diff --git a/README.md b/README.md
index 13d90b76f218c5c164acbcacb45ff06298def9f1..b298a8cd2347cd450bc1a2670c060454473203d8 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -212,6 +212,14 @@ Gitlab developers
## WHAT'S NEW IN
+
+### v10.0.0
+
+1) upgraded to better manage the new popping variants and the critical missing variants (creating duplicated positions in the tempo.qc file)
+
+2) VUI added: A.23.1, B.1.525, B.1.427, B.1.429
+
+
### v9.0.0
1) Messages in VOC Why column improved
diff --git a/cnr_curation_voc_qc.R b/cnr_curation_voc_qc.R
index e443c5d85e55c23cb703d6737f88a56391502fc9..8cd81b03988673256a9faf8efc951b2a8a606342 100644
--- a/cnr_curation_voc_qc.R
+++ b/cnr_curation_voc_qc.R
@@ -805,7 +805,7 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
"exp__alt__present__in__gatk__tmp", # voc variant present from tmp.vcf in the ALT column ?
"alt__at__pos__in__iVar", # Nuc at the voc variant position in the nextclade consensus sequence? only substit and N are indicated
"same__alt__in__iVar__and__gatk__tmp", # same alt? "yes" or "no" only for alt__at__pos__in__iVar. Others are ""
- "exp__alt__absent__in__gatk__tmp__only", # "yes" if the expected alt variant is not in the gatk tmp vcf (even with low AF), but it is in the gatk vcf and in nextclade, otherwise "no"
+ "exp__alt__absent__in__gatk__tmp__only", # "" if the voc position is not present in gatk tmp, "yes" if the expected alt variant is not in the gatk tmp vcf (even with low AF), but it is in the gatk vcf and in nextclade, otherwise "no"
"report"
)
names(tempo.qc) <- ini.col.name.tempo.qc
@@ -965,7 +965,7 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
# gatk tmp vcf
if(nrow(tmp.vcf) == 0){
tempo.qc[ , "var__pos__present__in__gatk__tmp"] <- "no"
- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "no"
+ tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "" # "" by default because var__pos__present__in__gatk__tmp"] == "no", the position is not here
tempo.qc[ ! tempo.qc[ , "alt__at__pos__in__iVar"] %in% c("", "N"), "same__alt__in__iVar__and__gatk__tmp"] <- "no"
tempo.qc[, "qc__ok"] <- "no"
tempo.nuc.in.gatk.nextclade.log <- rep(FALSE, nrow(tempo.qc))
@@ -1006,7 +1006,7 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
# completion of tempo.qc for abscent variant, AF, AN
if(nrow(common.tmp.vcf.i1) == 0){
- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "no" # because no alt at voc var pos
+ tempo.qc[tempo.qc[ , "var__pos__present__in__gatk__tmp"] == "yes", "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "no" # because no alt at voc var pos
# tempo.qc[ , "same__alt__in__iVar__and__gatk__tmp"] <- "no" # because no alt at voc var pos
tempo.nuc.in.gatk.nextclade.log <- rep(FALSE, nrow(tempo.qc))
}else{
@@ -1082,7 +1082,6 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
tempo.qc[ , paste0("qc__AF__cutoff__", round(alt.freq, 2))] <- ""
tempo.qc[ , paste0("qc__AN__cutoff__", alt.nb)] <- ""
- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "no"
for(i4 in 1:nrow(tempo.qc)){
if(any(tempo.qc$pos[i4] %in% POS)){
tempo.pos <- POS %in% tempo.qc$pos[i4]
@@ -1105,6 +1104,8 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
# comparison of exp var and gatk tmp vcf
tempo.log <- tempo.qc[, "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"] == tempo.qc$alt
tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"][tempo.log] <- "yes"
+ tempo.log <- tempo.qc[, "var__pos__present__in__gatk__tmp"] == "yes" & tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] != "yes" # != "yes" because can be "no" or
+ tempo.qc[tempo.log, "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] <- "no"
# end comparison of exp var and gatk tmp vcf
# comparison of gatk vcf and gatk tmp vcf
tempo.log1 <- ! (tempo.qc[ , "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"] == "" & tempo.qc[, "alt__at__pos__in__gatk"] == "") # for the comparison, remove "" == "" -> no need to have TRUE for ""
@@ -1176,13 +1177,13 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
tempo.text.gatk <- ifelse(tempo.log, paste0("CF_GATK:", tempo.text.gatk.check), "")
# end add the nuc conflict between gatk and nextclade
# add new variant detected at voc pos by gatk with good QC (other than critical, since critical are on other positions than voc)
- tempo.log <- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] == "no" & tempo.qc[ , "qc__ok"] == "yes" & tempo.qc[ , "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"] != ""# is there any varaition that is unexpected at voc position with a good QC?
+ tempo.log <- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] != "yes" & tempo.qc[ , "qc__ok"] == "yes" & tempo.qc[ , "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"] != ""# is there any varaition that is unexpected at voc position with a good QC?
tempo.text.new.check <- ifelse(tempo.log, paste0(tempo.qc[tempo.log , "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"], ":", tempo.qc[tempo.log, "alt"]), "")
tempo.text.new.check.final <- ifelse(tempo.log, paste0(tempo.qc[tempo.log, "alt"], ">", tempo.qc[tempo.log , "main__alt__at__pos__in__gatk__tmp"]), "")
tempo.text.new <- ifelse(tempo.log, paste0("NEW_ALT:", tempo.text.new.check.final), "")
# end add new variant detected at voc pos by gatk with good QC (other than critical, since critical are on other positions than voc)
# if next, gatk and new say the same thing, it means that just a problem of ref in the tmp gatk
- tempo.qc[ , "exp__alt__absent__in__gatk__tmp__only"] <- "no"
+ tempo.qc[ , "exp__alt__absent__in__gatk__tmp__only"] <- ""
tempo.log <- lapply(X = list(tempo.text.next.check, tempo.text.gatk.check, tempo.text.new.check), FUN = function(x){x != "" & x == tempo.text.next.check})
tempo.log <- apply(X = as.matrix(as.data.frame(tempo.log)), MARGIN = 1, FUN = function(x){ifelse(sum(x) == length(x), TRUE, FALSE)})
if(any(tempo.log)){
@@ -1210,7 +1211,7 @@ for(i0 in 1:nrow(res)){
tempo.log.crit <- sapply(X = critical.voc.var$nextclade_nom, FUN = function(x){grepl(x = res[i0, nextclade.col], pattern = gsub(x = x, pattern = "\\.", replacement = "\\\\."))}) & critical.voc.var$voc == voc.names[i1] # first part to know if the res line is a VOC that is into critical.voc.var, the second part to know if i1 is in critical.voc.var
if(any(tempo.log.crit)){ # does nextclade column of the res file claim a voc (e.g., 501Y.V1) that has critical variant to check (see the critical.var.watching.file.path parameter in the config file)?
tempo.log1 <- tempo.qc$pos %in% critical.voc.var$gatk_pos[tempo.log.crit] # position of critical voc variants in tempo.qc
- tempo.log2 <- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] == "no" # means that the T of 23009A>T has not been found as main variant
+ tempo.log2 <- tempo.qc[ , "exp__alt__present__in__gatk__tmp"] != "yes" # means that the T of 23009A>T has not been found as main variant
tempo.log3 <- tempo.qc[ , "alt__at__pos__in__gatk"] == tempo.qc[ , "alt__at__pos__in__iVar"] # means that the final GATK vcf (not tmp) and Nextclade agree on the ALT
tempo.log4 <- tempo.text.qc.for.critical == "" # == "" means that the 4 QC above are OK, i.e., no N, good coverage and AF and AN ok or "" -> ok at that position
tempo.log <- tempo.log1 & tempo.log2 & tempo.log3 & tempo.log4
@@ -1450,7 +1451,7 @@ names(decision.col) <- NULL
# filtering special.notif.i0 keeping only message when decision.col is a VOC
tempo.select <- decision.col
tempo.select[ ! decision.col %in% voc.names] <- "" # to remove "no voc" and "ToCheck"
-tempo.log <- mapply(special.notif.i0, tempo.select, FUN = function(x, y){grepl(x, pattern = y)})
+tempo.log <- mapply(special.notif.i0, tempo.select, FUN = function(x, y){if(y == ""){return(FALSE)}else{grepl(x, pattern = gsub(x = y, pattern = "\\.", replacement = "\\\\."))}})
special.notif.i0[ ! tempo.log] <- "" # remove the message when it is not fitting the decision column
notif.i0 <- paste0(notif.i0, ifelse(notif.i0 != "" & special.notif.i0 != "", " | ", ""), special.notif.i0)
# end filtering special.notif.i0 keeping only message when decision.col is a VOC
diff --git a/dataset/20210322_voc.gmt b/dataset/20210322_voc.gmt
index 988e761e0737f0f28c0e12034d10b8ce9ed5bb89..05b58facf24c3e10e1057a17018b5b193202cce5 100644
--- a/dataset/20210322_voc.gmt
+++ b/dataset/20210322_voc.gmt
@@ -1,4 +1,4 @@
-#name=20210319 VOC Variants
+#name=20210322 VOC Variants
B.1.1.7 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq:3208-3218 MN908947_Ampliseq:5329-5339 MN908947_Ampliseq:6895-6905 MN908947_Ampliseq:11229-11247 MN908947_Ampliseq:21706-21721 MN908947_Ampliseq:21932-21944 MN908947_Ampliseq:23004-23014 MN908947_Ampliseq:23212-23222 MN908947_Ampliseq:23545-23555 MN908947_Ampliseq:23650-23660 MN908947_Ampliseq:24447-24457 MN908947_Ampliseq:24855-24865 MN908947_Ampliseq:27913-27923 MN908947_Ampliseq:27989-27999 MN908947_Ampliseq:28052-28062 MN908947_Ampliseq:28221-28231 MN908947_Ampliseq:28918-28928
B.1.351 B.1.351 MN908947_Ampliseq:1000-1010 MN908947_Ampliseq:5171-5181 MN908947_Ampliseq:10264-10274 MN908947_Ampliseq:11229-11239 MN908947_Ampliseq:21742-21752 MN908947_Ampliseq:22147-22157 MN908947_Ampliseq:22754-22764 MN908947_Ampliseq:22953-22963 MN908947_Ampliseq:23004-23014 MN908947_Ampliseq:23605-23615 MN908947_Ampliseq:25504-25514 MN908947_Ampliseq:25845-25855 MN908947_Ampliseq:26397-26407 MN908947_Ampliseq:28828-28838
P1 P1 MN908947_Ampliseq:3769-3779 MN908947_Ampliseq:5589-5599 MN908947_Ampliseq:11229-11247 MN908947_Ampliseq:17200-17210 MN908947_Ampliseq:21555-21565 MN908947_Ampliseq:21562-21572 MN908947_Ampliseq:21579-21589 MN908947_Ampliseq:21915-21925 MN908947_Ampliseq:22073-22083 MN908947_Ampliseq:22753-22763 MN908947_Ampliseq:22953-22963 MN908947_Ampliseq:23004-23014 MN908947_Ampliseq:23466-23476 MN908947_Ampliseq:24583-24593 MN908947_Ampliseq:28108-28118 MN908947_Ampliseq:28210-28220 MN908947_Ampliseq:28453-28463
@@ -9,3 +9,7 @@ A.23.1 A.23.1 MN908947_Ampliseq:2943-2953 MN908947_Ampliseq:11171-11181 MN908947
A.23.1_Spike A.23.1_Spike MN908947_Ampliseq:21808-21818 MN908947_Ampliseq:21974-21984 MN908947_Ampliseq:22602-22612 MN908947_Ampliseq:23342-23352 MN908947_Ampliseq:23545-23555
B.1.525 B.1.525 MN908947_Ampliseq:14348-14358 MN908947_Ampliseq:11229-11247 MN908947_Ampliseq:21706-21721 MN908947_Ampliseq:21658-21668 MN908947_Ampliseq:22953-22963 MN908947_Ampliseq:23534-23544 MN908947_Ampliseq:24165-24175 MN908947_Ampliseq:26246-26256 MN908947_Ampliseq:26708-26718 MN908947_Ampliseq:28219-28231
B.1.525_Spike B.1.525_Spike MN908947_Ampliseq:21706-21721 MN908947_Ampliseq:21658-21668 MN908947_Ampliseq:22953-22963 MN908947_Ampliseq:23534-23544 MN908947_Ampliseq:24165-24175
+B.1.427 B.1.427 MN908947_Ampliseq:1000-1010 MN908947_Ampliseq:9679-9689 MN908947_Ampliseq:14349-14359 MN908947_Ampliseq:16335-16345 MN908947_Ampliseq:16955-16965 MN908947_Ampliseq:21541-21551 MN908947_Ampliseq:21959-21969 MN908947_Ampliseq:22858-22868 MN908947_Ampliseq:23344-23354 MN908947_Ampliseq:25504-25514 MN908947_Ampliseq:28828-28838
+B.1.427_Spike B.1.427_Spike MN908947_Ampliseq:21541-21551 MN908947_Ampliseq:21959-21969 MN908947_Ampliseq:22858-22868 MN908947_Ampliseq:23344-23354
+B.1.429 B.1.429 MN908947_Ampliseq:1000-1010 MN908947_Ampliseq:12819-12829 MN908947_Ampliseq:14349-14359 MN908947_Ampliseq:16955-16965 MN908947_Ampliseq:21541-21551 MN908947_Ampliseq:21959-21969 MN908947_Ampliseq:22858-22868 MN908947_Ampliseq:23344-23354 MN908947_Ampliseq:25504-25514 MN908947_Ampliseq:28828-28838
+B.1.429_Spike B.1.429_Spike MN908947_Ampliseq:21959-21969 MN908947_Ampliseq:22858-22868 MN908947_Ampliseq:23344-23354
diff --git a/dataset/Variants of concern_V6_20210323.xlsx b/dataset/Variants of concern_V6_20210323.xlsx
index 35121b6caa16224245518ea8b519adf69aa93cc5..314da144bcde9b26f705f749ce29584e8e57f349 100644
Binary files a/dataset/Variants of concern_V6_20210323.xlsx and b/dataset/Variants of concern_V6_20210323.xlsx differ
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/Full_Results.tsv b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/Full_Results.tsv
deleted file mode 100644
index 390e8e0d9a24aea9fa98451acd0fb3989b2d3f1e..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/Full_Results.tsv
+++ /dev/null
@@ -1,88 +0,0 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
-COVID-202100911_S62 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 9711.21 100.00 0 Peu: 20272 [55%], 21099 [77%], 28200 [94%], Beaucoup: [18963, '39%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '50%'], [25269, '47%'], [25270, '50%'], '28/28' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202101511_S63 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good but: 3.8% of low cov: 22842-22892, 22974-23069, Good but: 0.5% of low cov: 22842-22892, 22974-23069, 10091.99 99.95 0 Pas Beaucoup: [778, '41%'], [21944, '40%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '34/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
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-COVID-202103523_S64 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 9262.42 99.99 0 Pas Beaucoup: [23438, '32%'], [25223, '31%'], [25232, '34%'], [25242, '53%'], [25269, '47%'], [25270, '50%'], '34/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
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-COVID-202103801_S70 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', 'Frameshift', "Insert: ['15827:G'] not in GATK"] ToCheck 20A.EU2 Bad: 41.5% of low cov: 21355-21612, 22256-22798, 23119-23397, 24076-24357, 24716-24939, Trop de Ns 8987.14 78.21 6401 Peu: 10551 [49%], 17050 [78%], Vraiement trop > 20: [17047, '31%'], [17048, '31%'], [17049, '31%'], [17051, '32%'], [17052, '35%'], [17053, '34%'], [17054, '33%'], [17055, '33%'], [17056, '31%'], [17057, '32%'], [17058, '33%'], [17059, '33%'], [17060, '35%'], [17061, '32%'], [17062, '31%'], [17063, '31%'], [17064, '31%'], [18568, '30%'], [18569, '44%'], [18570, '48%'], [18571, '45%'], [18572, '32%'], [18573, '47%'], [18574, '47%'], [18576, '46%'], [18577, '37%'], [18578, '36%'], [23438, '37%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '54%'], [25269, '44%'], [25270, '46%'], '24/24' '1/1' '1/0' mediocre bad good good bad 0 [['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D(N COV);6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L(N COV);26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104284_S66 Ok ToCheck A.23.1 probable but absent 29473:N_Q418H 19B Good Good 15008.02 100.00 0 Peu: 10693 [94%], 17691 [76%], Vraiement trop > 20: [23438, '35%'], [25223, '32%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], [28056, '30%'], [28057, '30%'], [28058, '31%'], [28059, '33%'], [28060, '33%'], [28061, '36%'], [28062, '36%'], [28063, '37%'], [28064, '39%'], [28065, '37%'], [28066, '34%'], [28067, '33%'], [28068, '33%'], [28069, '32%'], [28070, '31%'], [28071, '30%'], [28072, '32%'], [28073, '31%'], [28074, '30%'], '25/25' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] A.23.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 10 10 no 29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H(NEW_ALT:A>G);23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck A.23.1 probable but absent 29473:N_Q418H
