diff --git a/non-regression-tests/check_HK97_class.py b/non-regression-tests/check_HK97_n8_class.py
similarity index 100%
rename from non-regression-tests/check_HK97_class.py
rename to non-regression-tests/check_HK97_n8_class.py
diff --git a/non-regression-tests/check_n8_res.py b/non-regression-tests/check_n8_res.py
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..7fa6c78298be260567480090b8f2375f224fed17
--- /dev/null
+++ b/non-regression-tests/check_n8_res.py
@@ -0,0 +1,45 @@
+import os
+
+from common import check_files, remove_files, K_OK,K_WRONG_SEQ,K_WRONG_COH
+
+DATA_PATH="./data/"
+REF_RES_PATH="./reference_results/res_n8/"
+ref_filename=REF_RES_PATH+"n8_sequence.fasta"
+ref_cohesive=REF_RES_PATH+"n8_cohesive-sequence.fasta"
+new_filename="n8_sequence.fasta"
+stats_filename="n8_statistics.csv"
+report_filename="n8_PhageTerm_report.pdf"
+new_cohesive="n8_cohesive-sequence.fasta"
+
+
+ret=check_files(new_filename,stats_filename,report_filename,ref_filename)
+if ret !=K_OK:
+    exit(ret)
+
+f_ref=open(ref_filename,"r")
+ref_s=f_ref.read()
+f_ref.close()
+
+f_new=open(new_filename,"r")
+new_s=f_new.read()
+f_new.close()
+
+if (new_s!=ref_s):
+    print("rearranged sequence does not match what is expected")
+    exit(K_WRONG_SEQ)
+
+f_ref=open(ref_cohesive,"r")
+ref_cs=f_ref.read()
+f_ref.close()
+
+f_new=open(new_cohesive,"r")
+new_cs=f_new.read()
+f_new.close()
+
+if (new_cs!=ref_cs):
+    print("cohesive sequence does not match what is expected")
+    exit(K_WRONG_COH)
+
+# clean files
+remove_files(new_filename,stats_filename,report_filename)
+os.remove(new_cohesive)
\ No newline at end of file
diff --git a/non-regression-tests/common.py b/non-regression-tests/common.py
index 5a155b83fddd2eabcd781250309da663a6d66ea7..cb384056127d59245c5b90db6fbe9afaab8cac3c 100644
--- a/non-regression-tests/common.py
+++ b/non-regression-tests/common.py
@@ -15,6 +15,9 @@ K_REPEATS_DOESNT_EXIST=12
 K_CLASSFIC_DOESNT_EXIST=20
 K_WRONG_CLASS=21
 
+K_WRONG_SEQ=30
+K_WRONG_COH=31
+
 K_OK=0
 
 
diff --git a/non-regression-tests/data/n8.fasta b/non-regression-tests/data/n8.fasta
