Funnel codes des CC et RIX
Schéma de croisement des CC :
Première génération :
F1 x M2 -> F12 (Chr X: 1 ou 2)
F3 x M4 -> M34 (Chr X : 3)
F5 x M6 -> F56 (Chr X: 5 ou 6)
F7 x M8 -> M78 (Chr X : 7)
Deuxième génération :
F12 x M34 -> F1234 (Chr X: 1, 2 ou 4)
F56 X M78 -> M5678 (Chr X : 5 ou 6)
Troisième génération :
F1234 x M5678 -> M et F fondateur de la CC (Chr X : 1, 2, 3, 5 ou 6)
Donc lignées en position 4, 7 et 8 ne contribuent pas au Chr X de la CC.
Funnel codes :
Le funnel code (8 lettres) désigne l'ordre des 8 lignées parentales dans le croisement.
ex : dans BECADHFG, B est la lignée 1, ... et G la lignée 8.
Funnel codes manquants :
Pour certaines lignées, le funnel code n'est pas connu (perte d'info lors des croisements).
Le funnel code n'intervient a priori que pour le chromosome X.
Générer des funnels codes aléatoires respectant la règle "478" : les fondateurs ayant contribué aux allèles portés par la lignée sur le Chr X ne doivent pas être en position 4, 7 ou 8.
Tester différents codes aléatoires pour les lignées sans funnel code et voir si on obtient les mêmes matrices de genos.prob.
Si c'est le cas, en choisir un une bonne fois pour toutes.
Funnel codes pour les RIX :
Les RIX sont des F1 entre 2 lignées CC. Les mâles ont hérité leur X de la lignée de la femelle. Pour les femelles, le X peut venir de l'un ou l'autre des parents.
Je (XM) pense que le problème du Chr X ne concerne que les mâles et qu'il faut donc attribuer au F1 le funnel code du parent CC femelle.
Pour les femelles, le Chr X se comporte plus ou moins comme un autosome, donc ça ne devrait pas poser de problème. A tester le moment venu...