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-COVID-202104289_S68 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 12243.77 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '49%'], [25269, '43%'], [25270, '45%'], '32/32' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104293_S99 Ok ToCheck 20A Good Good 22370.50 99.87 14 Peu: 15133 [87%], Beaucoup: [25200, '31%'], [25223, '39%'], [25232, '42%'], [25242, '60%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '28/28' '3/3' '1/1' bad good good good bad 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 5 5 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 1 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104294_S100 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov'] ToCheck 19A Good Trop de Ns 0.50 0.00 29303 Peu: 24850 [66%], Pas '1/1' '0/0' '0/0' good bad good good bad 0 [] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S(N COV);28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H(N COV) no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D(N COV);6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop(N COV);27994:Orf8_R52I(N COV);28057:Orf8_Y73C(N COV);28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I(N COV);5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);25509:ORF3a_Q57H(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F(N COV);21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L(N COV);26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L(N COV);5594:ORF1ab_K1795Q(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D(N COV);21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R(N COV) ToCheck
-COVID-202104295_S101 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 20658.09 99.95 14 Peu: 5575 [92%], Beaucoup: [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25260, '30%'], [25269, '51%'], [25270, '56%'], '32/32' '0/0' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104297_S103 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.7% of low cov: 22255-22471, Good but: 0.7% of low cov: 22255-22471, 21448.47 99.20 220 Pas Trop: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '33%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], [25619, '43%'], [25622, '45%'], [25623, '43%'], [25626, '40%'], [25627, '41%'], [25628, '40%'], [25630, '30%'], [27730, '31%'], [27746, '42%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104299_S105 Ok no voc 20E (EU1) Good Good 23788.90 99.95 14 Peu: 7474 [92%], 24717 [92%], Beaucoup: [23067, '33%'], [23068, '30%'], [25200, '30%'], [25223, '38%'], [25232, '40%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '58%'], '23/23' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.177 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104300_S106 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 21310.33 100.00 0 Peu: 5575 [86%], Trop: [2849, '39%'], [2851, '37%'], [2852, '36%'], [2853, '35%'], [2854, '34%'], [2855, '30%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '54%'], [25269, '50%'], [25270, '56%'], '23/23' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
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-COVID-202104302_S108 Ok no voc 19B Good Good 16316.58 99.94 15 Pas Trop: [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '56%'], [25260, '30%'], [25269, '48%'], [25270, '53%'], [28976, '44%'], [28977, '40%'], [28978, '40%'], [28979, '40%'], [28981, '36%'], [28982, '35%'], [28983, '33%'], [28984, '33%'], [28985, '31%'], [28986, '31%'], [28987, '30%'], '25/25' '0/0' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] A.21 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104303_S109 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 21273.70 99.95 14 Pas Beaucoup: [25223, '31%'], [25232, '34%'], [25242, '53%'], [25260, '31%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '32/32' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104304_S110 ToCheck ['Frameshift'] no voc 19B Good Good but: 0.8% of low cov: 1-90, 6849-6989, 15598.25 99.62 83 Pas Trop: [13326, '31%'], [13327, '35%'], [13329, '37%'], [13330, '31%'], [13331, '32%'], [13332, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '55%'], [25260, '30%'], [25269, '42%'], [25270, '45%'], '30/30' '3/3' '0/0' bad good good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104305_S111 Ok no voc 20A Good Good 18830.89 99.91 24 Pas Peu: [25223, '30%'], [25232, '33%'], [25242, '47%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], '24/24' '2/2' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 4 4 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104306_S112 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 18620.74 99.95 15 Pas Peu: [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '54%'], '28/28' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104307_S113 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 22651.17 99.91 25 Pas Peu: [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104308_S114 ToCheck ["Insert: ['22387:T'] not in GATK"] no voc 20A.EU2 Good but: 1.5% of low cov: 23014-23069, Good but: 0.2% of low cov: 23014-23069, 20168.41 100.00 0 Peu: 28044 [92%], Peu: [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '35/35' '0/0' '1/0' mediocre good good good mediocre 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104309_S115 Ok no voc 20E (EU1) Good Good 19197.93 100.00 0 Pas Beaucoup: [23438, '30%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '44%'], [25270, '52%'], '23/23' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.177 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104310_S116 Ok no voc 20E (EU1) Good Good 17476.44 99.95 14 Pas Trop: [25200, '30%'], [25223, '36%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '57%'], [27759, '32%'], [27760, '33%'], [27761, '35%'], [27762, '41%'], [27764, '41%'], [27765, '39%'], [27766, '38%'], '26/26' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.177 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104311_S117 Ok no voc 20E (EU1) Good Good 15572.98 99.95 15 Beaucoup: 5676 [94%], 6232 [79%], 21565 [91%], 22173 [90%], 28878 [83%], 29304 [76%], Peu: [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '43%'], [25270, '49%'], '21/21' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.177 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104312_S118 Ok ToCheck 20B Good Good but: 0.8% of low cov: 6810-7046, 15320.85 99.20 214 Peu: 6229 [52%], Vraiement trop > 20: [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '53%'], [25269, '36%'], [25270, '39%'], [26188, '46%'], [26190, '38%'], [26191, '36%'], [26194, '30%'], [27703, '35%'], [27704, '36%'], [27705, '36%'], [27706, '37%'], [27707, '34%'], [27713, '37%'], [27714, '37%'], [27715, '38%'], [27716, '35%'], [27717, '36%'], [27718, '35%'], [27720, '36%'], [27721, '35%'], [27722, '34%'], [27724, '38%'], [27725, '40%'], [27726, '40%'], [27727, '40%'], [27728, '40%'], [27729, '45%'], [27733, '44%'], [27734, '46%'], [27735, '45%'], [27736, '45%'], [27737, '43%'], [27738, '45%'], [27739, '42%'], '27/27' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] P.2 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104313_S119 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 14218.52 100.00 0 Peu: 17224 [84%], Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '31%'], [25269, '48%'], [25270, '56%'], '32/32' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104314_S120 Ok no voc 20A.EU2 Good Good but: 1.2% of low cov: 6428-6703, 25904-25982, 13497.77 99.01 273 Pas Beaucoup: [2444, '37%'], [22748, '43%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '27/27' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104315_S121 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['A2903G', 'C2880T'] not in GATK"] ToCheck 20A Bad: 22.3% of low cov: 21917-22248, 22829-23078, 24670-24939, Trop de Ns 14571.08 75.45 7150 Peu: 6270 [48%], Beaucoup: [1843, '36%'], [2827, '32%'], [2828, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25260, '30%'], [25269, '40%'], [25270, '44%'], '26/24' '3/3' '1/1' bad bad good good bad 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 5 5 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del(COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 1 1 no 14353:ORF1ab_L4715F(N COV);21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104316_S122 Ok no voc 20D Good Good 14047.52 99.92 7 Peu: 12735 [87%], Peu: [25242, '48%'], '27/27' '0/0' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] C.16 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104317_S123 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov'] ToCheck 20D Good Very bad: 5.2% of low cov: 1275-1557, 3469-4011, 8591-8840, 9210-9436, 25904-26154, 15437.45 95.02 1365 Peu: 12735 [69%], 12870 [82%], Peu: [25232, '33%'], [25242, '51%'], [25270, '33%'], '29/29' '1/1' '0/0' bad mediocre good good bad 0 [] C.16 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L(N COV);5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104318_S124 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C8782T'] not in NextClade", 'Frameshift', "Insert: ['20480:C'] not in GATK"] ToCheck 19B Bad: 46.3% of low cov: 21358-21955, 22230-22473, 22841-23069, 23794-24033, 24407-24650, 25023-25235, Trop de Ns 17596.74 79.92 5685 Pas Pas '19/20' '3/3' '1/0' mediocre bad good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A(N COV);22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104319_S125 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 20058.73 99.30 200 Peu: 3187 [79%], Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '43%'], [22239, '39%'], [22240, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '54%'], [25260, '34%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104322_S128 ToCheck ['Pb Cov', "Insert: ['6811:T'] not in GATK"] B.1.1.7 20I/501Y.V1 Bad: 6.3% of low cov: 23794-24032, Bad: 1.7% of low cov: 1-51, 13334-13559, 23794-24032, 17750.29 98.43 412 Pas Peu: [25232, '34%'], [25242, '52%'], [25269, '34%'], [25270, '37%'], '33/33' '4/4' '1/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104323_S129 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 18369.82 99.91 23 Peu: 17692 [84%], Peu: [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '54%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '30/30' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104324_S130 Ok no voc 20B Good but: 1.6% of low cov: 22256-22317, Good but: 0.2% of low cov: 22256-22317, 21523.97 99.89 6 Peu: 1267 [93%], 9213 [92%], Peu: [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '27/27' '1/1' '0/0' bad good good good bad 0 [] B.1.1.317 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N(NEW_ALT:A>T);21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104334_S134 ToCheck ['Frameshift'] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 19193.14 99.94 0 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '37%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '54%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [['22289-22293', 4, 22235, 'S']] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104335_S135 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22269-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22269-22470, 17500.35 99.34 188 Pas Beaucoup: [22237, '41%'], [22238, '41%'], [22239, '39%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104336_S136 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22282-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22282-22470, 18627.96 99.60 116 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '35%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '48%'], [25270, '51%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104337_S137 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22284-22473, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22473, 19049.65 99.36 186 Pas Beaucoup: [22239, '44%'], [22240, '30%'], [23438, '36%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104338_S138 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 16701.16 99.57 69 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '43%'], [22240, '31%'], [23438, '30%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104339_S139 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22281-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22281-22470, 13551.63 99.33 193 Peu: 11620 [88%], Beaucoup: [22237, '42%'], [22238, '43%'], [22239, '41%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck
-COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104343_S143 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 11802.72 99.38 178 Peu: 10687 [82%], Trop: [2849, '42%'], [2851, '40%'], [2852, '39%'], [2853, '37%'], [2854, '35%'], [2855, '30%'], [22239, '45%'], [22240, '37%'], [23438, '36%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '55%'], [25270, '60%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104347_S36 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 21691.28 99.28 185 Pas Beaucoup: [22240, '40%'], [23438, '34%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '51%'], [25270, '54%'], '29/29' '3/3' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:Spike_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:Spike_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF)
-COVID-202104349_S38 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22277-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22277-22470, 20147.33 99.34 193 Pas Trop: [22240, '44%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '54%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], [28963, '46%'], [28964, '45%'], [28965, '43%'], [28966, '43%'], [28967, '38%'], [28968, '41%'], [28969, '38%'], [28970, '32%'], [28973, '30%'], [28974, '32%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104350_S39 ToCheck ["SNPs: ['C12469T'] not in GATK"] no voc 19B Good Good 22932.96 100.00 0 Peu: 6487 [56%], Beaucoup: [12415, '30%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '51%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], '24/23' '1/1' '0/0' bad good good good bad 1 [] A.28 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104351_S40 ToCheck ["SNPs: ['C12469T'] not in GATK"] no voc 19B Good Good 28533.75 100.00 0 Peu: 6487 [84%], 27410 [94%], Beaucoup: [12415, '39%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '55%'], '24/23' '1/1' '0/0' bad good good good bad 1 [] A.28 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
-COVID-202104359_S42 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 9739.08 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '31%'], [25242, '50%'], [25269, '39%'], [25270, '44%'], '35/35' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
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-COVID-202104370_S53 ToCheck ['Frameshift'] no voc 19B Good Good 14987.12 100.00 0 Pas Peu: [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/28' '3/3' '0/0' bad good good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H(NEW_ALT:C>T);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
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-COVID-202104372_S55 ToCheck ['Frameshift'] no voc 19B Good Good 15624.56 100.00 0 Pas Peu: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '27/27' '3/3' '0/0' bad good good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H(NEW_ALT:C>T);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
-COVID-202104373_S56 ToCheck ["SNPs: ['C15848T'] not in GATK"] B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 16987.39 99.99 0 Peu: 28041 [91%], Beaucoup: [15794, '45%'], [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '35/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104374_S57 Ok ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) 20I/501Y.V1 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 8990.33 99.86 11 Peu: 28041 [92%], Beaucoup: [21944, '43%'], [23438, '30%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '56%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 18 18 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT)