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..5fef9fbfda59ae7d32c54b1f2e6d2d2563d82d9c
--- /dev/null
+++ b/non-regression-tests/data/n8.fasta
@@ -0,0 +1,622 @@
+>n8
+CGGCCGTTCACAGTACACTCACTTAGCATACGCTGATACTATTTCAGGAAGCGGTTTTAGTCAGACTGAC
+CAAAATAAGGCCTTTATTGGGATGTATCAAGACTTTACGGTTACAGACTCAAAGAATCCAGCTGACTATC
+GCTGGAGCAAGTGGAAAGGATCGGATGGTGCAAACGGTATACCAGGTAAGCCTGGAGCTGATGGAAGGAC
+GCCTTATATTCATTTTGCTTACTCTGACAATGCAGACGGTACAGGCCTGACAGTAACTGATAATGGTCAA
+CGCTACCAAGGTTATTATTCGGACTATACGCAAGCTGATAGCACAGATAAGGCCAATTATAAATGGATTG
+ACCGCTGGGCTAAAATTGAGGTTGGGGGTAGAAACTTAGCTCAAAAAACTAGCAAAGAATGGTCACTCCC
+TTATACAGATTTTAAAGGCATAGCAAATACTTGTCCTGATTTGTACAAGATACTAATTGATGGTTTAGCG
+GTTGGTGATACGCTTAAATCACGCATTGTACTCAAATACACTGACGTTGTCCCTGCTAGTGGGCAAACAG
+CTTCTGTATGGTTACAAGGGAGTGGTGATGTTACCGTTTGGAATGCTGGACGGTATAACGATAGTTCGCG
+AAAAATAATTAGTGGAAGTGGCGAAGTTGTTTTTGAACATGAATTTAAGATTACTGCTGATCATTTGAAA
+AATAAGTGCTGGTACTGGCAATTCAGAACGGATTATATTGCTAGTGGTTTGTTGCAATGGAAACTTGCTA
+AAGTTGAGTCTGGAACTGTTTTTACAAATTGGTCACCGGCTCTCGAAGACGTTCGGGCTGATATTGATTC
+CAAAGCTGACCAAGTTCTAACTCAAGAGCAACTCAACGCTCTCAATGAGAAAGCTGGGGTTATCCAAGCC
+GAGTTAGAGGCAAAAGCTAGTATGGACACGGTTTCTAAGTGGTTTGTTGATTTTCAAAAGTTCGTCAAAG
+AAGACGCCGCAGGAAAATCACAGTCAGAAAAAGATCTACTAACCCTTACCCAAAGAATAGAAGTAATGAA
+TTCGGAATTTGGCGACAAGGTTGCACAGTGGTCCTTTTTGGATGACTATATGCGCGCAGGCAACAAGGGT
+CTGGTAATTGGCAAAAAGGATGGTTCGTCATCTGTCCGTGTGTCAGACAATCGGATTTCGTTTTACTCTG
+CTGGGAAGGAAGTTGCTTACATTTCTGGTGGTGTTTTACGAATTGACAACGGGGTATTTACCAAAACGTT
+GCAAATTGGACGTTTTAGGGAAGAACAGTACCACATTAATCCAGATATGAATGTAATCAGATATGTAGGA
+GGCAACTAATGGCTGAATTTTGGTCAAATAATGATAGAGGATACCGCATCCGTTTATGGGTTGACCAAGT
+ATCTCAAAATACACAGGACAACAGCAGTCAAGTAAGGGTACGGCTGGCATTGCTTAATACTACGACAACT
+TTTGCGCAGTATAGCTGTAGTGCTTATGTTGACCTTAACGGTCAACGTTTAAATTGGTCTGGTAGCCCTT
+CGATGTTGGGGTACAATCATACTATCATGCTCATTGACCAAACTATTACAGTTGGTCATAATGCAGACGG
+AACTAAGACCTTTGGCTTGATGGCTAGCTTTAGTGGTGGCGGTGGATGGTCACCCGGCAATCTAACCATT
+GGTGGCAACTCATTCACGCTTACCACTATTCCGCGCTCCAGCTCTGCTAGTGTAGTTGCTGGCGTTATCG
+GTAGCGCAGTTACTATCAACATCAACCGTCAAAGCTTCAGCTTTAAGCATACGGTCCGTTATGCTTGGGG
+CAATAAATCTGGAACTATCGCTAGTAATGTAGATACAAGCGTTACATGGACGATCCCTCTTGATTTTGCT
