diff --git a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R index ea8dbdf44376a476bb9026a3a852c495bf012c19..23103da4d5fe0c7f17a6ff2bf94d4d691550380c 100644 --- a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R +++ b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R @@ -160,6 +160,15 @@ write.table(dat_inventory_raw, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(INVENTORY_OUT_01_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_INV ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R index 496ed91a13f7973be70dfbefb494645204ed1c3a..462571542a562361ce70e95255e3374a85e888ff 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R @@ -132,6 +132,15 @@ write.table(dat_observational_raw, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(OBSERVATIONAL_OUT_01_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R index b919c74ec0daeb375045f8998bfdb4bf738d1eb9..9ca3680ce6d07aebeaa14a75b6636d5a1371e1a4 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R @@ -84,6 +84,15 @@ write.table(dat_observational_curated, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(OBSERVATIONAL_OUT_02_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R index 0f963992a6dd4c8d6991eaa3292e875d8b945413..7c713b5ec79e2c9d261e726451f6cf3b2c003bce 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R @@ -79,4 +79,23 @@ tmp = dat_observational_curated %>% nested_hhid = "\\d{2}", "-", nested_subjid = "\\d{2}"), too_few = "debug") - + + + + + +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm() + + + + + +###################################################################### +### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS +###################################################################### +DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS <- as.logical(difftime(time1 = Sys.Date(), + time2 = as.Date(ifelse(exists("DATA_EXTRACT_TS_OBS"), DATA_EXTRACT_TS_OBS, DATA_EXTRACT_TS_DEFAULT)), + units = "days") <= DATA_EXTRACT_EXPIRY_TIME_D)