-COVID-202104375_S58 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 8869.87 99.99 0 Peu: 1525 [54%], Peu: [25242, '41%'], [25269, '33%'], [25270, '37%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104376_S59 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22280-22473, Good but: 0.7% of low cov: 22280-22473, 8645.90 99.34 186 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '34%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '54%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104377_S60 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C25275A', 'C29358T', 'T16176C'] not in NextClade", "Del: GATK ['11287-11292', '21764-21769', '21990-21995', '24529-24534', '28270-28275'] != NextClade ['11288-11297', '21766-21772', '24531-24534', '28274']"] ToCheck 20I/501Y.V1 Bad: 41.0% of low cov: 21104-21613, 21973-22259, 22553-22801, 24698-24939, 25309-25587, Trop de Ns 8432.99 85.64 3933 Beaucoup: 5334 [59%], 10269 [55%], 15042 [67%], 16122 [81%], 23550 [71%], 23655 [69%], 25221 [49%], 25739 [70%], 25850 [78%], 26402 [67%], 27918 [89%], 27994 [88%], 28041 [88%], 28057 [87%], 28226 [59%], 28227 [59%], 28228 [59%], 28827 [73%], 28828 [72%], 28829 [72%], 28923 [72%], 29304 [51%], Beaucoup: [2919, '47%'], [14894, '31%'], [16967, '35%'], [25042, '48%'], [25232, '34%'], [25242, '54%'], [25260, '30%'], [26508, '33%'], [28199, '32%'], '30/33' '4/5' '1/1' mediocre bad good good bad 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(AF);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 17 10 no 23217:Spike_A570D;24860:Spike_D1118H(N COV) 5334:ORF1ab_A1708D(AF);23550:Spike_P681H(AF);23655:Spike_T716I(AF);28226:N_D3L(AF);28227:N_D3L(AF);28228:N_D3L(AF);28923:N_S235F(AF) no 6 3 no 5176:ORF1ab_K1655N;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H(N COV);28833:N_T205I 10269:ORF1ab_K3353R(AF);25850:ORF3a_S171L(AF);26402:E_P71L(AF) no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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-COVID-202104379_S72 Ok ToCheck 20A Good Good 12134.32 99.91 0 Peu: 15133 [66%], Beaucoup: [23438, '33%'], [25223, '32%'], [25232, '35%'], [25242, '54%'], [25269, '47%'], [25270, '51%'], '29/29' '3/3' '1/1' bad good good good bad 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 5 5 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23009:Spike_N501Y;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 1 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23009:Spike_N501Y;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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-COVID-202103524_S65 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 9003.95 99.99 0 Pas Beaucoup: [25223, '32%'], [25232, '36%'], [25242, '56%'], [25260, '31%'], [25269, '46%'], [25270, '50%'], '31/31' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 3 3 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
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-COVID-202104322_S128 ToCheck ['Pb Cov', "Insert: ['6811:T'] not in GATK"] B.1.1.7 20I/501Y.V1 Bad: 6.3% of low cov: 23794-24032, Bad: 1.7% of low cov: 1-51, 13334-13559, 23794-24032, 17750.29 98.43 412 Pas Peu: [25232, '34%'], [25242, '52%'], [25269, '34%'], [25270, '37%'], '33/33' '4/4' '1/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104359_S42 Ok B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 9739.08 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '31%'], [25242, '50%'], [25269, '39%'], [25270, '44%'], '35/35' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104373_S56 ToCheck ["SNPs: ['C15848T'] not in GATK"] B.1.1.7 20I/501Y.V1 Good Good 16987.39 99.99 0 Peu: 28041 [91%], Beaucoup: [15794, '45%'], [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '35/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7
-COVID-202104374_S57 Ok ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) 20I/501Y.V1 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 8990.33 99.86 11 Peu: 28041 [92%], Beaucoup: [21944, '43%'], [23438, '30%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '56%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 18 18 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G;22759:Spike_K417N;22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT)
-COVID-202104377_S60 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C25275A', 'C29358T', 'T16176C'] not in NextClade", "Del: GATK ['11287-11292', '21764-21769', '21990-21995', '24529-24534', '28270-28275'] != NextClade ['11288-11297', '21766-21772', '24531-24534', '28274']"] ToCheck 20I/501Y.V1 Bad: 41.0% of low cov: 21104-21613, 21973-22259, 22553-22801, 24698-24939, 25309-25587, Trop de Ns 8432.99 85.64 3933 Beaucoup: 5334 [59%], 10269 [55%], 15042 [67%], 16122 [81%], 23550 [71%], 23655 [69%], 25221 [49%], 25739 [70%], 25850 [78%], 26402 [67%], 27918 [89%], 27994 [88%], 28041 [88%], 28057 [87%], 28226 [59%], 28227 [59%], 28228 [59%], 28827 [73%], 28828 [72%], 28829 [72%], 28923 [72%], 29304 [51%], Beaucoup: [2919, '47%'], [14894, '31%'], [16967, '35%'], [25042, '48%'], [25232, '34%'], [25242, '54%'], [25260, '30%'], [26508, '33%'], [28199, '32%'], '30/33' '4/5' '1/1' mediocre bad good good bad 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R(AF);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 17 10 no 23217:Spike_A570D;24860:Spike_D1118H(N COV) 5334:ORF1ab_A1708D(AF);23550:Spike_P681H(AF);23655:Spike_T716I(AF);28226:N_D3L(AF);28227:N_D3L(AF);28228:N_D3L(AF);28923:N_S235F(AF) no 6 3 no 5176:ORF1ab_K1655N;21747:Spike_D80A;22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K;23610:Spike_A701V;25509:ORF3a_Q57H(N COV);28833:N_T205I 10269:ORF1ab_K3353R(AF);25850:ORF3a_S171L(AF);26402:E_P71L(AF) no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;22958:Spike_E484K;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
-COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104297_S103 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.7% of low cov: 22255-22471, Good but: 0.7% of low cov: 22255-22471, 21448.47 99.20 220 Pas Trop: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '33%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], [25619, '43%'], [25622, '45%'], [25623, '43%'], [25626, '40%'], [25627, '41%'], [25628, '40%'], [25630, '30%'], [27730, '31%'], [27746, '42%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104319_S125 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 20058.73 99.30 200 Peu: 3187 [79%], Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '43%'], [22239, '39%'], [22240, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '54%'], [25260, '34%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104334_S134 ToCheck ['Frameshift'] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 19193.14 99.94 0 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '37%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '54%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [['22289-22293', 4, 22235, 'S']] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104335_S135 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22269-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22269-22470, 17500.35 99.34 188 Pas Beaucoup: [22237, '41%'], [22238, '41%'], [22239, '39%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104336_S136 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22282-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22282-22470, 18627.96 99.60 116 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '35%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '48%'], [25270, '51%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104337_S137 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22284-22473, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22473, 19049.65 99.36 186 Pas Beaucoup: [22239, '44%'], [22240, '30%'], [23438, '36%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104338_S138 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 16701.16 99.57 69 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '43%'], [22240, '31%'], [23438, '30%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104339_S139 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22281-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22281-22470, 13551.63 99.33 193 Peu: 11620 [88%], Beaucoup: [22237, '42%'], [22238, '43%'], [22239, '41%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck
-COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104343_S143 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 11802.72 99.38 178 Peu: 10687 [82%], Trop: [2849, '42%'], [2851, '40%'], [2852, '39%'], [2853, '37%'], [2854, '35%'], [2855, '30%'], [22239, '45%'], [22240, '37%'], [23438, '36%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '55%'], [25270, '60%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104347_S36 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 21691.28 99.28 185 Pas Beaucoup: [22240, '40%'], [23438, '34%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '51%'], [25270, '54%'], '29/29' '3/3' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:Spike_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:Spike_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF)
-COVID-202104349_S38 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22277-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22277-22470, 20147.33 99.34 193 Pas Trop: [22240, '44%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '54%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], [28963, '46%'], [28964, '45%'], [28965, '43%'], [28966, '43%'], [28967, '38%'], [28968, '41%'], [28969, '38%'], [28970, '32%'], [28973, '30%'], [28974, '32%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
-COVID-202104375_S58 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 8869.87 99.99 0 Peu: 1525 [54%], Peu: [25242, '41%'], [25269, '33%'], [25270, '37%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104376_S59 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22280-22473, Good but: 0.7% of low cov: 22280-22473, 8645.90 99.34 186 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '34%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '54%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
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@@ -1,5 +0,0 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
-COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck
-COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:Spike_R120I(N COV);21979:Spike_F157L(N COV);22607:Spike_V367F(N COV);23347:Spike_Q613H(N COV);23550:Spike_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);21936:Spike_Y144_del(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23217:Spike_A570D(N COV);23550:Spike_P681H(N COV);23655:Spike_T716I(N COV);24452:Spike_S982A(N COV);24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:Spike_D80A(N COV);22152:Spike_D215G(N COV);22759:Spike_K417N(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23610:Spike_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R(N COV);21710:Spike_HV_69-70_del(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23539:Spike_Q677H(N COV);24170:Spike_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F(N COV);21567:Spike_T20N(N COV);21584:Spike_P26S(N COV);21920:Spike_D138Y(N COV);22078:Spike_R190S(N COV);22758:Spike_K417T(N COV);22958:Spike_E484K(N COV);23009:Spike_N501Y(N COV);23471:Spike_H655Y(N COV);24588:Spike_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck
-COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:Spike_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:Spike_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:Spike_E484K(AF);23009:Spike_N501Y(AF)
-COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
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deleted file mode 100644
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@@ -1,23 +0,0 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
-COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104297_S103 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.7% of low cov: 22255-22471, Good but: 0.7% of low cov: 22255-22471, 21448.47 99.20 220 Pas Trop: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '33%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], [25619, '43%'], [25622, '45%'], [25623, '43%'], [25626, '40%'], [25627, '41%'], [25628, '40%'], [25630, '30%'], [27730, '31%'], [27746, '42%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104319_S125 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 20058.73 99.30 200 Peu: 3187 [79%], Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '43%'], [22239, '39%'], [22240, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '54%'], [25260, '34%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:Spike_L18F;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104334_S134 ToCheck ['Frameshift'] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 19193.14 99.94 0 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '37%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '54%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [['22289-22293', 4, 22235, 'S']] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104335_S135 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22269-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22269-22470, 17500.35 99.34 188 Pas Beaucoup: [22237, '41%'], [22238, '41%'], [22239, '39%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104336_S136 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22282-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22282-22470, 18627.96 99.60 116 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '35%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '48%'], [25270, '51%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104337_S137 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22284-22473, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22473, 19049.65 99.36 186 Pas Beaucoup: [22239, '44%'], [22240, '30%'], [23438, '36%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104338_S138 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 16701.16 99.57 69 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '43%'], [22240, '31%'], [23438, '30%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104339_S139 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22281-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22281-22470, 13551.63 99.33 193 Peu: 11620 [88%], Beaucoup: [22237, '42%'], [22238, '43%'], [22239, '41%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104343_S143 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 11802.72 99.38 178 Peu: 10687 [82%], Trop: [2849, '42%'], [2851, '40%'], [2852, '39%'], [2853, '37%'], [2854, '35%'], [2855, '30%'], [22239, '45%'], [22240, '37%'], [23438, '36%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '55%'], [25270, '60%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
-COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:Spike_R120I;21979:Spike_F157L;22607:Spike_V367F;23347:Spike_Q613H;23550:Spike_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:Spike_HV_69-70_del;21936:Spike_Y144_del;23217:Spike_A570D;23550:Spike_P681H;23655:Spike_T716I;24452:Spike_S982A;24860:Spike_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:Spike_Q52R;21710:Spike_HV_69-70_del;23539:Spike_Q677H;24170:Spike_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:Spike_T20N;21584:Spike_P26S;21920:Spike_D138Y;22078:Spike_R190S;22758:Spike_K417T;23471:Spike_H655Y;24588:Spike_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351
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-COVID-202101511_S63 B.1.351 MN908947_Ampliseq 21747 A C Spike_D80A 7771;7833;7850;7874;7910;8257;8474;8571;8590;8525;8510 no no yes yes no no no 21747:Spike_D80A
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-COVID-202101511_S63 B.1.525 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del 32401;32259;32180;31510;31399;30867;247;61;119;130;198 yes no 0.998 2971 yes yes yes yes yes G G yes yes no no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del