+AACGACATTCCCAACTCATCAACGGGTACAGGCACTATTTATGTTGATACTTACTCAGGAAGTACACTGA
+CAGGGACGCAGTCTGTTACATTTACTGCAACAGTCCCGGACACAATGAGGCCTACATTGTCCAGCGTCAC
+GTTGTCAGATGCTAACACGATTGCTCAAAATTTAATCCCTAACTCTGACACGTTCATCCAAGTCTTATCA
+AATATTAAGGTGGCATTCGATGGGGCAAGTGGATCGTACGGATCAACCATCACTGGGTACCGTGCTGAAA
+TCGTTGGTAAAAACCAAGCTACAAATATCAACGGTGGGACTCTAGGTATCATGAATTACAGTGGGGATGT
+CACTGTCAGAGCTAGCGTAGTTGATAGCCGTGGCCGTTGGTCGGAAGCGAAAAATATCCAGGTAAAGGTG
+CTTGAATACTTCGCCCCCGCTTTAAGTTTTAGCATCGCACGAACAGGTTCAACGTCTAGTACGTTAACTG
+TGACTAGAAATGCCAAGATAGCACCTCTGCCAGTCAATGGGACCCAAAAAAACACCATGACCCTCACATT
+CAAGGTTGCTAGACTCGGCACAGAGTCATACAGTCCAGACAATGGGTCAGCAAGTGGAACATGGTCAAGT
+ATAAGCACACTAATCAACTCTCAAGCTAACCTTGCAGGCAATTATCTAGCTAATCAGTCGTGGGTTGTCA
+TTGGGACGCTTGCTGATAAATTTACTCAGACAGAGTTTGCTGTCAATGTAGCCACGGAAAGCGTGGTCTT
+CTCTTATGACCGTTCTGGTGTTGGAGTTAACAAAATCCGTGAGCGTGGAGCACTTGATGTAAAAGGTGAT
+ATTTATGCTGATGATAAACCTATACAACAGTACCAACTTACTAATAATAGTGGTGGCTTGAATAATGGTG
+GATGGAATCAACCATGGAACATTCAAAAGACTTCGTTCGATTGGCGAAATGGCAACTTTGCCGACCACCC
+TCTAGGCAAAAATGGCCCGTGGGGGCTATTTCAAAATTACTGGCTTGATACTTGGAAGGGTGCTCAATTC
+TTCACAGAGTTCGGCAATGGTCGTCATTTCATGAGGTATTATAATAATGCTCGAGAATGGAAACCTTCGC
+CATGGAAGGAATTTGCTTTTACTGATCATCAAAACCTCATCAATACAGGATGGGAACCTGCTGGCTTTGA
+GGGGACATACTATAAGCGCGTGGGGGATGTGTTAACTATCAAATATGACTTCGTTGGGAACGGCTCAGAT
+ATGAATATAGGTACTATTCCTAGCGAAATTTGGGTAGCACCCCAATCTTACATGTTACTCATAGCAAAGT
+GGTCTATTGGTGGCTCCGACAATAGTCATGTTCAAATAAATAAAGGCACAAGCGCCTTGAATGTACTATC
+AACAGGTAAGGGAACAATCTACCAAGGTCAACTAACCATCATGATTTAGAAAGGAAATACCATGAAATTT
+GAATACGGCTCAAAATCACAAGAATATGACACAAGTGGTTCAGCGAGCACTACCAAAGTCACCCTAGTAA
+ATGCTGAGGGAGCTACTATCCCTGTGCATCTTCCAGCTGATAAGATCGATTTAAATAATACAGAACTACT
+TGAGTTAGCCTTAGAAGTCATCTATCAAGAAAACTTTCCAAACCGAGCAGAAAATGAGAAATTTGACAAG
+GTGGATGAGCAACTACAAAAAAACAAAGAGCTTGCAGGCAAAGCTGAGCAGGTTGCGACTGAGAATAAGG
+AATATCTTGATACTGTTTCAGCGATAACTGAAGTATTGATTGCTCTTGCTATCTCGCAAAATGGGGGCAT
+GCCAACTCCAACCTACAACAAGGTGGCTCAGTTTATCAAACCTTTAACCAAGAGCGCACGATATGTCAAC
+GGCGACATCGTATCTATGCCTTATCCGTTTGATACCAACAGTAAGTGGCCAAGAGGGACAGCAACCATCT
+TCAAATTCCAGATGCAACAATCAGAGGGCTATACCTATAAGGAGCAAGCGTTGTCTGACATATTACAACA
