diff --git a/.gitmodules b/.gitmodules
index 5e6e28941d1e481d5bdcd0dabd1c4b4e02201081..5637a77d01c37a95e2102f59da606ed4be70bf0a 100644
--- a/.gitmodules
+++ b/.gitmodules
@@ -19,3 +19,6 @@
 [submodule "plotting_scripts"]
 	path = plotting_scripts
 	url = git@gitlab.pasteur.fr:bli/plotting_scripts.git
+[submodule "snakemake_wrappers"]
+	path = snakemake_wrappers
+	url = git@gitlab.pasteur.fr:bli/snakemake_wrappers.git
diff --git a/snakemake_wrappers b/snakemake_wrappers
new file mode 160000
index 0000000000000000000000000000000000000000..2295326f9037d590ba5953cba6c436af729b8efa
--- /dev/null
+++ b/snakemake_wrappers
@@ -0,0 +1 @@
+Subproject commit 2295326f9037d590ba5953cba6c436af729b8efa
diff --git a/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py b/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py
deleted file mode 100644
index f3a4218121589a08554a5c1269066910402178da..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/compute_RPK/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-import pandas as pd
-
-counts_data = pd.read_table(snakemake.input.counts_data, index_col="gene")
-feature_lengths = pd.read_table(snakemake.params.feature_lengths_file, index_col="gene")
-common = counts_data.index.intersection(feature_lengths.index)
-rpk = 1000 * counts_data.loc[common].div(feature_lengths.loc[common]["union_exon_len"], axis="index")
-rpk.to_csv(snakemake.output.rpk_file, sep="\t")
diff --git a/snakemake_wrappers/compute_TPM/wrapper.py b/snakemake_wrappers/compute_TPM/wrapper.py
deleted file mode 100644
index f07c15ac6035e0be731d325e677cd8c1daf0b620..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/compute_TPM/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-import pandas as pd
-
-rpk = pd.read_table(snakemake.input.rpk_file, index_col="gene")
-tpm = 1000000 * rpk / rpk.sum()
-tpm.to_csv(snakemake.output.tpm_file, sep="\t")
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.16u5vrtp.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.16u5vrtp.wrapper.py
deleted file mode 100644
index b346e864b5a5c5af118c2b85b5d44282ba7f40ce..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.16u5vrtp.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XR\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_HS30_2_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XA\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_HS30_2/piRNA_on_C_elegans.samq\rXS\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_HS30_2_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\x04\x00\x00\x00HS30q!X\x01\x00\x00\x002q"X\x05\x00\x00\x00piRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X&\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30_2_piRNA.logq?X&\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30_2_piRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(X\x01\x00\x00\x001qdh"eX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
-genome="C_elegans"
-cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}"
-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py
deleted file mode 100644
index d3d7c6945d49be59f8e67023075128ff241d735c..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.5v24inro.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
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-######## Original script #########
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-
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-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
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--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.7d9py3f6.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
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-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
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deleted file mode 100644
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@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XT\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/prg1_HS30_2_siRNA_on_C_elegans/siRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XC\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/prg1_HS30_2/siRNA_on_C_elegans.samq\rXU\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/prg1_HS30_2_siRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x04\x00\x00\x00prg1q X\x04\x00\x00\x00HS30q!X\x01\x00\x00\x002q"X\x05\x00\x00\x00siRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X(\x00\x00\x00logs/map_on_genome_prg1_HS30_2_siRNA.logq?X(\x00\x00\x00logs/map_on_genome_prg1_HS30_2_siRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(X\x01\x00\x00\x001qdh"eX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
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-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
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deleted file mode 100644
index eaa37b22404ebf785cbc09529c7369c5a87a3cb5..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.ftb48_zh.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = 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-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