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-COVID-202103524_S65 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23550 C G Spike_P681R 15781;15753;15023;14917;14879;14877;14706;14640;14676;14675;15622 yes no 0.999 3471 yes yes yes yes yes A A yes no A yes no 23550:Spike_P681R(NEW_ALT:G>A)
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-COVID-202104305_S111 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del 96691;15974;15565;13416;13072;465;326;540;673;707;81561 no no yes yes no no no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del
-COVID-202104305_S111 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A Spike_HV_69-70_del 6118;6245;6262;6317;6333;6497;6596;6859;6869;6951;6994 no no yes yes no no no 21710:Spike_HV_69-70_del
-COVID-202104305_S111 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 999;976;960;922;920;931;847;821;730;729;712 no no yes yes no no no 21936:Spike_Y144_del
-COVID-202104305_S111 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 145;143;143;140;139;139;135;132;126;113;111 no no yes yes no no no 23009:Spike_N501Y
-COVID-202104305_S111 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23217 C A Spike_A570D 61372;61396;62141;62251;62264;63120;63630;63693;64095;64368;64976 no no yes yes no no no 23217:Spike_A570D
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-COVID-202104309_S115 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A Spike_HV_69-70_del 14621;14880;14920;14979;14993;15322;15518;15994;16047;16246;16323 no no yes yes no no no 21710:Spike_HV_69-70_del
-COVID-202104309_S115 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 2756;2693;2668;2563;2556;2541;2301;2230;1960;1958;1946 no no yes yes no no no 21936:Spike_Y144_del
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-COVID-202104311_S117 P.1 MN908947_Ampliseq 21584 C T Spike_P26S 659;658;646;661;649;629;622;625;625;629;631 no no yes yes no no no 21584:Spike_P26S
-COVID-202104311_S117 P.1 MN908947_Ampliseq 21920 G T Spike_D138Y 1769;1761;1720;1719;1702;1704;1693;1664;1529;1528;1518 no no yes yes no no no 21920:Spike_D138Y
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-COVID-202104311_S117 P.1 MN908947_Ampliseq 22758 A C Spike_K417T 2674;2675;2664;2612;2601;2478;2469;2439;2404;2397;2310 no no yes yes no no no 22758:Spike_K417T
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-COVID-202104311_S117 P.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 92;88;88;88;87;89;85;85;81;79;79 no no yes yes no no no 23009:Spike_N501Y
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-COVID-202104311_S117 P.1 MN908947_Ampliseq 24588 C T Spike_T1027I 2668;2660;2615;2616;2609;2591;2592;2589;2578;2560;2555 no no yes yes no no no 24588:Spike_T1027I
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-COVID-202104312_S118 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21979 C A Spike_F157L 117;118;118;118;118;117;117;117;118;118;117 no no yes yes no no no 21979:Spike_F157L
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-COVID-202104312_S118 B.1.351 MN908947_Ampliseq 21747 A C Spike_D80A 7386;7436;7451;7472;7441;7763;7883;7986;7996;7991;7995 no no yes yes no no no 21747:Spike_D80A
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-COVID-202104312_S118 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22759 G T Spike_K417N 7331;7322;7193;7162;6852;6827;6779;6686;6668;6418;6407 no no yes yes no no no 22759:Spike_K417N
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-COVID-202104312_S118 B.1.525 MN908947_Ampliseq 14353 C T ORF1ab_L4715F 14887;14337;14293;14373;14445;14484;14586;14717;14815;14779;15086 no no yes yes no no no 14353:ORF1ab_L4715F
-COVID-202104312_S118 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21663 A G Spike_Q52R 2905;2927;2933;2942;3144;3143;3184;3207;3227;3234;3238 no no yes yes no no no 21663:Spike_Q52R
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-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28113 G A ORF8_E92K 46015;46133;48385;48400;48768;48752;49572;50374;50982;51809;51819 no no yes yes no no no 28113:ORF8_E92K
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28215 C CAAAC ORF8_28269-28273_ins 62136;61911;61776;61357;60987;60501;60322;17451;17167;46624;43206 no no yes yes no no no 28215:ORF8_28269-28273_ins
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28458 C G N_P80R 155531;156832;157076;159254;159672;159593;159805;159859;160855;161048;161405 no no yes yes no no no 28458:N_P80R
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11176 G T ORF1a_M3655I 116034;117229;117682;118455;119087;118155;117514;117298;119501;119444;134126 no no yes yes no no no 11176:ORF1a_M3655I
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11212 G T ORF1a_L3667F 134471;134171;133419;128481;127761;123644;123492;122059;121186;120324;119406 no no yes yes no no no 11212:ORF1a_L3667F
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T Spike_R120I 9528;9340;9207;9372;9240;9174;9163;9022;9019;9119;9211 no no yes yes no no no 21813:Spike_R120I
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21979 C A Spike_F157L 365;361;361;362;363;362;362;362;352;352;358 no no yes yes no no no 21979:Spike_F157L
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-COVID-202104316_S122 P.1 MN908947_Ampliseq 21584 C T Spike_P26S 1200;1199;1192;1199;1171;1114;1108;1109;1106;1105;1103 no no yes yes no no no 21584:Spike_P26S
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-COVID-202104323_S129 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T Spike_R120I 7498;7374;7263;7315;7160;7072;7044;6927;6919;6921;6953 no no yes yes no no no 21813:Spike_R120I
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-COVID-202104342_S142 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T Spike_R120I 14308;14057;13832;13859;13562;13399;13351;13170;13138;13157;13201 no no yes yes no no no 21813:Spike_R120I
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-COVID-202104360_S43 P.1 MN908947_Ampliseq 22758 A C Spike_K417T 6026;6025;6001;5932;5906;5657;5640;5603;5494;5482;5278 no no yes yes no no no 22758:Spike_K417T
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-COVID-202104360_S43 P.1 MN908947_Ampliseq 28113 G A ORF8_E92K 20103;20197;21043;21056;21461;21446;21889;22047;22090;22387;22457 no no yes yes no no no 28113:ORF8_E92K
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-COVID-202104360_S43 P.1 MN908947_Ampliseq 28458 C G N_P80R 18540;18687;18727;19008;19064;19048;19072;19088;19254;19286;19329 no no yes yes no no no 28458:N_P80R
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-COVID-202100911_S62 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 1006;969;961;937;933;944;868;849;761;757;748 no no yes yes no no no 21936:Spike_Y144_del
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-COVID-202100911_S62 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 28228 T A N_D3L 33911;32996;33385;33392;34055;34122;34495;34566;33676;33617;33546 no no yes yes no no no 28228:N_D3L
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-COVID-202104309_S115 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del 111913;111682;108935;108883;108169;107991;106867;101364;100595;97751;97733 no no yes yes no no no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del
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-COVID-202104309_S115 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 2756;2693;2668;2563;2556;2541;2301;2230;1960;1958;1946 no no yes yes no no no 21936:Spike_Y144_del
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-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 8;8;8;8;8;8;6;6;5;5;5 no no no yes no no no 21936:Spike_Y144_del(COV)
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 no yes no no no no N no 23009:Spike_N501Y(N COV)
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23217 C A Spike_A570D 20730;20727;20886;20924;20929;21127;22065;22128;22367;22493;22612 no no yes yes no no no 23217:Spike_A570D
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23550 C A Spike_P681H 62917;63001;60158;59532;58724;58430;58857;58849;58967;58940;62462 no no yes yes no no no 23550:Spike_P681H
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24452 T G Spike_S982A 27;27;27;27;29;29;29;30;30;31;31 no no yes yes no no no 24452:Spike_S982A
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24860 G C Spike_D1118H 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 no yes no no no no N no 24860:Spike_D1118H(N COV)
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 27918 C T Orf8_Q27stop 10371;10792;10834;10558;10599;10613;10623;10704;10639;10657;10425 no no yes yes no no no 27918:Orf8_Q27stop
-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 27994 G T Orf8_R52I 8573;8443;8423;8423;8381;8380;8363;8358;8355;7971;7955 no no yes yes no no no 27994:Orf8_R52I
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-COVID-202104315_S121 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 28923 C T N_S235F 730;696;694;694;694;690;660;653;611;608;607 no no yes yes no no no 28923:N_S235F
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-COVID-202104315_S121 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A Spike_HV_69-70_del 41;41;41;41;41;41;41;42;43;43;43 no no yes yes no no no 21710:Spike_HV_69-70_del
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-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 17205 G T ORF1ab_E5665D 17969;18290;18222;18214;18214;18191;18628;18553;18621;18695;19139 no no yes yes no no no 17205:ORF1ab_E5665D
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-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 23471 C T Spike_H655Y 23639;23681;23663;23781;24040;24037;24654;24635;26605;26904;27019 no no yes yes no no no 23471:Spike_H655Y
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 24588 C T Spike_T1027I 36;36;36;36;36;36;36;36;35;34;34 no no yes yes no no no 24588:Spike_T1027I
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28113 G A ORF8_E92K 46015;46133;48385;48400;48768;48752;49572;50374;50982;51809;51819 no no yes yes no no no 28113:ORF8_E92K
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28215 C CAAAC ORF8_28269-28273_ins 62136;61911;61776;61357;60987;60501;60322;17451;17167;46624;43206 no no yes yes no no no 28215:ORF8_28269-28273_ins
-COVID-202104315_S121 P.1 MN908947_Ampliseq 28458 C G N_P80R 155531;156832;157076;159254;159672;159593;159805;159859;160855;161048;161405 no no yes yes no no no 28458:N_P80R
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11176 G T ORF1a_M3655I 116034;117229;117682;118455;119087;118155;117514;117298;119501;119444;134126 no no yes yes no no no 11176:ORF1a_M3655I
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11212 G T ORF1a_L3667F 134471;134171;133419;128481;127761;123644;123492;122059;121186;120324;119406 no no yes yes no no no 11212:ORF1a_L3667F
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T Spike_R120I 9528;9340;9207;9372;9240;9174;9163;9022;9019;9119;9211 no no yes yes no no no 21813:Spike_R120I
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21979 C A Spike_F157L 365;361;361;362;363;362;362;362;352;352;358 no no yes yes no no no 21979:Spike_F157L
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 22607 G T Spike_V367F 10979;11090;11118;11092;11117;11126;11343;11478;11648;11847;11994 no no yes yes no no no 22607:Spike_V367F
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23347 G T Spike_Q613H 42415;42139;41994;41928;41731;41409;41403;41030;41006;40519;40283 no no yes yes no no no 23347:Spike_Q613H
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23550 C G Spike_P681R 22619;22646;21719;21531;21251;21156;21317;21313;21356;21348;22564 no no yes yes no no no 23550:Spike_P681R
-COVID-202104316_S122 A.23.1 MN908947_Ampliseq 28090 T C Orf8_L84S 23680;23691;23881;24830;24952;25043;25129;25453;25619;25677;25928 no no yes yes no no no 28090:Orf8_L84S
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-COVID-202104316_S122 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 3213 C T ORF1ab_T1001I 13457;13597;13626;13663;13856;13852;14059;14132;13431;13423;13406 no no yes yes no no no 3213:ORF1ab_T1001I
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-COVID-202104316_S122 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 6900 T C ORF1ab_I2230T 1255;1250;1260;1249;1257;1258;1277;1285;1277;1260;1259 no no yes yes no no no 6900:ORF1ab_I2230T
-COVID-202104316_S122 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del 114019;113819;112544;112524;112065;111877;110734;105305;104471;101642;101636 no no yes yes no no no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del
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-COVID-202104324_S130 P.1 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del 49676;47229;46691;45301;191;29;1;5;68;74;42160 yes no 0.996 2786 no yes yes yes no * no no no no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:)
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-COVID-202104324_S130 P.1 MN908947_Ampliseq 21560 C T Spike_L18F 993;982;979;979;979;965;951;951;950;924;906 no no yes yes no no no 21560:Spike_L18F
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-COVID-202104325_S131 P.1 MN908947_Ampliseq 21584 C T Spike_P26S 1049;1041;1029;1034;1011;970;963;963;957;955;956 no no yes yes no no no 21584:Spike_P26S
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-COVID-202104335_S135 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del 2633;2559;2530;2461;2458;2437;2258;2195;1951;1940;1930 no no yes yes no no no 21936:Spike_Y144_del
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+COVID-202103524_S65 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 9003.95 99.99 0 Pas Beaucoup: [25223, '32%'], [25232, '36%'], [25242, '56%'], [25260, '31%'], [25269, '46%'], [25270, '50%'], '31/31' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 3 3 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202103801_S70 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', 'Frameshift', "Insert: ['15827:G'] not in GATK"] ToCheck 20A.EU2 Bad: 41.5% of low cov: 21355-21612, 22256-22798, 23119-23397, 24076-24357, 24716-24939, Trop de Ns 8987.14 78.21 6401 Peu: 10551 [49%], 17050 [78%], Vraiement trop > 20: [17047, '31%'], [17048, '31%'], [17049, '31%'], [17051, '32%'], [17052, '35%'], [17053, '34%'], [17054, '33%'], [17055, '33%'], [17056, '31%'], [17057, '32%'], [17058, '33%'], [17059, '33%'], [17060, '35%'], [17061, '32%'], [17062, '31%'], [17063, '31%'], [17064, '31%'], [18568, '30%'], [18569, '44%'], [18570, '48%'], [18571, '45%'], [18572, '32%'], [18573, '47%'], [18574, '47%'], [18576, '46%'], [18577, '37%'], [18578, '36%'], [23438, '37%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '54%'], [25269, '44%'], [25270, '46%'], '24/24' '1/1' '1/0' mediocre bad good good bad 0 [['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D(N COV);6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T(N COV);16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L(N COV);26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
+COVID-202104284_S66 Ok ToCheck A.23.1 probable but absent 29473:N_Q418H | Conflict between NextClade and Pangolin 19B Good Good 15008.02 100.00 0 Peu: 10693 [94%], 17691 [76%], Vraiement trop > 20: [23438, '35%'], [25223, '32%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], [28056, '30%'], [28057, '30%'], [28058, '31%'], [28059, '33%'], [28060, '33%'], [28061, '36%'], [28062, '36%'], [28063, '37%'], [28064, '39%'], [28065, '37%'], [28066, '34%'], [28067, '33%'], [28068, '33%'], [28069, '32%'], [28070, '31%'], [28071, '30%'], [28072, '32%'], [28073, '31%'], [28074, '30%'], '25/25' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] A.23.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 10 10 no 29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H(NEW_ALT:A>G);23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;28833:N_T2051I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck A.23.1 probable but absent 29473:N_Q418H | Conflict between NextClade and Pangolin