+AGGCGTACTCACTGTAGTTATGCCACGGATCGACTAAAAGGAGGGACTATGACATGGCTTGATGTATTTG
+AGAGAATAATACACGGAACATCTCAACTAGGACCTACAATCGGGCTCATCGTATCTAGCTGGTTTGGATT
+GCTTGCTGGCAGGTCTGGCAATCTCAATAAACAACAGTTTAAGGAGTTAAAGGACGAACTTGGAACAATC
+CAGCTCTCTGTGGATGATGTACGAGAGGTCGGAGAAGATAATAACAAGAAGATAATTGAAGTTAACGAAA
+AGTTAATTGTACACGATGAGGCTCATATAGTGACAATGTATCTACGTTTAGAGCGTGATATGACTGCGGC
+AATCAATCGAGGGTACACTACTGTGCATGAGTCCGACATCGTGTATAGAATGCATGATAACTACAAAAAA
+CTTGGAGGTAATGGGCGTATAGATAGCCTATTTGCCAAGTACAACCACTTAGAAGTGAGGAATTAAATTA
+TGAAAATCAACTGGAAACTACGTTTTAAGAACAAAGCAACTCTATCAGCTATTGTAGCTACTATCATCTT
+GCTCGCCCAACAACTGGGCTTAAAATTACCTGACAATATTTCTGAGGTTGTCAATACAGCTCTAACCTTG
+CTTGTTTTGCTTGGGGTTGTGTCTGATCCAACAACTCAAGGATTGTCTGATAGTGATAATGCTTTGAATT
+ACCACCAACCTCGTGAGGACTAGCATAAAAGCCATACAATTATTGACAAAAACAGCATTTTGTCAATAAA
+ACAAGAAGAAAGGAGAATCATGACAACTAAAGCACAATTATTAAGCACCCTTGATAGCTTAGTTAATCAG
+CGTGTGACAGTGCCAACCAACCCATACGGTGGACAATGTGTAGCCTTGATTGATAATGTTTTGCAATATC
+AAGGACTGTTTAGCCTTGATTTTAGCTATTTGAATGCTATTGACGGGCTAGAACGTGCTGCAAGTCTAGG
+ATTGAAAGTAACACCATTTAACGGTTCTAACAATCCGCCAGTGGGTTCTGTCTGTGTAACTAACTGCTTG
+CCATATCATCAGTTTGGTCATATCTTGTTTGTAGTGTCGGAAAACCCAGACGGTACCGTTACCACAATCG
+AACAGAATATCGATGGTAATGCCGATGCTTTATACAATGGCGGTTGGACTCGCAAAGTCACTAGAAACCT
+TGACAGCGCAGGGAATTTCAGTTATATCGATTGGAATGCGCCAACACAGCAAATGGTCGGATGGTTTGAA
+TTGCCATTCGATAATTCTGAAATCGAACAGGGTGGCCTTGGTAAAGGTGATTACTTCATCGATGTATCAG
+CATATCAAGCAGGAGATTTGACTGGAATCTGTCAGGCATCAGGCACTAATAACACTATCATCAAGGCTAC
+TGAGGGCATCGGCTGGATTAGTCCAGTAGCTACTCAACAAACTAACACAAGTAACTGCATCGGTTATTAC
+CACTTCGCCCGTTTCGGTGGAGATGTGGCAACAGCACAAGCTGAAGCCAACCATTTCATCAGTAATCTGC
+CATCACGCCCTCGTTATTTGGTATGCGACTATGAGGATGGCGCTAGTGGCGATAAACAAGCGAATACTAA
+TGCAGTGTTAGCGTTCATGGATGTTTGTAAGGTAAACGGGTTCGAGCCAATATACTACAGCTACAAGCCT
+TATACGTTAGCAAATGTATACGTTGAGCAAATCACCGCTAGATACCCTAACAGCCTATGGATAGCAGCAT
+ACCCAGATTACGAGGTACGCCCTGAACCATACTGGGGTGTATATCCAAACATGGAGCATACTTGTTGGTG
+GCAATTCACTAGCACGGGCTTATCTGGTGGGTTGGATAAAAACGTTGTAATTATTGGAAGTGAAACGAAG
+AAAAAAGAAGAAGAGGAAGAAGATATGAATTTTGTAGTACGTAGCACATCTGGAAACCAAGGATACGTTG
+GAATTGTTAACGGCCGTGTGTTTGGAATTGGCGACATGGGAACAGTCGATGAATTGCGTTCAAACGGTGC