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-        echo ${{cmd}}
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-
-shell(cmd)
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deleted file mode 100644
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+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XT\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/prg1_HS30_1_siRNA_on_C_elegans/siRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XC\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/prg1_HS30_1/siRNA_on_C_elegans.samq\rXU\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/prg1_HS30_1_siRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x04\x00\x00\x00prg1q X\x04\x00\x00\x00HS30q!X\x01\x00\x00\x001q"X\x05\x00\x00\x00siRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X(\x00\x00\x00logs/map_on_genome_prg1_HS30_1_siRNA.logq?X(\x00\x00\x00logs/map_on_genome_prg1_HS30_1_siRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(h"X\x01\x00\x00\x002qdeX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
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-genome="C_elegans"
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-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
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deleted file mode 100644
index 3b4e16626c27a914722ecc4e87e869fa4ae734f8..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q4x91jrv.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XT\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_RT_2_18-26_on_C_elegans/all_siRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XC\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_RT_2/all_siRNA_on_C_elegans.samq\rXU\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_RT_2_all_siRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq 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-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
-genome="C_elegans"
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-        echo ${{cmd}}
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-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py
deleted file mode 100644
index 5c71cdca8be7ac2bf8be5e5c4c66cbc73aaa44b9..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.q_427g9f.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XP\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_RT_2_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(X?\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_RT_2/piRNA_on_C_elegans.samq\rXQ\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_RT_2_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\x02\x00\x00\x00RTq!X\x01\x00\x00\x002q"X\x05\x00\x00\x00piRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X$\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_RT_2_piRNA.logq?X$\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_RT_2_piRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(X\x01\x00\x00\x001qdh"eX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
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-genome="C_elegans"
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-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
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deleted file mode 100644
index 8fbe9363b768c1d02ce63dc11ac4719c7219eaec..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.uh5y8lab.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XT\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_RT_1_18-26_on_C_elegans/all_siRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XC\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_RT_1/all_siRNA_on_C_elegans.samq\rXU\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_RT_1_all_siRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\x02\x00\x00\x00RTq!X\x01\x00\x00\x001q"X\t\x00\x00\x00all_siRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h 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-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
-genome="C_elegans"
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-        echo ${{cmd}}
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-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py
deleted file mode 100644
index 3cd1683a96244db4f914ab9a9385ff35a2f0ad20..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.v2tkj33z.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XW\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_HS30RT120_2_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XF\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_2/piRNA_on_C_elegans.samq\rXX\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_2_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\t\x00\x00\x00HS30RT120q!X\x01\x00\x00\x002q"X\x05\x00\x00\x00piRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_2_piRNA.logq?X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_2_piRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(X\x01\x00\x00\x001qdh"eX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