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+COVID-202104289_S68 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 12243.77 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '49%'], [25269, '43%'], [25270, '45%'], '32/32' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104293_S99 Ok ToCheck 20A Good Good 22370.50 99.87 14 Peu: 15133 [87%], Beaucoup: [25200, '31%'], [25223, '39%'], [25232, '42%'], [25242, '60%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '28/28' '3/3' '1/1' bad good good good bad 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 5 5 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H no 1 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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+COVID-202104295_S101 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 20658.09 99.95 14 Peu: 5575 [92%], Beaucoup: [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25260, '30%'], [25269, '51%'], [25270, '56%'], '32/32' '0/0' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104297_S103 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.7% of low cov: 22255-22471, Good but: 0.7% of low cov: 22255-22471, 21448.47 99.20 220 Pas Trop: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '33%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], [25619, '43%'], [25622, '45%'], [25623, '43%'], [25626, '40%'], [25627, '41%'], [25628, '40%'], [25630, '30%'], [27730, '31%'], [27746, '42%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104299_S105 Ok no voc 20E (EU1) Good Good 23788.90 99.95 14 Peu: 7474 [92%], 24717 [92%], Beaucoup: [23067, '33%'], [23068, '30%'], [25200, '30%'], [25223, '38%'], [25232, '40%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '58%'], '23/23' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.177 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
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+COVID-202104305_S111 Ok no voc 20A Good Good 18830.89 99.91 24 Pas Peu: [25223, '30%'], [25232, '33%'], [25242, '47%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], '24/24' '2/2' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 4 4 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
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+COVID-202104307_S113 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 22651.17 99.91 25 Pas Peu: [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104312_S118 Ok ToCheck 20B Good Good but: 0.8% of low cov: 6810-7046, 15320.85 99.20 214 Peu: 6229 [52%], Vraiement trop > 20: [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '53%'], [25269, '36%'], [25270, '39%'], [26188, '46%'], [26190, '38%'], [26191, '36%'], [26194, '30%'], [27703, '35%'], [27704, '36%'], [27705, '36%'], [27706, '37%'], [27707, '34%'], [27713, '37%'], [27714, '37%'], [27715, '38%'], [27716, '35%'], [27717, '36%'], [27718, '35%'], [27720, '36%'], [27721, '35%'], [27722, '34%'], [27724, '38%'], [27725, '40%'], [27726, '40%'], [27727, '40%'], [27728, '40%'], [27729, '45%'], [27733, '44%'], [27734, '46%'], [27735, '45%'], [27736, '45%'], [27737, '43%'], [27738, '45%'], [27739, '42%'], '27/27' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] P.2 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
+COVID-202104313_S119 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 14218.52 100.00 0 Peu: 17224 [84%], Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '58%'], [25260, '31%'], [25269, '48%'], [25270, '56%'], '32/32' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104314_S120 Ok no voc 20A.EU2 Good Good but: 1.2% of low cov: 6428-6703, 25904-25982, 13497.77 99.01 273 Pas Beaucoup: [2444, '37%'], [22748, '43%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '27/27' '0/0' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104315_S121 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['A2903G', 'C2880T'] not in GATK"] ToCheck 20A Bad: 22.3% of low cov: 21917-22248, 22829-23078, 24670-24939, Trop de Ns 14571.08 75.45 7150 Peu: 6270 [48%], Beaucoup: [1843, '36%'], [2827, '32%'], [2828, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25260, '30%'], [25269, '40%'], [25270, '44%'], '26/24' '3/3' '1/1' bad bad good good bad 0 [] B.1.214 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 5 5 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del(COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D;23550:S_P681H;24452:S_S982A;24860:S_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28923:N_S235F no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N;22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L(N COV);16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);25509:ORF3a_O57H no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);25509:ORF3a_O57H no 1 1 no 14353:ORF1ab_L4715F(N COV);21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T;22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
+COVID-202104316_S122 Ok no voc 20D Good Good 14047.52 99.92 7 Peu: 12735 [87%], Peu: [25242, '48%'], '27/27' '0/0' '0/0' mediocre good good good mediocre 0 [] C.16 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104317_S123 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov'] ToCheck 20D Good Very bad: 5.2% of low cov: 1275-1557, 3469-4011, 8591-8840, 9210-9436, 25904-26154, 15437.45 95.02 1365 Peu: 12735 [69%], 12870 [82%], Peu: [25232, '33%'], [25242, '51%'], [25270, '33%'], '29/29' '1/1' '0/0' bad mediocre good good bad 0 [] C.16 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L(N COV);5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
+COVID-202104318_S124 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C8782T'] not in NextClade", 'Frameshift', "Insert: ['20480:C'] not in GATK"] ToCheck 19B Bad: 46.3% of low cov: 21358-21955, 22230-22473, 22841-23069, 23794-24033, 24407-24650, 25023-25235, Trop de Ns 17596.74 79.92 5685 Pas Pas '19/20' '3/3' '1/0' mediocre bad good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A(N COV);22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L;28833:N_T205I no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
+COVID-202104319_S125 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 20058.73 99.30 200 Peu: 3187 [79%], Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '43%'], [22239, '39%'], [22240, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '33%'], [25242, '54%'], [25260, '34%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104322_S128 ToCheck ['Pb Cov', "Insert: ['6811:T'] not in GATK"] B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Bad: 6.3% of low cov: 23794-24032, Bad: 1.7% of low cov: 1-51, 13334-13559, 23794-24032, 17750.29 98.43 412 Pas Peu: [25232, '34%'], [25242, '52%'], [25269, '34%'], [25270, '37%'], '33/33' '4/4' '1/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104323_S129 Ok no voc 20A.EU2 Good Good 18369.82 99.91 23 Peu: 17692 [84%], Peu: [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '54%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '30/30' '0/0' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.160 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 3 3 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K(MISSING_G>A);23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104324_S130 Ok no voc 20B Good but: 1.6% of low cov: 22256-22317, Good but: 0.2% of low cov: 22256-22317, 21523.97 99.89 6 Peu: 1267 [93%], 9213 [92%], Peu: [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], '27/27' '1/1' '0/0' bad good good good bad 0 [] B.1.1.317 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV CF_GATK:*:);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N(NEW_ALT:A>T);21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104334_S134 ToCheck ['Frameshift'] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 19193.14 99.94 0 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '37%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '54%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [['22289-22293', 4, 22235, 'S']] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104336_S136 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22282-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22282-22470, 18627.96 99.60 116 Pas Beaucoup: [22239, '46%'], [22240, '35%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '57%'], [25269, '48%'], [25270, '51%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104339_S139 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22281-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22281-22470, 13551.63 99.33 193 Peu: 11620 [88%], Beaucoup: [22237, '42%'], [22238, '43%'], [22239, '41%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L;22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 4 4 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 4 4 no 12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S;22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104343_S143 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 11802.72 99.38 178 Peu: 10687 [82%], Trop: [2849, '42%'], [2851, '40%'], [2852, '39%'], [2853, '37%'], [2854, '35%'], [2855, '30%'], [22239, '45%'], [22240, '37%'], [23438, '36%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '55%'], [25270, '60%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104347_S36 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 21691.28 99.28 185 Pas Beaucoup: [22240, '40%'], [23438, '34%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '51%'], [25270, '54%'], '29/29' '3/3' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:S_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:S_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF)
+COVID-202104349_S38 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22277-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22277-22470, 20147.33 99.34 193 Pas Trop: [22240, '44%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '54%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], [28963, '46%'], [28964, '45%'], [28965, '43%'], [28966, '43%'], [28967, '38%'], [28968, '41%'], [28969, '38%'], [28970, '32%'], [28973, '30%'], [28974, '32%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104350_S39 ToCheck ["SNPs: ['C12469T'] not in GATK"] no voc 19B Good Good 22932.96 100.00 0 Peu: 6487 [56%], Beaucoup: [12415, '30%'], [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '51%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], '24/23' '1/1' '0/0' bad good good good bad 1 [] A.28 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104351_S40 ToCheck ["SNPs: ['C12469T'] not in GATK"] no voc 19B Good Good 28533.75 100.00 0 Peu: 6487 [84%], 27410 [94%], Beaucoup: [12415, '39%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '55%'], '24/23' '1/1' '0/0' bad good good good bad 1 [] A.28 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21936:S_Y144_del;23009:S_N501Y;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23009:S_N501Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
+COVID-202104359_S42 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 9739.08 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '31%'], [25242, '50%'], [25269, '39%'], [25270, '44%'], '35/35' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104370_S53 ToCheck ['Frameshift'] no voc 19B Good Good 14987.12 100.00 0 Pas Peu: [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/28' '3/3' '0/0' bad good good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H(NEW_ALT:C>T);24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
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+COVID-202104373_S56 ToCheck ["SNPs: ['C15848T'] not in GATK"] B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 16987.39 99.99 0 Peu: 28041 [91%], Beaucoup: [15794, '45%'], [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '35/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104374_S57 Ok ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) 20I/501Y.V1 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 8990.33 99.86 11 Peu: 28041 [92%], Beaucoup: [21944, '43%'], [23438, '30%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '56%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 18 18 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT)
+COVID-202104375_S58 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 8869.87 99.99 0 Peu: 1525 [54%], Peu: [25242, '41%'], [25269, '33%'], [25270, '37%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104376_S59 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22280-22473, Good but: 0.7% of low cov: 22280-22473, 8645.90 99.34 186 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '34%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '54%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104377_S60 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C25275A', 'C29358T', 'T16176C'] not in NextClade", "Del: GATK ['11287-11292', '21764-21769', '21990-21995', '24529-24534', '28270-28275'] != NextClade ['11288-11297', '21766-21772', '24531-24534', '28274']"] ToCheck 20I/501Y.V1 Bad: 41.0% of low cov: 21104-21613, 21973-22259, 22553-22801, 24698-24939, 25309-25587, Trop de Ns 8432.99 85.64 3933 Beaucoup: 5334 [59%], 10269 [55%], 15042 [67%], 16122 [81%], 23550 [71%], 23655 [69%], 25221 [49%], 25739 [70%], 25850 [78%], 26402 [67%], 27918 [89%], 27994 [88%], 28041 [88%], 28057 [87%], 28226 [59%], 28227 [59%], 28228 [59%], 28827 [73%], 28828 [72%], 28829 [72%], 28923 [72%], 29304 [51%], Beaucoup: [2919, '47%'], [14894, '31%'], [16967, '35%'], [25042, '48%'], [25232, '34%'], [25242, '54%'], [25260, '30%'], [26508, '33%'], [28199, '32%'], '30/33' '4/5' '1/1' mediocre bad good good bad 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H;23550:S_P681R(AF);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 17 10 no 23217:S_A570D;24860:S_D1118H(N COV) 5334:ORF1ab_A1708D(AF);23550:S_P681H(AF);23655:S_T716I(AF);28226:N_D3L(AF);28227:N_D3L(AF);28228:N_D3L(AF);28923:N_S235F(AF) no 6 3 no 5176:ORF1ab_K1655N;21747:S_D80A;22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H(N COV);28833:N_T205I 10269:ORF1ab_K3353R(AF);25850:ORF3a_S171L(AF);26402:E_P71L(AF) no 3 3 no 9684:ORF1a_S3158T(N COV);16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H(N COV);28833:N_T2051I no 3 3 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H(N COV);28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y;22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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+COVID-TEXT-BU_S45 ToCheck ['Frameshift'] no voc 19B Good Good 14149.09 100.00 0 Peu: 344 [87%], Peu: [25223, '31%'], [25232, '35%'], [25242, '55%'], [25269, '48%'], [25270, '51%'], '28/28' '3/3' '0/0' bad good good good bad 0 [['26164-26172', 8, 26110, 'ORF3a']] A.27 1.0 2021-02-21 passed_qc no 2 2 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28113:Orf8_E92K;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;14354:ORF1b_P314L;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;14354:ORF1b_P314L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;23349:S_D614G;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R no voc