+TAAACACTTAACACTCAATGATGATGATTTCACACGTTTCCTTGATAGCCAGTCACGAGATTCTGCCGAA
+GTGTCAAAAGCTATCGGAGAAGCTAGTGCATCAGTCGTTAAGGCTATTGAAGAACGTGGGAACGCTACGC
+AAGGACAAACTGGGAAATAAAAAACATAGACCACGAAGAAAAAATTAAATAGAAAGAAGGCAAATCACCT
+CCCCTCAGACTGCAACAGGGATATCATGGCAGTGGTGGTCGAGCCTCAGCATTGCGCTGGGGCTTTTTTT
+ATTTTGCAAAAAAACCACTCTAGGAAACTAGGGCGGTTTTTGATATTTTAGAAATCTTTTGTGAATAGGT
+GGTCATCACCCGTCAAACACCCGTTTTTTGAAAATTTTCTGTCTGTCTTTATCTTATTCTAAAAAACAAA
+TTCCCTATAAAATAAGGTTTTTATAGGGATAAAACAAGAATAAAAACGCCCTGAAATCCCCTCCTCTCCT
+TTTATCCCATTGATATATCAAGGGTTTTGGGCACTTCCCCCGTTTTTCACCCGTCAAATTTCAAGGTTTT
+GAAAAATCTCTTTGACTTTGTGGTCGTTTTTTTCTTTTAAGCTTTCAATTTGGTGGGCATAAGTTTTGAG
+TGTAATGTTTAAATTTTCGTGTCCCAAAAGTTTTGATACGGATATTAAATCCACCCCTTTATAAATCAAA
+TAAGAGGCGTACGTGTGCCTTAAGGAGTGATTGGTGTAGCTTTTACCAGTCACTCTTTTTATAACTTTAT
+TAGTGGCGTTATTAGATGCTCCATAGCATATACGCCCTAAGTCGTTATCTCGGTAATGATTGTCCCGATA
+AAGTTTTAAAACCTCAAGGCTGTTTTGGTCAATAGGCACTACTCTGATTGATTGTTCATTCTTTGTAGCT
+CCAAAATCTTGCGATATGGAATAGTCAAAAGATTTATTGACATCTATGTAGCCATTTTTGAAATCGACAT
+CATTCCATGTCAACCCTTGCGCTTCGGCAAAACGTAAACCAGTTACGCCAATCAGAAACGTGGTGAAATA
+AGATGGATGCTTAATCTTTTGCTTGGCTATTTGCAGATAGTGCAAGTATTCATCCTCTTCCATGAACTTT
+TCAGATTCTTGCTTGCCAGACTTTTGCGCCTTGACGATAGCACCCTCAGCAAAATTGTCACGAATGATCC
+CGTCACGAATAGCCATTTTGCAAGCGCCTTTGATTTGATAATGGAATTTTTCGAGAGTTGATTGCGCAAC
+GTTTTCGGCAAATTCGTTTAATATTTGTTGATAGAACGTGTGCGTGATACTTTTAAGTTTACGCTCACCA
+AAAAGTCGTTCAATGTGTCTGAAATTCTTCTCGTAAGTTTTCCAAGTTTTAGGGGTAACATGCGGTCTCT
+TGTATATATCTGCCCAGCGTTTGTTGTAATCGAGTACTGTGATGTCTAGCAATGCGTCTGAGACAGTGCT
+GAGCTCTAATTCAACTTGTTGCGCTGCCACTTTGGCTAGTGTCTTGGTCTTGAAACCACGTTTTGACTTT
+TCACGTTTCTTGCCATGACTGTCTCTATATGTGATACGATATTCCCAGCCTGAATCCAATTTTCTAAAAA
+ATGCCATTGTCAAAAACCTCATTTCTTGATAAAATGAGTACAGTAAAAAGGGCTTTTTAATGCCGTTTAC
+TATACATGGTTGCCTCACGCTCAGACTCGCCAAAGTTTGAGAGCGTGGGGATTTTTGTTGACTATAATAA
+GGAAATGGTATAGAATAGAGAGTGAAGAAAGTGTCTTTTTCTAAAATTAGTTTAGAACCTGCCCTTCTCC
+TAGCAAATCCCCGCTAGTCCCGACGATAGTTTTCTGCATCTCGAGCAGTCCTCTATCGTTTTTTTGTTAT
+ATTAAATTTCCATTGCTAATTAAATCATAAGCCAATAATAATCGTCTCTGAGCTGATAATTCTGAAGCGT
+TGTCGTTATAATTATCTTGCAGGACAGGAATAACTTTGGTATTGATATAATCTAGTACAGTATCTTGTGG
+AATACTCTCTATGTTAAAAGCTATTAATTCTAATTCTCTTGTTTTAGGTGCGTTGAGCTCTAGAATGGTT
