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Update home authored Jul 20, 2017 by Bertrand  NÉRON's avatar Bertrand NÉRON
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home.md
View page @ 3c62aa84
......@@ -4,21 +4,23 @@
### overview
* Le projet txssdb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final))
* Le home du projet est /opt/macsydb/txssdb
* Le projet capsuledb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final))
* Le home du projet est /opt/macsydb/capsuledb
* Le projet a été réalisé via une couchapp.
* Le projet utilise donc couchdb comme serveur de base de données et comme serveur d'application web.
couchdbKit (module python) est necessaire au parser pour remplir/mettre à jour les données
et couchapp pour gérer l'application web
* tous ces modules python ont été installés dans un virtualenv (pyhton2.6)
<pre>couchdb:/opt/macsydb/txssdb$virtualenv virtualenv
source virtualenv/bin/activate
<pre>couchdb:
mkdir /opt/macsydb/capsuledb
$virtualenv capsule-env
source capsule-env/bin/activate
pip install couchapp
</pre>
les sources txssdb sont dans un repos git a l'adresse suivante:
https://gitlab.pasteur.fr/gem/txssdb/
les sources capsuledb sont dans un repos git a l'adresse suivante:
https://gitlab.pasteur.fr/gem/capsuledb/
un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
......@@ -26,14 +28,14 @@ un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
<pre>
/opt/macsydb (home des bases macsydb)
|-> txssdb (home du projet txssdb)
|-> virtualenv
|-> txssdb lien vers la version courante de txssdb-xx
|-> txssdb-xx
|-> data ( data contient les données fournies par sophie abby un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion )
|-> capsuledb (home du projet capsuledb)
|-> capsule-env
|-> capsuledb lien vers la version courante de capsuledb-xx
|-> capsuledb-xx
|-> data ( data contient les données fournies par olaya un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion )
|-> src (l'application)
|-> parser (contient le script de peuplement/update des données dans la base couchdb)
|-> couchapp (contient la couchapp txssdb )
|-> couchapp (contient la couchapp capsuledb )
</pre>
......@@ -103,9 +105,9 @@ chaque base aura son sous repertoire avec son virtualenv
<pre>cd /opt
mkdir macsydb
cd macsydb
mkdir txssdb
mkdir capsuledb
cd capsuledb
virtualenv virtualenv
virtualenv capsule-env
source /opt/macsydb/capsuledb/capsule-env/bin/acitvate
</pre>
......@@ -116,7 +118,7 @@ sur couchdb.web.pasteur.fr avant d'extraire l'archive
sur une machine perso
<pre>
git clone https://projets.pasteur.fr/git/txssdb
git clone https://projets.pasteur.fr/git/capsuledb
git archive --format=tar.gz --output=txssdb-1.0.tar.gz 1.0
scp txssdb-1.0.tar.gz couchdb.web.pasteur.fr:/opt/macsysdb/txssdb/txssdb/
</pre>
......
Clone repository
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