-genome="C_elegans"
-cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}"
-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py
deleted file mode 100644
index 0d4f9733e6c0ad287e09c48a4ed780e11fc5fafd..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/.snakemake.weqd46if.wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-
-######## Snakemake header ########
-import sys; sys.path.insert(0, "/home/bli/.local/lib/python3.6/site-packages"); import pickle; snakemake = pickle.loads(b'\x80\x03csnakemake.script\nSnakemake\nq\x00)\x81q\x01}q\x02(X\x05\x00\x00\x00inputq\x03csnakemake.io\nInputFiles\nq\x04)\x81q\x05XW\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/reads/WT_HS30RT120_1_piRNA_on_C_elegans/piRNA.fastq.gzq\x06a}q\x07X\x06\x00\x00\x00_namesq\x08}q\tsbX\x06\x00\x00\x00outputq\ncsnakemake.io\nOutputFiles\nq\x0b)\x81q\x0c(XF\x00\x00\x00results/bowtie2/mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1/piRNA_on_C_elegans.samq\rXX\x00\x00\x00results/bowtie2/not_mapped_C_elegans/WT_HS30RT120_1_piRNA_unmapped_on_C_elegans.fastq.gzq\x0ee}q\x0f(h\x08}q\x10(X\x03\x00\x00\x00samq\x11K\x00N\x86q\x12X\x05\x00\x00\x00nomapq\x13K\x01N\x86q\x14uh\x11h\rh\x13h\x0eubX\x06\x00\x00\x00paramsq\x15csnakemake.io\nParams\nq\x16)\x81q\x17Xk\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Sequence/Bowtie2Index/genomeq\x18a}q\x19(h\x08}q\x1aX\x05\x00\x00\x00indexq\x1bK\x00N\x86q\x1csh\x1bh\x18ubX\t\x00\x00\x00wildcardsq\x1dcsnakemake.io\nWildcards\nq\x1e)\x81q\x1f(X\x02\x00\x00\x00WTq X\t\x00\x00\x00HS30RT120q!X\x01\x00\x00\x001q"X\x05\x00\x00\x00piRNAq#e}q$(h\x08}q%(X\x03\x00\x00\x00libq&K\x00N\x86q\'X\x05\x00\x00\x00treatq(K\x01N\x86q)X\x03\x00\x00\x00repq*K\x02N\x86q+X\t\x00\x00\x00read_typeq,K\x03N\x86q-uX\x03\x00\x00\x00libq.h X\x05\x00\x00\x00treatq/h!X\x03\x00\x00\x00repq0h"X\t\x00\x00\x00read_typeq1h#ubX\x07\x00\x00\x00threadsq2K\x01X\t\x00\x00\x00resourcesq3csnakemake.io\nResources\nq4)\x81q5(K\x01K\x01e}q6(h\x08}q7(X\x06\x00\x00\x00_coresq8K\x00N\x86q9X\x06\x00\x00\x00_nodesq:K\x01N\x86q;uh8K\x01h:K\x01ubX\x03\x00\x00\x00logq<csnakemake.io\nLog\nq=)\x81q>(X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_1_piRNA.logq?X+\x00\x00\x00logs/map_on_genome_WT_HS30RT120_1_piRNA.errq@e}qA(h\x08}qB(X\x07\x00\x00\x00map_logqCK\x00N\x86qDX\x07\x00\x00\x00map_errqEK\x01N\x86qFuhCh?hEh@ubX\x06\x00\x00\x00configqG}qH(X\x07\x00\x00\x00lib2rawqIccollections\nOrderedDict\nqJ)RqK(X\x02\x00\x00\x00WTqLXQ\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/wt{treat}_{rep}.fastq.gzqMX\x04\x00\x00\x00prg1qNXS\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/bli/raw_data/small_RNA-seq/20162212/prg1{treat}_{rep}.fastq.gzqOuX\t\x00\x00\x00lib2adaptqPhJ)RqQ(hLX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqRhNX\x15\x00\x00\x00TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGqSuX\x07\x00\x00\x00missingqT]qUhJ)RqVahLX\x02\x00\x00\x00WTqWX\x06\x00\x00\x00mutantqXX\x04\x00\x00\x00prg1qYX\x05\x00\x00\x00trim5qZX\x01\x00\x00\x004q[X\x05\x00\x00\x00trim3q\\h[X\n\x00\x00\x00treatmentsq]]q^(X\x02\x00\x00\x00RTq_X\x04\x00\x00\x00HS30q`X\t\x00\x00\x00HS30RT120qaeX\n\x00\x00\x00replicatesqb]qc(h"X\x01\x00\x00\x002qdeX\x07\x00\x00\x00min_lenqeX\x02\x00\x00\x0018qfX\x07\x00\x00\x00max_lenqgX\x02\x00\x00\x0026qhX\x0e\x00\x00\x00count_biotypesqi]qj(X\t\x00\x00\x00antisenseqkX\x04\x00\x00\x00tRNAqlX\x05\x00\x00\x00snRNAqmX\x06\x00\x00\x00snoRNAqnX\x04\x00\x00\x00rRNAqoX\x05\x00\x00\x00piRNAqpX\x05\x00\x00\x00ncRNAqqX\x05\x00\x00\x00miRNAqrX\x07\x00\x00\x00lincRNAqsX\x0e\x00\x00\x00protein_codingqtX\n\x00\x00\x00pseudogenequX\t\x00\x00\x00antisenseqvX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskqwX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskqxX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskqyX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskqzeX\x0e\x00\x00\x00annot_biotypesq{]q|(X\t\x00\x00\x00antisenseq}X\x04\x00\x00\x00tRNAq~X\x05\x00\x00\x00snRNAq\x7fX\x06\x00\x00\x00snoRNAq\x80X\x04\x00\x00\x00rRNAq\x81X\x05\x00\x00\x00piRNAq\x82X\x05\x00\x00\x00ncRNAq\x83X\x05\x00\x00\x00miRNAq\x84X\x07\x00\x00\x00lincRNAq\x85X\x12\x00\x00\x00protein_coding_CDSq\x86X\x12\x00\x00\x00protein_coding_UTRq\x87X\x1a\x00\x00\x00protein_coding_pure_intronq\x88X\n\x00\x00\x00pseudogeneq\x89X\t\x00\x00\x00antisenseq\x8aX\x14\x00\x00\x00DNA_transposons_rmskq\x8bX\x14\x00\x00\x00RNA_transposons_rmskq\x8cX\x0f\x00\x00\x00satellites_rmskq\x8dX\x13\x00\x00\x00simple_repeats_rmskq\x8eeX\x08\x00\x00\x00data_dirq\x8fX\x04\x00\x00\x00dataq\x90X\t\x00\x00\x00annot_dirq\x91X_\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genesq\x92X\x0f\x00\x00\x00local_annot_dirq\x93X\x0b\x00\x00\x00annotationsq\x94X\x07\x00\x00\x00alignerq\x95X\x07\x00\x00\x00bowtie2q\x96X\x05\x00\x00\x00indexq\x97h\x18X\x0b\x00\x00\x00convert_dirq\x98X=\x00\x00\x00/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Wormbase/WS253/geneIDsq\x99X\n\x00\x00\x00output_dirq\x9aX\x07\x00\x00\x00resultsq\x9bX\x07\x00\x00\x00log_dirq\x9cX\x04\x00\x00\x00logsq\x9duX\x04\x00\x00\x00ruleq\x9eX\r\x00\x00\x00map_on_genomeq\x9fub.')