+TGCAAATCGCTGTATGCCTTTTTGTTGTGTTTGGGTACCGTATCAATGATGTTTTGCAGAGTTCCCATCT
+TATTGATTCTGTTGGAGATTTTTTCTTTTTGTTTTTTAGATAGGAAATCAAACTTATCATAATCTACATC
+TTTTAGATATTTTACAAAAGGGATTCTAGCTTGTGTATTTTCGTTAGCTATAAATCGTAAGGCGACTTCT
+GGTAAGAATGTGGCTCCATCGTTGAAATAATCTTCTACATAATCGATGTAGCTAGGATTTACAAACATAT
+TCTTTTTATCACCTAAAGCGACGACTATCCGTCGTTTTTTTATATCTTCAGGAAGAGTGTCAAGATTTTG
+TGGACTAACAATGTAACTATCAAGTTTACCTATTTTACCTGCAGTAACAATTATAGTTTTTATTGATTCT
+TGAAAACGATTGACTTCATAAGGAGTCAATCCTTGGTTTATTTTTCCTATATCTGAAAAAATTTGTTTAT
+AGTTATCCGTTCTTAGAATCGAATGTGAGATGTTTAAAGAAGGATTATTTACAATTTGTTCTGTAAAACT
+TTGATTATCCTTTTCGTATTCTACAACTGTGATTCGATTAAGATTTTTCCTCATGTCATCATTTGGAAGC
+TGTGAAGCAAAATCTGTCAATAATTTTTGAACATTTCTATCAGTAAGAGAATATCCTAAAAAAATAATTG
+GTGATTGAATTAAATTAGAGAGTATTTTTGCACTGATTAAAATGGAATTTTGATCATAAGCTTCATAATC
+ATTTTCTGTGATAATAATACTGCTAGGGTCGTTTACATCTCCATGAATTTTGAACAATTCTGACCAGTTA
+TAGGTTTCGTCAAAAAAACCTTTTTGACCAATATAAACAGTTGGCTTTTTATCTAATTCTTCAAGTAAAT
+CTTCTGTTAAAGTGTCATAATTCGTAGTCACAATAACTTTAGCTTTCGATAGAAAGTTCTTATATTCTTC
+TATCTCGTCACGCATCTCATTTTTAATTTCATATTTTGAAAAACGCTGTGCAACAGAGTATTTAAAAGGT
+GAAATGTTATTTGAATAAGCTTCTTCATCGGTAAGACCCTCTACAGAAATGGTTCCATCATAAAAGAGGT
+CGTCGAATCTTTGCTGGATGTAAGCCGCAGTCTTTACGTTAACTAAAAAATCTTTTTCTAAATCTGTAGT
+AGTTTCTGGAATTTCCGATCTTTTTAGTGAGCGTTTGAATTGAAAAATACTGGTTGGTTCTTTTATTTGC
+TCCCAATATTCTTTGAGGAGAGCATCCCAGGTAGGAAAATTTTCCAAATAACGTTTTGACATTCCAGAGC
+CAATAAATACAATTGGATAGCTATTGTTTTCGATAATATCTTTGATCATATTTACCCTCTTTCATTCCCC
+CTCCTAATCTTATCCCCTATACAAATCTACAACTTTACCGATAATCCTAAAGTCGCTATCGGCATCTACT
+GGTATATCGTCATAGTCAGAGTTTAGACTATGTAGAAATGCGCCTGCGTCTCCTAGCAGTAGTTGCTTGA
+TATAAGCGTCACCGTAGTACTCAAAAACGCCTATATCGCCGTCTGACAGTTCTACGGTGAGCTTGACAAA
+GACATAGTCGCCAGAGTGGTATTCTGGCTCCATGGAGTCGCCATAGACTGGAATAACAAAGTCTGCATCA
+ACATCCACTGGCAACTCAATCTGTTCCACTTGTACATCGTTCAGATATTGACCTGTACCTGCCGAAGCAG
+GCTGGTCGTAGTAGTTGTAGGAGTAGAGGGCGCGTGGCTCTTCTACTGTATTGTTACTGTCTTCTGCTGT
+ACTTTGTTTATCTAGGAGGCCATTTCCGTAGCGTACCCAGCGTTTATGATTATTCGGGTGTAATTCCTTG
+TCCAAGTGCAAAACGTCTGCCGAGGGGCTGTCTGGGGCTTTCTGTGAAATTGCTGGAGATGGTTTTGAAC
+TATTAAATAGGGCTTGCGGTGTAACATTTAGAGCTTTAGCGTATGTTCTTATATCCAATTCATCTAACTG