+COVID-TPCR-BT_S127 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['A18673G', 'A2903G', 'T25541C', 'T5322G'] not in GATK", "Insert: ['18650:T'] not in GATK"] ToCheck 19A Bad: 100.6% of low cov: 18619-22462, Trop de Ns 0.90 1.11 26323 Pas Pas '4/0' '0/0' '1/0' good bad good good bad 0 [] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S(N COV);28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(COV);29473:N_Q418H(COV) no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D(N COV);6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H(N COV);27918:Orf8_Q27stop(N COV);27994:Orf8_R52I(N COV);28057:Orf8_Y73C(N COV);28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(COV) no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I(COV);5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);25509:ORF3a_Q57H(COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(COV) no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651(COV);9684:ORF1a_S3158T(N COV);14354:ORF1b_P314L(N COV);16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);25509:ORF3a_O57H(COV);28833:N_T2051I(COV) no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651(COV);12824:ORF1a_I4205V(N COV);14354:ORF1b_P314L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);25509:ORF3a_O57H(COV);28833:N_T2051I(COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F(N COV);21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L(N COV);26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L(N COV);5594:ORF1ab_K1795Q(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D(N COV);21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R(N COV) ToCheck
+COVID-TPCR-BU_S74 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov'] ToCheck NA NA NA 0.28 0.33 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(COV);11212:ORF1a_L3667F(COV);21813:S_R120I(COV);21979:S_F157L(COV);22607:S_V367F(COV);23347:S_Q613H(COV);23550:S_P681R(COV);28090:Orf8_L84S(COV);28113:Orf8_E92K(COV);28824:N_S202N(COV);29473:N_Q418H(COV) no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(COV);5334:ORF1ab_A1708D(COV);6900:ORF1ab_I2230T(COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV);21710:S_HV_69-70_del(COV);21936:S_Y144_del(COV);23009:S_N501Y(COV);23217:S_A570D(COV);23550:S_P681H(COV);23655:S_T716I(COV);24452:S_S982A(COV);24860:S_D1118H(COV);27918:Orf8_Q27stop(COV);27994:Orf8_R52I(COV);28057:Orf8_Y73C(COV);28226:N_D3L(COV);28227:N_D3L(COV);28228:N_D3L(COV);28923:N_S235F(COV) no 0 0 no 1005:ORF1ab_T265I(COV);5176:ORF1ab_K1655N(COV);10269:ORF1ab_K3353R(COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV);21747:S_D80A(COV);22152:S_D215G(COV);22759:S_K417N(COV);22958:S_E484K(COV);23009:S_N501Y(COV);23610:S_A701V(COV);25509:ORF3a_Q57H(COV);25850:ORF3a_S171L(COV);26402:E_P71L(COV);28833:N_T205I(COV) no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651(COV);9684:ORF1a_S3158T(COV);14354:ORF1b_P314L(COV);16340:ORF1b_P976L(COV);16960:ORF1b_D1183Y(COV);21546:S_S13I(COV);21964:S_W152C(COV);22863:S_L452R(COV);23349:S_D614G(COV);25509:ORF3a_O57H(COV);28833:N_T2051I(COV) no 0 0 no 1005:ORF1a_T2651(COV);12824:ORF1a_I4205V(COV);14354:ORF1b_P314L(COV);16960:ORF1b_D1183Y(COV);21546:S_S13I(COV);21964:S_W152C(COV);22863:S_L452R(COV);23349:S_D614G(COV);25509:ORF3a_O57H(COV);28833:N_T2051I(COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV);14353:ORF1ab_L4715F(COV);21663:S_Q52R(COV);21710:S_HV_69-70_del(COV);22958:S_E484K(COV);23539:S_Q677H(COV);24170:S_F888L(COV);26251:E_L21F(COV);26713:M_I82T(COV);28223:N_SD2Y_del(COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L(COV);5594:ORF1ab_K1795Q(COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(COV);17205:ORF1ab_E5665D(COV);21560:S_L18F(COV);21567:S_T20N(COV);21584:S_P26S(COV);21920:S_D138Y(COV);22078:S_R190S(COV);22758:S_K417T(COV);22958:S_E484K(COV);23009:S_N501Y(COV);23471:S_H655Y(COV);24588:S_T1027I(COV);28113:ORF8_E92K(COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(COV);28458:N_P80R(COV) ToCheck
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/all_objects.RData b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/all_objects.RData
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..a1fa694490740b81950353283aa3db9f181aff5e
Binary files /dev/null and b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/all_objects.RData differ
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/cnr_curation_voc_qc_1615066222_report.txt b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/cnr_curation_voc_qc_1616709812_report.txt
similarity index 68%
rename from example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/cnr_curation_voc_qc_1615066222_report.txt
rename to example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/cnr_curation_voc_qc_1616709812_report.txt
index 5e78bafd5932a3ad4d86f69de9aeb98440938faf..c7231e2303a5254f076acd9a650b560f5e68eaf5 100644
--- a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/cnr_curation_voc_qc_1615066222_report.txt
+++ b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/cnr_curation_voc_qc_1616709812_report.txt
@@ -3,7 +3,7 @@
################################################################
- cnr_curation_voc_qc_1615066222_report.txt
+ cnr_curation_voc_qc_1616709812_report.txt
################################################################
@@ -19,7 +19,7 @@
-[1] "2021-03-06 22:30:22 CET"
+[1] "2021-03-25 23:03:32 CET"
@@ -56,10 +56,10 @@ C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB50170
7) THE VOC Check COLUMN IN THE OUTPUT RECAPITULATES THE VOC QC FOR THE MANUAL CURATOR: SEE THE READ.ME FILE OF THE GITLAB REPOSITORY FOR DETAILS
- 8) A "MISS" ALERT IS REPORTED IN THE "absent pos" COLUMN IF NEXTCLADE DETECTS A VOC BUT THAT THE VARIANTS IN critical.var.present.file.path ARE TRULY NOT PRESENT
+ 8) A "MISS" ALERT IS REPORTED IN THE "absent pos" COLUMN IF NEXTCLADE DETECTS A VOC BUT THAT THE VARIANTS IN critical.var.watching.file.path ARE TRULY NOT PRESENT
- 9) A "NEW" ALERT IS REPORTED IN THE VOC Check COLUMN IF NEXTCLADE DETECTS A VOC AND THAT THE VARIANTS IN new.critical.var.file.path ARE TRULY PRESENT
+ 9) A "NEW" ALERT IS REPORTED IN THE VOC Check COLUMN IF NEXTCLADE DETECTS A VOC AND THAT THE VARIANTS IN new.critical.var.popping.file.path ARE TRULY PRESENT
10) N AT POSITION IS BASED ON THE nextclade.annotation.tsv FILE (missing COLUMN)
@@ -88,14 +88,14 @@ THE LIST OF VARIANTS USED FOR EACH VOC IS:
2 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 5334 C A ORF1ab_A1708D
3 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 6900 T C ORF1ab_I2230T
4 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del
-5 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A Spike_HV_69-70_del
-6 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T Spike_Y144_del
-7 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y
-8 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23217 C A Spike_A570D
-9 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23550 C A Spike_P681H
-10 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23655 C T Spike_T716I
-11 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24452 T G Spike_S982A
-12 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24860 G C Spike_D1118H
+5 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A S_HV_69-70_del
+6 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 21936 TTTA T S_Y144_del
+7 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y
+8 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23217 C A S_A570D
+9 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H
+10 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23655 C T S_T716I
+11 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24452 T G S_S982A
+12 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 24860 G C S_D1118H
13 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 27918 C T Orf8_Q27stop
14 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 27994 G T Orf8_R52I
15 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 28057 A G Orf8_Y73C
@@ -107,12 +107,12 @@ THE LIST OF VARIANTS USED FOR EACH VOC IS:
21 B.1.351 MN908947_Ampliseq 5176 G T ORF1ab_K1655N
22 B.1.351 MN908947_Ampliseq 10269 A G ORF1ab_K3353R
23 B.1.351 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del
-24 B.1.351 MN908947_Ampliseq 21747 A C Spike_D80A
-25 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22152 A G Spike_D215G
-26 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22759 G T Spike_K417N
-27 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22958 G A Spike_E484K
-28 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y
-29 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23610 C T Spike_A701V
+24 B.1.351 MN908947_Ampliseq 21747 A C S_D80A
+25 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22152 A G S_D215G
+26 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22759 G T S_K417N
+27 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K
+28 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y
+29 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23610 C T S_A701V
30 B.1.351 MN908947_Ampliseq 25509 G T ORF3a_Q57H
31 B.1.351 MN908947_Ampliseq 25850 C T ORF3a_S171L
32 B.1.351 MN908947_Ampliseq 26402 C T E_P71L
@@ -121,54 +121,103 @@ THE LIST OF VARIANTS USED FOR EACH VOC IS:
35 P.1 MN908947_Ampliseq 5594 A C ORF1ab_K1795Q
36 P.1 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del
37 P.1 MN908947_Ampliseq 17205 G T ORF1ab_E5665D
-38 P.1 MN908947_Ampliseq 21560 C T Spike_L18F
-39 P.1 MN908947_Ampliseq 21567 C A Spike_T20N
-40 P.1 MN908947_Ampliseq 21584 C T Spike_P26S
-41 P.1 MN908947_Ampliseq 21920 G T Spike_D138Y
-42 P.1 MN908947_Ampliseq 22078 G T Spike_R190S
-43 P.1 MN908947_Ampliseq 22758 A C Spike_K417T
-44 P.1 MN908947_Ampliseq 22958 G A Spike_E484K
-45 P.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y
-46 P.1 MN908947_Ampliseq 23471 C T Spike_H655Y
-47 P.1 MN908947_Ampliseq 24588 C T Spike_T1027I
+38 P.1 MN908947_Ampliseq 21560 C T S_L18F
+39 P.1 MN908947_Ampliseq 21567 C A S_T20N
+40 P.1 MN908947_Ampliseq 21584 C T S_P26S
+41 P.1 MN908947_Ampliseq 21920 G T S_D138Y
+42 P.1 MN908947_Ampliseq 22078 G T S_R190S
+43 P.1 MN908947_Ampliseq 22758 A C S_K417T
+44 P.1 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K
+45 P.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y
+46 P.1 MN908947_Ampliseq 23471 C T S_H655Y
+47 P.1 MN908947_Ampliseq 24588 C T S_T1027I
48 P.1 MN908947_Ampliseq 28113 G A ORF8_E92K
49 P.1 MN908947_Ampliseq 28215 C CAAAC ORF8_28269-28273_ins
50 P.1 MN908947_Ampliseq 28458 C G N_P80R
51 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11176 G T ORF1a_M3655I
52 A.23.1 MN908947_Ampliseq 11212 G T ORF1a_L3667F
-53 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T Spike_R120I
-54 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21979 C A Spike_F157L
-55 A.23.1 MN908947_Ampliseq 22607 G T Spike_V367F
-56 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23347 G T Spike_Q613H
-57 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23550 C G Spike_P681R
+53 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21813 G T S_R120I
+54 A.23.1 MN908947_Ampliseq 21979 C A S_F157L
+55 A.23.1 MN908947_Ampliseq 22607 G T S_V367F
+56 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23347 G T S_Q613H
+57 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23550 C G S_P681R
58 A.23.1 MN908947_Ampliseq 28090 T C Orf8_L84S
59 A.23.1 MN908947_Ampliseq 28113 G A Orf8_E92K
60 A.23.1 MN908947_Ampliseq 28824 G A N_S202N
61 A.23.1 MN908947_Ampliseq 29473 G T N_Q418H
62 B.1.525 MN908947_Ampliseq 14353 C T ORF1ab_L4715F
63 B.1.525 MN908947_Ampliseq 11233 GTCTGGTTTT G ORF1ab_SGF_3675-3677_del
-64 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A Spike_HV_69-70_del
-65 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21663 A G Spike_Q52R
-66 B.1.525 MN908947_Ampliseq 22958 G A Spike_E484K
-67 B.1.525 MN908947_Ampliseq 23539 G C Spike_Q677H
-68 B.1.525 MN908947_Ampliseq 24170 T C Spike_F888L
+64 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21710 ATACATG A S_HV_69-70_del
+65 B.1.525 MN908947_Ampliseq 21663 A G S_Q52R
+66 B.1.525 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K
+67 B.1.525 MN908947_Ampliseq 23539 G C S_Q677H
+68 B.1.525 MN908947_Ampliseq 24170 T C S_F888L
69 B.1.525 MN908947_Ampliseq 26251 C T E_L21F
70 B.1.525 MN908947_Ampliseq 26713 T C M_I82T
71 B.1.525 MN908947_Ampliseq 28223 TCTG T N_SD2Y_del
+72 B.1.427 MN908947_Ampliseq 1005 C T ORF1a_T2651
+73 B.1.427 MN908947_Ampliseq 9684 G C ORF1a_S3158T
+74 B.1.427 MN908947_Ampliseq 14354 C T ORF1b_P314L
+75 B.1.427 MN908947_Ampliseq 16340 C T ORF1b_P976L
+76 B.1.427 MN908947_Ampliseq 16960 G T ORF1b_D1183Y
+77 B.1.427 MN908947_Ampliseq 21546 G T S_S13I
+78 B.1.427 MN908947_Ampliseq 21964 G T S_W152C
+79 B.1.427 MN908947_Ampliseq 22863 T G S_L452R
+80 B.1.427 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G
+81 B.1.427 MN908947_Ampliseq 25509 G T ORF3a_O57H
+82 B.1.427 MN908947_Ampliseq 28833 C T N_T2051I
+83 B.1.429 MN908947_Ampliseq 1005 C T ORF1a_T2651
+84 B.1.429 MN908947_Ampliseq 12824 A G ORF1a_I4205V
+85 B.1.429 MN908947_Ampliseq 14354 C T ORF1b_P314L
+86 B.1.429 MN908947_Ampliseq 16960 G T ORF1b_D1183Y
+87 B.1.429 MN908947_Ampliseq 21546 G T S_S13I
+88 B.1.429 MN908947_Ampliseq 21964 G T S_W152C
+89 B.1.429 MN908947_Ampliseq 22863 T G S_L452R
+90 B.1.429 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G
+91 B.1.429 MN908947_Ampliseq 25509 G T ORF3a_O57H
+92 B.1.429 MN908947_Ampliseq 28833 C T N_T2051I
THE LIST OF CRITICAL VOC VARIANTS TO MONITOR IS:
- voc gatk_chr gatk_pos gatk_ref gatk_alt var_name nextclade_nom
- B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 501Y.V1
- B.1.351 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 501Y.V2
- P.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T Spike_N501Y 501Y.V3
+ voc gatk_chr gatk_pos gatk_ref gatk_alt var_name nextclade_nom pangolin_nom
+1 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20I/501Y.V1 B.1.1.7
+2 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20H/501.V2 B.1.351
+3 P.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20J/501Y.V3 P.1
+4 B.1.351 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20H/501.V2 B.1.351
+5 P.1 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20J/501Y.V3 P.1
+6 B.1.525 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20A B.1.525
+7 B.1.427 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 20C/S:452R B.1.427
+8 B.1.429 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 20C/S:452R B.1.429
+9 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 20I/501Y.V1 B.1.1.7
+10 B.1.427 MN908947_Ampliseq 22863 T G S_L452R 20C/S:452R B.1.427
+11 B.1.429 MN908947_Ampliseq 22863 T G S_L452R 20C/S:452R B.1.429
THE LIST OF NEW CRITICAL VARIANTS TO MONITOR IS:
- voc gatk_chr gatk_pos gatk_ref gatk_alt var_name nextclade_nom
- B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 22958 G A Spike_E484K 501Y.V1
+ voc gatk_chr gatk_pos gatk_ref gatk_alt var_name nextclade_nom pangolin_nom
+1 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20I/501Y.V1 B.1.1.7
+2 A.23.1 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 19B A.23.1
+3 B.1.427 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20C/S:452R B.1.427
+4 B.1.429 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 20C/S:452R B.1.429
+5 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 19B A.23.1
+6 B.1.525 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20A B.1.525
+7 B.1.427 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20C/S:452R B.1.427
+8 B.1.429 MN908947_Ampliseq 23009 A T S_N501Y 20C/S:452R B.1.429
+9 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 20I/501Y.V1 B.1.1.7
+10 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 501Y.V2 B.1.351
+11 P.1 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 20J/501Y.V3 P.1
+12 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 19B A.23.1
+13 B.1.525 MN908947_Ampliseq 23349 A G S_D614G 20A B.1.525
+14 B.1.351 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 501Y.V2 B.1.351
+15 P.1 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 20J/501Y.V3 P.1
+16 A.23.1 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 19B A.23.1