-######## Original script #########
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-genome_dir="${{HOME}}/Genomes"
-genome="C_elegans"
-cmd="bowtie2 --seed 123 -t -L 6 -i S,1,0.8 -N 0 --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input[0]} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap} -S {snakemake.output.sam}"
-        echo ${{cmd}}
-        eval ${{cmd}} 1> {snakemake.log.map_log} 2> {snakemake.log.map_err}
-"""
-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py b/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py
deleted file mode 100644
index 22d901864c04485a2f73c3318f667dc0ce151f41..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/htseq_count_reads/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,10 +0,0 @@
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-converter="/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genes/genes_id2name.pickle"
-cmd="htseq-count -f bam -s {snakemake.params.stranded} -a 0 -t transcript -i gene_id -m {snakemake.params.mode} {snakemake.input.sorted_bam} {snakemake.params.annot} | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}"
-echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log}
-eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err} || error_exit "htseq-count failed"
-"""
-
-shell(cmd)
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deleted file mode 100755
index 5ddc41a80e7fe6839786c8be3efa902015bc1b2a..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/includes/install.sh
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-#!/bin/sh
-python3.6 setup.py build_ext
-# .egg-link does not work with PYTHONPATH ?
-python3.6 -m pip install -e .
-python3.6 -m pip install  --no-deps --ignore-installed .
diff --git a/snakemake_wrappers/includes/setup.py b/snakemake_wrappers/includes/setup.py
deleted file mode 100644
index 5a89d013817077e8401c555adf64890de2ff1527..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/includes/setup.py
+++ /dev/null
@@ -1,32 +0,0 @@
-from setuptools import setup, find_packages
-import os
-# OPJ = os.path.join
-# OPA = os.path.abspath
-# OPB = os.path.basename
-from glob import glob
-#from Cython.Build import cythonize
-
-#import libworkflows
-# Adapted from Biopython
-__version__ = "Undefined"
-for line in open('smincludes/__init__.py'):
-    if (line.startswith('__version__')):
-        exec(line.strip())
-
-# _rule_files = [OPA(rule_file) for rule_file in glob(OPJ("smincludes", "*.rules"))]
-# print(_rule_files)
-
-setup(
-    name="smincludes",
-    #version=libworkflows.__version__,
-    version=__version__,
-    description="Rules that can be included in snakemake workflows.",
-    author="Blaise Li",
-    author_email="blaise.li@normalesup.org",
-    license="MIT",
-    packages=find_packages(),
-    package_data={"smincludes": ["*.rules"]},
-    )
-    #ext_modules = cythonize("libsmallrna/libsmallrna.pyx"),
-    #install_requires=["cytoolz"],
-    #zip_safe=False
diff --git a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py b/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py
deleted file mode 100644
index e98dd9e1639564b8b45d9bd16a5f745d8b452edb..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/__init__.py
+++ /dev/null
@@ -1,15 +0,0 @@
-from glob import glob
-import os
-OPJ = os.path.join
-OPA = os.path.abspath
-OPB = os.path.basename
-
-__all__ = ["rules"]
-
-# The working directory is that of the importing context.
-# __path__ gives access to the package path
-_local_dir, = __path__
-_rule_files = glob(OPJ(_local_dir, "*.rules"))
-rules = {}
-for rule_file in _rule_files:
-    rules[OPB(rule_file)[:-6]] = OPA(rule_file)
diff --git a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules b/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules
deleted file mode 100644
index c70eebcaf0d955a738e211a87beec3356d3c5490..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/includes/smincludes/link_raw_data.rules
+++ /dev/null
@@ -1,21 +0,0 @@
-import os
-# Not necessary, because variables defined at include time seem to be
-# availble here (same for data_dir).
-#lib2raw = config["lib2raw"]
-
-
-def lib2data(wildcards):
-    return lib2raw[wildcards.lib][wildcards.rep]
-
-
-rule link_raw_data:
-    """This rule installs the raw data in a local directory using symlinks.
-    The location of the original files is taken from the configuration."""
-    input:
-        raw = lib2data,
-    output:
-        link = os.path.join(data_dir, "{lib}_{rep}.fastq.gz"),
-    message:
-        "Making link {output.link} to raw data {input.raw}."
