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### overview ### overview
* Le projet txssdb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final)) * Le projet capsuledb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final))
* Le home du projet est /opt/macsydb/txssdb * Le home du projet est /opt/macsydb/capsuledb
* Le projet a été réalisé via une couchapp. * Le projet a été réalisé via une couchapp.
* Le projet utilise donc couchdb comme serveur de base de données et comme serveur d'application web. * Le projet utilise donc couchdb comme serveur de base de données et comme serveur d'application web.
couchdbKit (module python) est necessaire au parser pour remplir/mettre à jour les données couchdbKit (module python) est necessaire au parser pour remplir/mettre à jour les données
et couchapp pour gérer l'application web et couchapp pour gérer l'application web
* tous ces modules python ont été installés dans un virtualenv (pyhton2.6) * tous ces modules python ont été installés dans un virtualenv (pyhton2.6)
<pre>couchdb:/opt/macsydb/txssdb$virtualenv virtualenv <pre>couchdb:
source virtualenv/bin/activate mkdir /opt/macsydb/capsuledb
$virtualenv capsule-env
source capsule-env/bin/activate
pip install couchapp pip install couchapp
</pre> </pre>
les sources txssdb sont dans un repos git a l'adresse suivante: les sources capsuledb sont dans un repos git a l'adresse suivante:
https://gitlab.pasteur.fr/gem/txssdb/ https://gitlab.pasteur.fr/gem/capsuledb/
un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
...@@ -26,14 +28,14 @@ un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB ...@@ -26,14 +28,14 @@ un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
<pre> <pre>
/opt/macsydb (home des bases macsydb) /opt/macsydb (home des bases macsydb)
|-> txssdb (home du projet txssdb) |-> capsuledb (home du projet capsuledb)
|-> virtualenv |-> capsule-env
|-> txssdb lien vers la version courante de txssdb-xx |-> capsuledb lien vers la version courante de capsuledb-xx
|-> txssdb-xx |-> capsuledb-xx
|-> data ( data contient les données fournies par sophie abby un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion ) |-> data ( data contient les données fournies par olaya un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion )
|-> src (l'application) |-> src (l'application)
|-> parser (contient le script de peuplement/update des données dans la base couchdb) |-> parser (contient le script de peuplement/update des données dans la base couchdb)
|-> couchapp (contient la couchapp txssdb ) |-> couchapp (contient la couchapp capsuledb )
</pre> </pre>
...@@ -103,9 +105,9 @@ chaque base aura son sous repertoire avec son virtualenv ...@@ -103,9 +105,9 @@ chaque base aura son sous repertoire avec son virtualenv
<pre>cd /opt <pre>cd /opt
mkdir macsydb mkdir macsydb
cd macsydb cd macsydb
mkdir txssdb mkdir capsuledb
cd capsuledb cd capsuledb
virtualenv virtualenv virtualenv capsule-env
source /opt/macsydb/capsuledb/capsule-env/bin/acitvate source /opt/macsydb/capsuledb/capsule-env/bin/acitvate
</pre> </pre>
...@@ -116,7 +118,7 @@ sur couchdb.web.pasteur.fr avant d'extraire l'archive ...@@ -116,7 +118,7 @@ sur couchdb.web.pasteur.fr avant d'extraire l'archive
sur une machine perso sur une machine perso
<pre> <pre>
git clone https://projets.pasteur.fr/git/txssdb git clone https://projets.pasteur.fr/git/capsuledb
git archive --format=tar.gz --output=txssdb-1.0.tar.gz 1.0 git archive --format=tar.gz --output=txssdb-1.0.tar.gz 1.0
scp txssdb-1.0.tar.gz couchdb.web.pasteur.fr:/opt/macsysdb/txssdb/txssdb/ scp txssdb-1.0.tar.gz couchdb.web.pasteur.fr:/opt/macsysdb/txssdb/txssdb/
</pre> </pre>
... ...
......