+TCTCTTCCCGTTTTCGTGATTTGAGATTGTATTTTGTTTAAAACCTGTTAATTTTGCTAAATCCTTTTGA
+GTTAGCTTTTTTGACTTTCTTATTGATTTAATAGCATTTCCAAGGATGTTCATAAGCTTCGCATTCCTTT
+CTACATATAATATAACATAATGAGATAAAAAAATAAACAAAAAAATCTCAAAAAGAGATAAAAAACAGTT
+GACAAAATATCTCAAAATGAGATATAATATAATCAAGGTCAAGGAAGTGACCTGAAAATAACAAAAGGAG
+GTACAGCTAATGGCTAAACATGAAAAAGAGCCTAAACACAAGGAACTAGAGTTCGAAGTCAGTTTCCTTA
+CGTTTAAGCTCAGATTCAAATTCATAATCAAGTGGTAGCTTGATTAGTGAGGGGCGTAAGCCTCTCGCCC
+CGTTACGGGGTGTGGTTATAGTTTAACATATTTAGTTGTACCTTCGCAAGAAAGGAAGTAGAAACATGAA
+ATGGAAGAAGTTTCTTTTTGGTGACATTCATTATAAAAATGAATTAGCAGATGGAAATCAAGAAGTAGAA
+TTCAAACTAAAAGGTGGATTAATCCCTAATTTGGTCTTATTGATTGGTGTTATTTGGCTTGTTTGGCTAT
+TATTTAGATAGGAGGGCGAATGAATATTATTATTGTTATTCTTATTTCTTTTATGGTGTCGGTTCTGTCT
+TCGTTGATAACCATAAAATATGTTACTGAAACATTGGCAGCTTCTTGGTTACATATTTCAATTGATAGTT
+ATCGAAAAGCTCAGGAAAAATACGAAAATTTAGTATAAAGAAAGGATAGAGGGATGAACGAAGAAGACTT
+GAAAGAATTATTGGAATTCGTAGCGACAGATTATGGACGAGGGTATCTAGATGGAGTAGTTGGGGGAGTT
+TCAGCACTTTTGAAAACTTCAAAAGAAGCAGAGTGAGTTCTCCGCTTTCATCAAAATTATTTTGATAGCT
+TATCTACAGCTTAAGGAGAGTAGGGGGAACATTGTGAACGAACTTAAAATCCGTGATGACAAAGTATCTT
+TGAATGGCGAAGAGTTAAAAACTTTGACTAAATTTGAAATAAAAAGCACAAGAAGCGCTAGGAAGGAGTA
+GAATATGGCTAAATCAGTAAAACCAGTTTTGTTAATAGAAGTTACTGAAAAACGTGGCACAGGTAATGAG
+GGTGACCCGGCAAGAGTTGTAGTTCAATATTGGGATTACAACAATAACTTAATTTTTGAATCAGACCCAA
+CTAAGAGGGATTAGTTATCTCTATTTTCAATAGCTTTTCTATATGACTCTGGTAGAGAATTGTACACCTC
+AGATATTTTTTTAGGTTGAGTAATTCGATTATCTATAATCAGGTTGATAAAATGAAGTAATGAGAGCGCT
+AGTTCTTTGTTATCTTTGATATTAATTTGTCCGGGATGAACAGCGTTATTCCCGATAACTCTAACACTAT
+CAAGCATTTGCTGAATTTCGACAGGCATCCCTTTAGAAACTAACTTTCCGATTTTTGAATTTAGATCTTT
+ACCCTCGGCTTCAAGTCCGTCTACTAACTTTTCAATAGCCAATCTTGATAGTGCAGCTGAGGCTCTTGGA
+GATTTTTCAAGGATTTGACCGGCTTCGATAAAGATTTCTTTGACATCGGACGGCATGTTAACGTTAGGTT
+TAGGGACTTCATTGGATACACTAGGAAATAATAATTTAACATTCACATGACTCTTGTCTAATTCAGCATA
+TGAACCCTCTTTTATTAAAGGGAGTTCATTTGTTAACCAAATAGAGAAGTGTTCACAAGCTTGACATTGG
+GCGATGATGGTAAACCTTAATGTTTCGGAGTATCTTTGGTGGATCACAACAGGTTCATACATCCATAGAT
+GAGAAGCGAAACCAGAACAATTTGGGCATTGAAAAGCTTTTGAGTTACCTCCAAACCCACCACCTAAAGA
+TAACTGTGAAAAATCAAATTCCATAACATTCTCCAATCATTTTATTTCCATTATACCATTTTAGAAAGGG
