From a01fce2adb72f977d44d98ce0c893e32e8ba5f1a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Thomas OBADIA <thomas.obadia@pasteur.fr> Date: Fri, 6 Dec 2024 10:53:58 +0100 Subject: [PATCH] Add cleanup sections where it was missing --- .../INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R | 9 ++++++++ .../OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R | 9 ++++++++ .../OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R | 9 ++++++++ ...servational_and_inventory_data_integrity.R | 21 ++++++++++++++++++- 4 files changed, 47 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R index ea8dbdf..23103da 100644 --- a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R +++ b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R @@ -160,6 +160,15 @@ write.table(dat_inventory_raw, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(INVENTORY_OUT_01_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_INV ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R index 496ed91..4625715 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R @@ -132,6 +132,15 @@ write.table(dat_observational_raw, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(OBSERVATIONAL_OUT_01_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R index b919c74..9ca3680 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R @@ -84,6 +84,15 @@ write.table(dat_observational_curated, +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm(OBSERVATIONAL_OUT_02_FILENAME) + + + + + ###################################################################### ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS ###################################################################### diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R index 0f96399..7c713b5 100644 --- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R +++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R @@ -79,4 +79,23 @@ tmp = dat_observational_curated %>% nested_hhid = "\\d{2}", "-", nested_subjid = "\\d{2}"), too_few = "debug") - + + + + + +###################################################################### +### CLEANUP +###################################################################### +rm() + + + + + +###################################################################### +### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS +###################################################################### +DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS <- as.logical(difftime(time1 = Sys.Date(), + time2 = as.Date(ifelse(exists("DATA_EXTRACT_TS_OBS"), DATA_EXTRACT_TS_OBS, DATA_EXTRACT_TS_DEFAULT)), + units = "days") <= DATA_EXTRACT_EXPIRY_TIME_D) -- GitLab