txt" -mkfifo ${{genome_file}} -cleanup() -{{ - rm -rf ${{workdir}} -}} - -> {snakemake.log.err} - -# Write the fifo(s) in the background -samtools view -H {snakemake.input.sorted_bam} | awk '$1 == "@SQ" {{print $2"\t"$3}}' | sed 's/SN://g' | sed 's/LN://' > ${{genome_file}} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "making ${{genome_file}} failed"; }} & - -#gff_merge_transcripts.sh {snakemake.params.annot} > ${{annot}} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "making merged transcript failed"; }} - -#cmd="bedtools intersect -a ${{annot}} -b {snakemake.input.sorted_bam} -sorted -g ${{genome_file}} -c | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}" -cmd="softlimit -a 4294967296 bedtools intersect -a {snakemake.params.annot} -b {snakemake.input.sorted_bam} -sorted -g ${{genome_file}} -c | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}" -echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log} -eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "bedtools intersect failed"; }} -cleanup -""" - -shell(cmd) diff --git a/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py b/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py deleted file mode 100644 index 5d5e8a021fa64a901d599d56bef67893d7763616..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,29 +0,0 @@ -from snakemake.shell import shell - -def mapping_command(aligner): - """This function returns the shell commands to run given the *aligner*.""" - if aligner == "hisat2": - shell_commands = """ -cmd="niceload --noswap -q hisat2 -p {snakemake.threads} --dta --seed 123 -t {snakemake.params.settings} --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input.fastq} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap_fastq} -S {snakemake.output.sam}" -echo ${{cmd}} 1> {snakemake.log.log} -eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} -""" - elif aligner == "bowtie2": - shell_commands = """ -cmd="niceload --noswap -q bowtie2 -p {snakemake.threads} --seed 123 -t {snakemake.params.settings} --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input.fastq} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap_fastq} -S {snakemake.output.sam}" -echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log} -eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} -""" - elif aligner == "crac": - shell_commands = """ -cmd="niceload --noswap -q crac --nb-threads {snakemake.threads} --summary %s --all %s {snakemake.params.settings} -i {snakemake.params.index} -r {snakemake.input.fastq} --sam {snakemake.output.sam}" -echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log} -eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} -# TODO: extract non mappers from the sam output -> {snakemake.output.nomap_fastq} -""" % (snakemake.output.nomap_fastq.split("_unmapped")[0] + "_summary.txt", snakemake.output.nomap_fastq.split("_unmapped")[0] + "_output.txt") - else: - raise NotImplementedError("%s is not yet handled." % aligner) - return shell_commands - -shell(mapping_command(snakemake.params.aligner)) diff --git a/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py b/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py deleted file mode 100644 index 07d1dab71288811730858287ada91abf805ac4c3..0000000000000000000000000000000000000000 --- a/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py +++ /dev/null @@ -1,8 +0,0 @@ -from snakemake.shell import shell - -cmd = """ -export SAMTOOLS_THREADS={snakemake.threads} -nice -n 19 ionice -c2 -n7 sam2indexedbam.sh {snakemake.input.sam} 1> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} -""" - -shell(cmd)