+17 B.1.525 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 20A B.1.525
+18 B.1.427 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 20C/S:452R B.1.427
+19 B.1.429 MN908947_Ampliseq 23550 C A S_P681H 20C/S:452R B.1.429
+20 B.1.1.7 MN908947_Ampliseq 22988 T C S_S494P 20I/501Y.V1 B.1.1.7
+21 A.23.1 MN908947_Ampliseq 2948 G A ORF1a_E913K 19B A.23.1
THE COLUMN OF THE res.file.path PARAMETER USED TO GET THE NEXTCLADE OUTPUT IS: Clade_Nextclade
@@ -237,19 +286,19 @@ WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC B.1.351 (LOOP i1 3)
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0.003
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
"*" ALLELE HAS THE HIGHEST AF
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0.003
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
"*" ALLELE HAS THE HIGHEST AF
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104324_S130 (LOOP i0 40) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0.003
@@ -273,23 +322,23 @@ WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.351 (LOOP i1 3)
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTA
GTCTGGTTTT
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTA
GTCTGGTTTT
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
@@ -321,23 +370,23 @@ WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.351 (LOOP i1 3)
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTAAGCTAA
GTCTGGTTTT
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTAAGCTAA
GTCTGGTTTT
-WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+WARNING: IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
THE EXPECTED ALT G IS PRESENT IN THE ALT ALLELES OF GATK TMP BUT NOT THE BEST AF: 0
@@ -358,7 +407,7 @@ BUT IN FACT, BAD ALT IN TMP GATK -> NO WARNING IN THE OUTPUT REPORT COLUMN
WARNING: COLUMNS OF res REMOVED ACCORDING TO over.qc.col.rm PARAMETER SETTING
-WARNING: NEW VARIANTS TO MONITOR: FILE SAVED IN C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_new_variant.tsv
+WARNING: NEW VARIANTS TO MONITOR: FILE SAVED IN C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_new_variant.tsv
@@ -419,12 +468,12 @@ GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTA
GTCTGGTTTT
-IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTA
GTCTGGTTTT
-IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+IN SAMPLE COVID-202104358_S41 (LOOP i0 62) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTA
GTCTGGTTTT
@@ -446,12 +495,12 @@ GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTAAGCTAA
GTCTGGTTTT
-IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 4) AND POSITION 11233
+IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC B.1.525 (LOOP i1 6) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTAAGCTAA
GTCTGGTTTT
-IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 5) AND POSITION 11233
+IN SAMPLE COVID-202104374_S57 (LOOP i0 77) AND VOC P.1 (LOOP i1 7) AND POSITION 11233
GATK TMP REF DIFFERENT FROM VOC REF:
GTCTGGTTTTAAGCTAA
GTCTGGTTTT
@@ -470,7 +519,7 @@ BUT IN FACT, BAD ALT IN TMP GATK -> NO WARNING IN THE OUTPUT REPORT COLUMN
COLUMNS OF res REMOVED ACCORDING TO over.qc.col.rm PARAMETER SETTING
-NEW VARIANTS TO MONITOR: FILE SAVED IN C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_new_variant.tsv
+NEW VARIANTS TO MONITOR: FILE SAVED IN C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_new_variant.tsv
warn.secu PARAMETER SET TO FALSE -> NO CHECK OF VARIABLE CONFLICTS
@@ -481,13 +530,13 @@ warn.secu PARAMETER SET TO FALSE -> NO CHECK OF VARIABLE CONFLICTS
-END TIME: 2021-03-06 22:33:27
+END TIME: 2021-03-25 23:07:54
-TOTAL TIME LAPSE: 3M 5S
+TOTAL TIME LAPSE: 4M 22S
-ALL DATA SAVED IN: C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1615066222/all_objects.RData
+ALL DATA SAVED IN: C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1616709812/all_objects.RData
@@ -496,43 +545,43 @@ ALL DATA SAVED IN: C:/Users/Gael/Desktop/cnr_curation_voc_qc_1615066222/all_obje
-erase.objects TRUE
-erase.graphs TRUE
-script cnr_curation_voc_qc_script
-run.way SOURCE RUNNING DETECTION
-in.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/
-cov.file .cov
-cov.path 05_Stats/
-vcf.file .haplotyper.vcf.gz
-tmp.vcf.file _haplotyper_tmp.vcf.gz
-vcf.path 06_Gatk_consensus/
-annot.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/NextClade_annotations_ivar.tsv
-voc.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210304_voc_gatk.txt
-res.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/Full_Results.tsv
-out.path C:/Users/Gael/Desktop/
-function1.path https://gitlab.pasteur.fr/gmillot/cute_little_R_functions/-/raw/b889376cf894dea5cd5cf3aad3b7c9394ab28a61/cute_little_R_functions.R
-alt.freq 0.85
-alt.nb 6
-dcov 6
-dcov.ext 5
-dcov.prop 0.9
-var.nb.for.no.voc 4
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-nextclade.col Clade_Nextclade
-nextclade.nom 501Y.V1,501Y.V2,501Y.V3,DO_NOT_NOW_YET1,DO_NOT_NOW_YET2
-pangolin.col
-pangolin.nom B.1.1.7,B.1.351,P.1,A.23.1,B.1.525
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-over.qc.col.rm TRUE
-critical.var.present.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210304_voc_gatk_critical_var_present.txt
-new.critical.var.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210304_voc_gatk_new_critical_var.txt
-lib.path
-project.name cnr_curation_voc_qc
-warn.secu FALSE
-pos.sep ;
-print.count 10
+erase.objects TRUE
+erase.graphs TRUE
+script cnr_curation_voc_qc_script
+run.way SOURCE RUNNING DETECTION
+in.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/
+cov.file .cov
+cov.path 05_Stats/
+vcf.file .haplotyper.vcf.gz
+tmp.vcf.file _haplotyper_tmp.vcf.gz
+vcf.path 06_Gatk_consensus/
+annot.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/NextClade_annotations_ivar.tsv
+voc.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210322_voc_gatk.txt
+res.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/results_210303_NB501703_0309_AHMWWFBGXH/Full_Results.tsv
+out.path C:/Users/Gael/Desktop/
+function1.path https://gitlab.pasteur.fr/gmillot/cute_little_R_functions/-/raw/1c475ae8d8ed22c63b6c59aede4c6e7a01657652/cute_little_R_functions.R
+alt.freq 0.85
+alt.nb 6
+dcov 6
+dcov.ext 5
+dcov.prop 0.9
+var.nb.for.no.voc 4
+var.nb.for.voc.why 3
+insert.col.nb 4
+shift 54
+nextclade.col Clade_Nextclade
+nextclade.nom 501Y.V1,501Y.V2,501Y.V3,DO_NOT_NOW_YET1,DO_NOT_NOW_YET2,DO_NOT_NOW_YET3,DO_NOT_NOW_YET4
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+critical.var.watching.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210322_voc_gatk_critical_var_watching.txt
+new.critical.var.popping.file.path C:/Users/gael/Documents/Git_projects/cnr_curation/dataset/20210322_voc_gatk_new_critical_var_popping.txt
+lib.path
+project.name cnr_curation_voc_qc
+warn.secu FALSE
+pos.sep ;
+print.count 10
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_full.tsv b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_full.tsv
similarity index 55%
rename from example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_full.tsv
rename to example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_full.tsv
index 594bdb56153c241bac31c2041c048950edf540a5..e712cedf37f9bececc45e0f89ac4a3dd05a690e5 100644
--- a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_full.tsv
+++ b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_full.tsv
@@ -1 +1 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
+ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.427 variants all here B.1.427 nb detected gatk among 11 B.1.427 nb over QC among 11 B.1.427 only del problematic B.1.427 absent pos B.1.427 present below QC pos B.1.429 variants all here B.1.429 nb detected gatk among 10 B.1.429 nb over QC among 10 B.1.429 only del problematic B.1.429 absent pos B.1.429 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_no.tsv b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_no.tsv
similarity index 55%
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index 594bdb56153c241bac31c2041c048950edf540a5..e712cedf37f9bececc45e0f89ac4a3dd05a690e5 100644
--- a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_no.tsv
+++ b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_no.tsv
@@ -1 +1 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
+ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.427 variants all here B.1.427 nb detected gatk among 11 B.1.427 nb over QC among 11 B.1.427 only del problematic B.1.427 absent pos B.1.427 present below QC pos B.1.429 variants all here B.1.429 nb detected gatk among 10 B.1.429 nb over QC among 10 B.1.429 only del problematic B.1.429 absent pos B.1.429 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_yes.tsv b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_yes.tsv
similarity index 55%
rename from example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_yes.tsv
rename to example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_yes.tsv
index 594bdb56153c241bac31c2041c048950edf540a5..e712cedf37f9bececc45e0f89ac4a3dd05a690e5 100644
--- a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1615066222/qc_A.23.1_yes.tsv
+++ b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_A.23.1_yes.tsv
@@ -1 +1 @@
-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
+ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.427 variants all here B.1.427 nb detected gatk among 11 B.1.427 nb over QC among 11 B.1.427 only del problematic B.1.427 absent pos B.1.427 present below QC pos B.1.429 variants all here B.1.429 nb detected gatk among 10 B.1.429 nb over QC among 10 B.1.429 only del problematic B.1.429 absent pos B.1.429 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
diff --git a/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_B.1.1.7_full.tsv b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_B.1.1.7_full.tsv
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..d438c51b7aeaa65fbde95ff0c94ed931c4b87430
--- /dev/null
+++ b/example_of_result/cnr_curation_voc_qc_1616709812/qc_B.1.1.7_full.tsv
@@ -0,0 +1,12 @@
+ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.427 variants all here B.1.427 nb detected gatk among 11 B.1.427 nb over QC among 11 B.1.427 only del problematic B.1.427 absent pos B.1.427 present below QC pos B.1.429 variants all here B.1.429 nb detected gatk among 10 B.1.429 nb over QC among 10 B.1.429 only del problematic B.1.429 absent pos B.1.429 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
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+COVID-202104307_S113 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 22651.17 99.91 25 Pas Peu: [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104322_S128 ToCheck ['Pb Cov', "Insert: ['6811:T'] not in GATK"] B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Bad: 6.3% of low cov: 23794-24032, Bad: 1.7% of low cov: 1-51, 13334-13559, 23794-24032, 17750.29 98.43 412 Pas Peu: [25232, '34%'], [25242, '52%'], [25269, '34%'], [25270, '37%'], '33/33' '4/4' '1/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104359_S42 Ok B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 9739.08 99.99 0 Pas Peu: [23438, '31%'], [25232, '31%'], [25242, '50%'], [25269, '39%'], [25270, '44%'], '35/35' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104373_S56 ToCheck ["SNPs: ['C15848T'] not in GATK"] B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G 20I/501Y.V1 Good Good 16987.39 99.99 0 Peu: 28041 [91%], Beaucoup: [15794, '45%'], [25223, '33%'], [25232, '36%'], [25242, '55%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '35/34' '4/4' '0/0' good good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H yes 19 19 no no 2 2 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.1.7 B.1.1.7_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104374_S57 Ok ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) 20I/501Y.V1 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 8990.33 99.86 11 Peu: 28041 [92%], Beaucoup: [21944, '43%'], [23438, '30%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '59%'], [25269, '50%'], [25270, '56%'], '36/36' '4/4' '0/0' mediocre good good good good 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R(NEW_ALT:G>A);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 18 18 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N;10269:ORF1ab_K3353R;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);21747:S_D80A;22152:S_D215G;22759:S_K417N;22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H;25850:ORF3a_S171L;26402:E_P71L;28833:N_T205I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H;28833:N_T2051I no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 1 1 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GAAGCTAA:G NEW_ALT:G>GAAGCTAA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.1.7 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:TT:T NEW_ALT:T>TT)
+COVID-202104377_S60 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C25275A', 'C29358T', 'T16176C'] not in NextClade", "Del: GATK ['11287-11292', '21764-21769', '21990-21995', '24529-24534', '28270-28275'] != NextClade ['11288-11297', '21766-21772', '24531-24534', '28274']"] ToCheck 20I/501Y.V1 Bad: 41.0% of low cov: 21104-21613, 21973-22259, 22553-22801, 24698-24939, 25309-25587, Trop de Ns 8432.99 85.64 3933 Beaucoup: 5334 [59%], 10269 [55%], 15042 [67%], 16122 [81%], 23550 [71%], 23655 [69%], 25221 [49%], 25739 [70%], 25850 [78%], 26402 [67%], 27918 [89%], 27994 [88%], 28041 [88%], 28057 [87%], 28226 [59%], 28227 [59%], 28228 [59%], 28827 [73%], 28828 [72%], 28829 [72%], 28923 [72%], 29304 [51%], Beaucoup: [2919, '47%'], [14894, '31%'], [16967, '35%'], [25042, '48%'], [25232, '34%'], [25242, '54%'], [25260, '30%'], [26508, '33%'], [28199, '32%'], '30/33' '4/5' '1/1' mediocre bad good good bad 1 [] B.1.1.7 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H;23550:S_P681R(AF);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 17 10 no 23217:S_A570D;24860:S_D1118H(N COV) 5334:ORF1ab_A1708D(AF);23550:S_P681H(AF);23655:S_T716I(AF);28226:N_D3L(AF);28227:N_D3L(AF);28228:N_D3L(AF);28923:N_S235F(AF) no 6 3 no 5176:ORF1ab_K1655N;21747:S_D80A;22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K;23610:S_A701V;25509:ORF3a_Q57H(N COV);28833:N_T205I 10269:ORF1ab_K3353R(AF);25850:ORF3a_S171L(AF);26402:E_P71L(AF) no 3 3 no 9684:ORF1a_S3158T(N COV);16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H(N COV);28833:N_T2051I no 3 3 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R;25509:ORF3a_O57H(N COV);28833:N_T2051I no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;22958:S_E484K;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y;22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck
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+COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104335_S135 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22269-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22269-22470, 17500.35 99.34 188 Pas Beaucoup: [22237, '41%'], [22238, '41%'], [22239, '39%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104337_S137 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22284-22473, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22473, 19049.65 99.36 186 Pas Beaucoup: [22239, '44%'], [22240, '30%'], [23438, '36%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104338_S138 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 16701.16 99.57 69 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '43%'], [22240, '31%'], [23438, '30%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '47%'], [25270, '53%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104339_S139 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22281-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22281-22470, 13551.63 99.33 193 Peu: 11620 [88%], Beaucoup: [22237, '42%'], [22238, '43%'], [22239, '41%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L;22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 4 4 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 4 4 no 12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S;22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104343_S143 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 11802.72 99.38 178 Peu: 10687 [82%], Trop: [2849, '42%'], [2851, '40%'], [2852, '39%'], [2853, '37%'], [2854, '35%'], [2855, '30%'], [22239, '45%'], [22240, '37%'], [23438, '36%'], [25223, '35%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '55%'], [25270, '60%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104347_S36 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 21691.28 99.28 185 Pas Beaucoup: [22240, '40%'], [23438, '34%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '51%'], [25270, '54%'], '29/29' '3/3' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:S_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:S_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF)
