From a01fce2adb72f977d44d98ce0c893e32e8ba5f1a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Thomas  OBADIA <thomas.obadia@pasteur.fr>
Date: Fri, 6 Dec 2024 10:53:58 +0100
Subject: [PATCH] Add cleanup sections where it was missing

---
 .../INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R       |  9 ++++++++
 .../OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R   |  9 ++++++++
 .../OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R |  9 ++++++++
 ...servational_and_inventory_data_integrity.R | 21 ++++++++++++++++++-
 4 files changed, 47 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R
index ea8dbdf..23103da 100644
--- a/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R
+++ b/01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R
@@ -160,6 +160,15 @@ write.table(dat_inventory_raw,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(INVENTORY_OUT_01_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_INV
 ######################################################################
diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R
index 496ed91..4625715 100644
--- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R
+++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R
@@ -132,6 +132,15 @@ write.table(dat_observational_raw,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(OBSERVATIONAL_OUT_01_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
 ######################################################################
diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R
index b919c74..9ca3680 100644
--- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R
+++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R
@@ -84,6 +84,15 @@ write.table(dat_observational_curated,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(OBSERVATIONAL_OUT_02_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
 ######################################################################
diff --git a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R
index 0f96399..7c713b5 100644
--- a/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R
+++ b/02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R
@@ -79,4 +79,23 @@ tmp = dat_observational_curated %>%
                                     nested_hhid   = "\\d{2}", 
                                     "-", 
                                     nested_subjid = "\\d{2}"), too_few = "debug")
-  
+
+
+
+
+
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm()
+
+
+
+
+
+######################################################################
+### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
+######################################################################
+DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS    <- as.logical(difftime(time1 = Sys.Date(), 
+                                                     time2 = as.Date(ifelse(exists("DATA_EXTRACT_TS_OBS"), DATA_EXTRACT_TS_OBS, DATA_EXTRACT_TS_DEFAULT)), 
+                                                     units = "days") <= DATA_EXTRACT_EXPIRY_TIME_D)
-- 
GitLab