| ... | @@ -4,21 +4,23 @@ |
... | @@ -4,21 +4,23 @@ |
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### overview
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### overview
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* Le projet txssdb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final))
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* Le projet capsuledb est hebergé sur couchdb.web.pasteur.fr (machine virtuelle CentOS release 6.6 (Final))
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* Le home du projet est /opt/macsydb/txssdb
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* Le home du projet est /opt/macsydb/capsuledb
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* Le projet a été réalisé via une couchapp.
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* Le projet a été réalisé via une couchapp.
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* Le projet utilise donc couchdb comme serveur de base de données et comme serveur d'application web.
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* Le projet utilise donc couchdb comme serveur de base de données et comme serveur d'application web.
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couchdbKit (module python) est necessaire au parser pour remplir/mettre à jour les données
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couchdbKit (module python) est necessaire au parser pour remplir/mettre à jour les données
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et couchapp pour gérer l'application web
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et couchapp pour gérer l'application web
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* tous ces modules python ont été installés dans un virtualenv (pyhton2.6)
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* tous ces modules python ont été installés dans un virtualenv (pyhton2.6)
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<pre>couchdb:/opt/macsydb/txssdb$virtualenv virtualenv
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<pre>couchdb:
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source virtualenv/bin/activate
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mkdir /opt/macsydb/capsuledb
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$virtualenv capsule-env
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source capsule-env/bin/activate
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pip install couchapp
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pip install couchapp
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</pre>
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</pre>
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les sources txssdb sont dans un repos git a l'adresse suivante:
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les sources capsuledb sont dans un repos git a l'adresse suivante:
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https://gitlab.pasteur.fr/gem/txssdb/
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https://gitlab.pasteur.fr/gem/capsuledb/
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un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
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un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB
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| ... | @@ -26,14 +28,14 @@ un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB |
... | @@ -26,14 +28,14 @@ un apache est en frontal et sert de reverse proxy a couchDB |
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<pre>
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<pre>
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/opt/macsydb (home des bases macsydb)
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/opt/macsydb (home des bases macsydb)
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|-> txssdb (home du projet txssdb)
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|-> capsuledb (home du projet capsuledb)
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|-> virtualenv
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|-> capsule-env
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|-> txssdb lien vers la version courante de txssdb-xx
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|-> capsuledb lien vers la version courante de capsuledb-xx
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|-> txssdb-xx
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|-> capsuledb-xx
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|-> data ( data contient les données fournies par sophie abby un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion )
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|-> data ( data contient les données fournies par olaya un fichier d'info sur les replicons, un fichier d'info sur les systemes de secretion )
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|-> src (l'application)
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|-> src (l'application)
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|-> parser (contient le script de peuplement/update des données dans la base couchdb)
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|-> parser (contient le script de peuplement/update des données dans la base couchdb)
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|-> couchapp (contient la couchapp txssdb )
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|-> couchapp (contient la couchapp capsuledb )
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</pre>
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</pre>
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| ... | @@ -103,9 +105,9 @@ chaque base aura son sous repertoire avec son virtualenv |
... | @@ -103,9 +105,9 @@ chaque base aura son sous repertoire avec son virtualenv |
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<pre>cd /opt
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<pre>cd /opt
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mkdir macsydb
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mkdir macsydb
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cd macsydb
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cd macsydb
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mkdir txssdb
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mkdir capsuledb
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cd capsuledb
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cd capsuledb
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virtualenv virtualenv
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virtualenv capsule-env
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source /opt/macsydb/capsuledb/capsule-env/bin/acitvate
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source /opt/macsydb/capsuledb/capsule-env/bin/acitvate
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</pre>
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</pre>
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| ... | @@ -116,7 +118,7 @@ sur couchdb.web.pasteur.fr avant d'extraire l'archive |
... | @@ -116,7 +118,7 @@ sur couchdb.web.pasteur.fr avant d'extraire l'archive |
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sur une machine perso
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sur une machine perso
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<pre>
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<pre>
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git clone https://projets.pasteur.fr/git/txssdb
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git clone https://projets.pasteur.fr/git/capsuledb
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git archive --format=tar.gz --output=txssdb-1.0.tar.gz 1.0
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git archive --format=tar.gz --output=txssdb-1.0.tar.gz 1.0
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scp txssdb-1.0.tar.gz couchdb.web.pasteur.fr:/opt/macsysdb/txssdb/txssdb/
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scp txssdb-1.0.tar.gz couchdb.web.pasteur.fr:/opt/macsysdb/txssdb/txssdb/
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</pre>
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</pre>
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| ... | | ... | |