+COVID-202104349_S38 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22277-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22277-22470, 20147.33 99.34 193 Pas Trop: [22240, '44%'], [23438, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '54%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], [28963, '46%'], [28964, '45%'], [28965, '43%'], [28966, '43%'], [28967, '38%'], [28968, '41%'], [28969, '38%'], [28970, '32%'], [28973, '30%'], [28974, '32%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
+COVID-202104375_S58 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 8869.87 99.99 0 Peu: 1525 [54%], Peu: [25242, '41%'], [25269, '33%'], [25270, '37%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 3 3 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104376_S59 ToCheck ["Del: GATK ['11287-11288'] != NextClade ['11288-11297', '22287-22296']"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22280-22473, Good but: 0.7% of low cov: 22280-22473, 8645.90 99.34 186 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '34%'], [25223, '33%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '50%'], [25270, '54%'], '28/28' '2/1' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104341_S141 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['G20749T', 'T9884A', 'T9898A'] not in NextClade", 'Frameshift', "Del: GATK ['10887-10893', '22280-22286', '9859-9865', '9874-9880', '9879-9885', '9890-9896'] != NextClade ['10888', '15824', '22287-22290']", "Insert: GATK ['1337:GCTGCTGCCGTGAACATGAGCAT', '25076:AATC', '25079:ATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTC', '25082:GGTGTAGT', '25084:TTCTTGCA', '9886:CATCA', '9895:TAAGA', '9901:TGTC'] != NextClade ['11562:G', '15827:G']"] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 82.5% of low cov: 21098-21955, 22227-24033, 24398-24651, 25015-25249, Trop de Ns 5064.46 50.36 13982 Peu: 14051 [50%], 20695 [49%], Peu: [14529, '47%'], [14530, '41%'], [15809, '31%'], [18550, '32%'], '13/16' '3/6' '2/8' mediocre bad good good bad 0 [['10888', 1, 10834, 'orf1ab_1'], ['15824', 1, 15770, 'orf1ab_2']] B.1 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L;22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 5 5 no 5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);26402:E_P71L(N COV) no 4 4 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 4 4 no 12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C;22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T(N COV);28223:N_SD2Y_del no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S;22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R(N COV) ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104345_S34 Rejected ['%cov<97', 'Pb Cov', "SNPs: ['C1059T', 'C28706T'] not in GATK", 'Frameshift'] ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin 20H/501Y.V2 Bad: 78.4% of low cov: 21294-24026, 24390-24652, Trop de Ns 1793.92 45.82 15876 Pas Peu: [1163, '50%'], [25232, '37%'], [25242, '50%'], [28652, '48%'], '10/8' '2/2' '0/0' good bad good good bad 0 [['9160', 1, 9106, 'orf1ab_1'], ['15162', 1, 15108, 'orf1ab_2']] None 0 2021-02-21 fail no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I(N COV);11212:ORF1a_L3667F(N COV);21813:S_R120I(N COV);21979:S_F157L(N COV);22607:S_V367F(N COV);23347:S_Q613H(N COV);23550:S_P681R(N COV);28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K(N COV);28824:N_S202N(N COV);29473:N_Q418H no 0 0 no 3213:ORF1ab_T1001I(N COV);5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);21936:S_Y144_del(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23217:S_A570D(N COV);23550:S_P681H(N COV);23655:S_T716I(N COV);24452:S_S982A(N COV);24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L(N COV);28227:N_D3L(N COV);28228:N_D3L(N COV);28923:N_S235F(N COV) no 1 1 no 1005:ORF1ab_T265I;5176:ORF1ab_K1655N(N COV);10269:ORF1ab_K3353R(N COV);11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);21747:S_D80A(N COV);22152:S_D215G(N COV);22759:S_K417N(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23610:S_A701V(N COV);25850:ORF3a_S171L(N COV);26402:E_P71L(N COV);28833:N_T205I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 2 2 no 1005:ORF1a_T2651;12824:ORF1a_I4205V(N COV);16960:ORF1b_D1183Y(N COV);21546:S_S13I(N COV);21964:S_W152C(N COV);22863:S_L452R(N COV);23349:S_D614G(N COV);28833:N_T2051I(N COV) no 0 0 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R(N COV);21710:S_HV_69-70_del(N COV);22958:S_E484K(N COV);23539:S_Q677H(N COV);24170:S_F888L;26251:E_L21F(N COV);26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del(N COV) no 0 0 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(N COV);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F(N COV);21567:S_T20N(N COV);21584:S_P26S(N COV);21920:S_D138Y(N COV);22078:S_R190S(N COV);22758:S_K417T(N COV);22958:S_E484K(N COV);23009:S_N501Y(N COV);23471:S_H655Y(N COV);24588:S_T1027I(N COV);28113:ORF8_E92K(N COV);28215:ORF8_28269-28273_ins(N COV);28458:N_P80R ToCheck Conflict between NextClade and Pangolin
+COVID-202104348_S37 Ok ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) 20H/501Y.V2 Good but: 5.1% of low cov: 22275-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22275-22470, 24047.25 99.37 186 Beaucoup: 5663 [90%], 22958 [82%], 23009 [83%], 25153 [91%], 28032 [93%], Vraiement trop > 20: [14835, '31%'], [14836, '47%'], [14837, '46%'], [14845, '48%'], [14846, '40%'], [14847, '39%'], [22240, '45%'], [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '55%'], [25269, '46%'], [25270, '51%'], [28972, '48%'], [28976, '45%'], [28979, '44%'], [28980, '41%'], [28981, '40%'], [28982, '39%'], [28984, '35%'], [28985, '32%'], [28986, '31%'], '27/27' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F 23009:S_N501Y(AF) no 14 12 no 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 1 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del 22958:S_E484K(AF) no 4 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF) ToCheck B.1.351 probable but 22958:S_E484K(AF);23009:S_N501Y(AF)
+COVID-202104358_S41 Ok ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) 20H/501Y.V2 Good but: 4.8% of low cov: 22284-22467, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22467, 20941.19 99.52 116 Pas Beaucoup: [22240, '43%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '57%'], [25260, '30%'], [25269, '53%'], [25270, '59%'], '23/23' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 1 1 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F no 13 13 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA) no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 1 1 no 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 2 2 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA);17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R ToCheck B.1.351 probable but absent 11233:ORF1ab_SGF_3675-3677_del(CF_GATK:GA:G NEW_ALT:G>GA)
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+COVID-202104296_S102 ToCheck ["SNPs: ['C22452A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 3.3% of low cov: 22275-22399, Good but: 0.4% of low cov: 22275-22399, 22947.45 99.55 117 Pas Beaucoup: [22237, '44%'], [22238, '44%'], [22239, '42%'], [22240, '32%'], [25223, '36%'], [25232, '38%'], [25242, '58%'], [25260, '30%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104298_S104 ToCheck ["SNPs: ['G29266A'] not in GATK"] B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 6.2% of low cov: 22233-22470, Good but: 0.8% of low cov: 22233-22470, 19826.30 99.21 218 Pas Beaucoup: [25223, '34%'], [25232, '37%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '51%'], [29264, '38%'], [29265, '34%'], [29266, '34%'], '28/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104325_S131 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.2% of low cov: 22272-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22272-22470, 15886.53 99.35 184 Pas Beaucoup: [22237, '46%'], [22238, '45%'], [22239, '44%'], [22240, '34%'], [25223, '37%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '50%'], [25270, '55%'], '27/27' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104326_S132 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 17319.51 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '44%'], [22239, '40%'], [22240, '31%'], [25223, '34%'], [25232, '36%'], [25242, '52%'], [25269, '45%'], [25270, '50%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104327_S133 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Bad: 11.6% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, Good but: 1.5% of low cov: 22255-22470, 22842-23069, 14493.47 99.11 255 Peu: 27814 [67%], Beaucoup: [11814, '43%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '46%'], [25270, '52%'], '28/28' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R(COV) no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 3 3 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21560:S_L18F;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104335_S135 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22269-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22269-22470, 17500.35 99.34 188 Pas Beaucoup: [22237, '41%'], [22238, '41%'], [22239, '39%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '57%'], [25269, '47%'], [25270, '52%'], '29/29' '2/2' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104337_S137 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22284-22473, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22473, 19049.65 99.36 186 Pas Beaucoup: [22239, '44%'], [22240, '30%'], [23438, '36%'], [25223, '34%'], [25232, '39%'], [25242, '58%'], [25269, '49%'], [25270, '55%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104340_S140 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good Good 16191.82 99.99 0 Pas Beaucoup: [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '35%'], [23438, '31%'], [25223, '31%'], [25232, '32%'], [25242, '48%'], [25269, '37%'], [25270, '40%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104342_S142 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 18648.01 99.43 126 Pas Beaucoup: [22239, '43%'], [22240, '33%'], [23438, '32%'], [25223, '35%'], [25232, '37%'], [25242, '56%'], [25269, '49%'], [25270, '54%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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+COVID-202104344_S144 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.0% of low cov: 22280-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22280-22470, 19223.69 99.39 132 Peu: 28243 [92%], Beaucoup: [22237, '45%'], [22238, '45%'], [22239, '40%'], [23438, '33%'], [25223, '35%'], [25232, '40%'], [25242, '58%'], [25269, '51%'], [25270, '57%'], '26/26' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104346_S35 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 5.3% of low cov: 22268-22470, Good but: 0.7% of low cov: 22268-22470, 16315.20 99.35 189 Pas Trop: [22236, '46%'], [22237, '39%'], [22238, '39%'], [22239, '38%'], [22240, '32%'], [25223, '34%'], [25232, '38%'], [25242, '53%'], [25269, '44%'], [25270, '48%'], [27741, '34%'], '25/25' '2/2' '0/0' good good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
+COVID-202104347_S36 Ok B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G 20H/501Y.V2 Good but: 4.9% of low cov: 22284-22470, Good but: 0.6% of low cov: 22284-22470, 21691.28 99.28 185 Pas Beaucoup: [22240, '40%'], [23438, '34%'], [25223, '35%'], [25232, '38%'], [25242, '56%'], [25269, '51%'], [25270, '54%'], '29/29' '3/3' '0/0' mediocre good good good good 0 [] B.1.351 1.0 2021-02-21 passed_qc no 0 0 no 11176:ORF1a_M3655I;11212:ORF1a_L3667F;21813:S_R120I;21979:S_F157L;22607:S_V367F;23347:S_Q613H;23550:S_P681R;28090:Orf8_L84S;28113:Orf8_E92K;28824:N_S202N;29473:N_Q418H no 2 2 no 3213:ORF1ab_T1001I;5334:ORF1ab_A1708D;6900:ORF1ab_I2230T;21710:S_HV_69-70_del;21936:S_Y144_del;23217:S_A570D;23550:S_P681H;23655:S_T716I;24452:S_S982A;24860:S_D1118H;27918:Orf8_Q27stop;27994:Orf8_R52I;28057:Orf8_Y73C;28226:N_D3L;28227:N_D3L;28228:N_D3L;28923:N_S235F yes 14 14 no no 5 5 no 9684:ORF1a_S3158T;16340:ORF1b_P976L;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 5 5 no 12824:ORF1a_I4205V;16960:ORF1b_D1183Y;21546:S_S13I;21964:S_W152C;22863:S_L452R no 2 2 no 14353:ORF1ab_L4715F;21663:S_Q52R;21710:S_HV_69-70_del;23539:S_Q677H;24170:S_F888L;26251:E_L21F;26713:M_I82T;28223:N_SD2Y_del no 4 4 no 3774:ORF1ab_S1188L;5594:ORF1ab_K1795Q;17205:ORF1ab_E5665D;21567:S_T20N;21584:S_P26S;21920:S_D138Y;22078:S_R190S;22758:S_K417T;23471:S_H655Y;24588:S_T1027I;28113:ORF8_E92K;28215:ORF8_28269-28273_ins;28458:N_P80R B.1.351 B.1.351_NEW_23349:S_D614G
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-ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
+ID Curateur Gisaid Check Gisaid Why VOC Check VOC Why Clade_Nextclade Coverage Spike Coverage Avg_cov %_Cov #Ns Contaminations_Mut Contaminations_Other (>50reads) Mutations [NextClade/GATK] Deletions [NextClade/GATK] Isertions [NextClade/GATK] Nextclade qc Private Mutations Nextclade qc Missing Data Nextclade qc SnpClusters Nextclade qc MixedSites Nextclade qc OverallStatus del21765 Frameshit Pango_Lineage Pango_Support pangoLEARN_version Pango_Status A.23.1 variants all here A.23.1 nb detected gatk among 11 A.23.1 nb over QC among 11 A.23.1 only del problematic A.23.1 absent pos A.23.1 present below QC pos B.1.1.7 variants all here B.1.1.7 nb detected gatk among 19 B.1.1.7 nb over QC among 19 B.1.1.7 only del problematic B.1.1.7 absent pos B.1.1.7 present below QC pos B.1.351 variants all here B.1.351 nb detected gatk among 14 B.1.351 nb over QC among 14 B.1.351 only del problematic B.1.351 absent pos B.1.351 present below QC pos B.1.427 variants all here B.1.427 nb detected gatk among 11 B.1.427 nb over QC among 11 B.1.427 only del problematic B.1.427 absent pos B.1.427 present below QC pos B.1.429 variants all here B.1.429 nb detected gatk among 10 B.1.429 nb over QC among 10 B.1.429 only del problematic B.1.429 absent pos B.1.429 present below QC pos B.1.525 variants all here B.1.525 nb detected gatk among 10 B.1.525 nb over QC among 10 B.1.525 only del problematic B.1.525 absent pos B.1.525 present below QC pos P.1 variants all here P.1 nb detected gatk among 17 P.1 nb over QC among 17 P.1 only del problematic P.1 absent pos P.1 present below QC pos ini VOC Check ini VOC Why
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+COVID-TEXT-BU_S45 P.1 MN908947_Ampliseq 22958 G A S_E484K 3432;3110;3099;3164;3157;3149;3145;3158;3146;3125;3158 no no yes yes no 22958:S_E484K
+COVID-TEXT-BU_S45 P.1 MN908947_Ampliseq 24588 C T S_T1027I 18143;18105;17729;17728;17728;17578;17609;17589;17499;17358;17319 no no yes yes no 24588:S_T1027I
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