-    run:
-        os.symlink(os.path.abspath(input.raw), output.link)
diff --git a/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py b/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py
deleted file mode 100644
index 622ba6962a1a68cb98e4565cca3305d5578b9f20..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/intersect_count_reads/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,40 +0,0 @@
-from snakemake.shell import shell
-from libworkflows import SHELL_FUNCTIONS
-# Define functions to be used in shell portions
-shell.prefix(SHELL_FUNCTIONS)
-
-cmd = """
-# make bedtools crash if it uses too much memory
-# http://cr.yp.to/daemontools/softlimit.html
-# sudo apt install daemontools
-converter="/pasteur/entites/Mhe/Genomes/C_elegans/Caenorhabditis_elegans/Ensembl/WBcel235/Annotation/Genes/genes_id2name.pickle"
-
-# Put fifos in a temporary directory
-workdir=$(mktemp -d)
-annot="${{workdir}}/annot.bed"
-# Doesn't work if fifo:
-# The annot file may have only 3 columns instead of 6
-# Maybe it is read before the line is complete?
-#mkfifo ${{annot}}
-genome_file="${{workdir}}/chrom_sizes.txt"
-mkfifo ${{genome_file}}
-cleanup()
-{{
-    rm -rf ${{workdir}}
-}}
-
-> {snakemake.log.err}
-
-# Write the fifo(s) in the background
-samtools view -H {snakemake.input.sorted_bam} | awk '$1 == "@SQ" {{print $2"\t"$3}}' | sed 's/SN://g' | sed 's/LN://' > ${{genome_file}} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "making ${{genome_file}} failed"; }} &
-
-#gff_merge_transcripts.sh {snakemake.params.annot} > ${{annot}} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "making merged transcript failed"; }}
-
-#cmd="bedtools intersect -a ${{annot}} -b {snakemake.input.sorted_bam} -sorted -g ${{genome_file}} -c | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}"
-cmd="softlimit -a 4294967296 bedtools intersect -a {snakemake.params.annot} -b {snakemake.input.sorted_bam} -sorted -g ${{genome_file}} -c | tee {snakemake.output.counts} | id2name.py ${{converter}} > {snakemake.output.counts_converted}"
-echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log}
-eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2>> {snakemake.log.err} || {{ cleanup && error_exit "bedtools intersect failed"; }}
-cleanup
-"""
-
-shell(cmd)
diff --git a/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py b/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py
deleted file mode 100644
index 5d5e8a021fa64a901d599d56bef67893d7763616..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/map_on_genome/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,29 +0,0 @@
-from snakemake.shell import shell
-
-def mapping_command(aligner):
-    """This function returns the shell commands to run given the *aligner*."""
-    if aligner == "hisat2":
-        shell_commands = """
-cmd="niceload --noswap -q hisat2 -p {snakemake.threads} --dta --seed 123 -t {snakemake.params.settings} --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input.fastq} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap_fastq} -S {snakemake.output.sam}"
-echo ${{cmd}} 1> {snakemake.log.log}
-eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err}
-"""
-    elif aligner == "bowtie2":
-        shell_commands = """
-cmd="niceload --noswap -q bowtie2 -p {snakemake.threads} --seed 123 -t {snakemake.params.settings} --mm -x {snakemake.params.index} -U {snakemake.input.fastq} --no-unal --un-gz {snakemake.output.nomap_fastq} -S {snakemake.output.sam}"
-echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log}
-eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err}
-"""
-    elif aligner == "crac":
-        shell_commands = """
-cmd="niceload --noswap -q crac --nb-threads {snakemake.threads} --summary %s --all %s {snakemake.params.settings} -i {snakemake.params.index} -r {snakemake.input.fastq} --sam {snakemake.output.sam}"
-echo ${{cmd}} > {snakemake.log.log}
-eval ${{cmd}} 1>> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err}
-# TODO: extract non mappers from the sam output
-> {snakemake.output.nomap_fastq}
-""" % (snakemake.output.nomap_fastq.split("_unmapped")[0] + "_summary.txt", snakemake.output.nomap_fastq.split("_unmapped")[0] + "_output.txt")
-    else:
-        raise NotImplementedError("%s is not yet handled." % aligner)
-    return shell_commands
-
-shell(mapping_command(snakemake.params.aligner))
diff --git a/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py b/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py
deleted file mode 100644
index 07d1dab71288811730858287ada91abf805ac4c3..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/snakemake_wrappers/sam2indexedbam/wrapper.py
+++ /dev/null
@@ -1,8 +0,0 @@
-from snakemake.shell import shell
-
-cmd = """
-export SAMTOOLS_THREADS={snakemake.threads}
-nice -n 19 ionice -c2 -n7 sam2indexedbam.sh {snakemake.input.sam} 1> {snakemake.log.log} 2> {snakemake.log.err}
-"""
-
-shell(cmd)