Add PFAM

Add dict with PFAM / Desc Add Pfam detection in the frontmatter

created branch pfam to address this issue

mentioned in merge request !12 (merged)

Do you need the Pfam dictionnary here (or do you already have it?)

Here is a file anyway. I took it from : https://www.ebi.ac.uk/interpro/download/Pfam/

The second one : Pfam-A HMM data

Then I made it a table with this small script :

Convert Pfam-A.hmm.dat to Pfam-A.hmm.dat.csv

import pandas as pd
 d = {}
 start = False
 with open("Pfam-A.hmm.dat", "r") as pf:
     for i, l in enumerate(pf):
         l = l.strip()
         if "# STOCKHOLM 1.0" in l or l == "//":
             start = True
         else:
             if start:
                 pfID = l.split()[2]
                 d[pfID] = {}
                 start = False
             else:
 
                 kk, v = l.split("   ")
                 g, k = kk.split()
                 d[pfID][k] = v

 df = pd.DataFrame(d).T
 df.index.name = "ID"
 df.reset_index().to_csv("Pfam-A.hmm.dat.csv", index=False, sep="\t")

Pfam-A.hmm.dat.csv

mentioned in commit a60b8234

closed with merge request !12 (merged)

Cool !

Par contre il y a un lien vers le fichier pfam :

Et c'est possible d'afficher l'ID du Pfam plutôt que le numéro ? Ou en tout cas, qu'au survol il y ait le numéro (ou l'ID si on garde le numéro) + la description ? Et tout doit être cherchable

En résumé, par ordre de priorité/certitude :

1. tous les champs du pfam sont cherchables
2. Dans le tooltip : Description + ID (short description)
3. replacer le numéro PF par l'ID --> en tout cas que ça puisse être changé selon l'usage.