+GGTGAGAGGATGACGAAGAAACAGCGTTTAAAACAACAGCATCTTAAACCTAAAAAACGACTAAGAGAAG
+AGCGTCTTAAACGTGAATACACAGAAATGTACATGGCTGATTTAATTGGTTTGAAAAATCGCAAAGGTTA
+TTCTGAAAAAGAAGATGGATTGCAAGCATTCAAAGATTACGAAATGGCTATTATTTCTGAAAAATTTGGC
+ATTTCAGAAGCTGAATTATTTTTTTAAAACAAAATATCTCAATATGAGATAAAATTATTAAGAATTAATA
+GATAAAAACAGAACTTCAATAAACACTTGCCAGCTATTTAGAAAGGAGCTATATGAACAATTTAATCAAC
+GTAACTTTAAACGAAAACCAAGAGCCAGTAGTTAGTGCAAGACAGCTACATAAGAGTTTAGAGGTAAAAA
+CTCGCTTTAGCCAATGGGTAGAACAAAATTTTAAAATTCTGGAAGAAGGTTATGATTTTACAAGTGTAGT
+CGGAACTACGGTTGTAAATAATGGCGCAAATAGAAAATTGCAAGATTATGTACTATCTTTAGATGCTGCT
+AAAAATTTAGCAATGGTATCTAAAACTGATAAAGGTAAAGAAGTTAGACAGTACTTTATCCAAGTAGAAA
+AGGACTTCAACAGTCCTGAGAAGATTATGGCAAGAGCCTTGCTCATGGCAGATAAGAAAATCACAGTCTT
+AACCACAGAGAATGAGACGTTGAAGCTTGAACTTGAAGAAGCGCAGAAACAAGCCAGATACCTTGACTTA
+ATCATTGAAAGCAAAGCAAGTTTGCGCGTGACACAAATCGCTGCTGATTATGGCATGAGCGCTACTAAGT
+TTAACCATCTTTTGCACGAATTTGGAGTGCAACATAAAGTTAACGGACAATGGATTTTGTACAAGAAATA
+CATGGGCAAAGGCTATACAGATAGCGCAACCTTTGATTTCGTGGACGGCAAAGGTCAAGCACGCACTCAT
+GTTACGACAACATGGACGCAGAAAGGTCGCTTGTTCTTGTATGAATTGCTTAAAAGCAAGGGGATTCTGC
+CTTTGATTGAGCGTGAGGATGATTAGGAAGGGGCATAAATGGGAATTTTTGAAAAAAGGGAGCTGGATTT
+AGCTGAGCGTAAAGTCTTGAAAAACGACTTTATGAACCAGTGGCTTGCAGCTATTGCAAGAGACCTCGCT
+AAAAACTATGACAACGAAAAAAGCACCCTAGCAAAGTGCGAGATTGCTAAAGTGCTAATTGAGATAAAAC
+AGGCTCTTAAATAAGCCAGTCTTTAACTCTTTGCTTAGCTTCTTCAAGCTTTTCTTGATTGTGATTTTCG
+ATAAATTCAACGGTTTCTTCGTAAAGTTTGACTTTATCAGAAATACTCAAATCAGGATTCGAAGACGAAA
+CAACAGCTAAAGCAAATTTTTCAGCATCTATGCTCATAACATTCACCTCCTCTCTGCTTTCTTTTATTAT
+AGCAGAGAAAAAAAGTGTAGAAAGGAACAAACATGAGACCAAAACGTTATCCGTATAGTGGGAAGCAAAA
+ATTGTCTATCGTAACTTCGATAGACACCGAAAAATTTTCTAATGTTTTAGATAAAGCATTAGATACTAGT
+TTTCAAGTACAAATAGGAGGAAGTAAGCATGAGACCAAAAAAGTATCCGTATAGTTTTAAAAAACAGCCT
+ATCCAAAACTTAGATAGACTATTTCACAATATAGAAATCAAGCCAAATAATGCAAATGGTGTTCCGACAG
+TTATTCTTGACGGCGTTGATATCGTAAAGGAAGGTGGAGGGCTGGTTTCGGTCAATCTAAATTGGGAAAC
+ATTGACTGACAATTCATCAGGTAAAAATACTTTTTCTATTGAATATCTAAACAAAAAAGGGCAAGTTGTA
+AAACTTACCCAAGGTGCTATTGGTTTTTAATTAAATCGGAAATAATATTTGCTGCTGTTTGAGACAGAAA
+ATCTAATGTAAATACACCTATTTTAGAAGCTCTTTCCTTGGTATCTCTCCAAATCTTAGGACTTCTAACT
+GTATCAAGGAATTGATGCCCTTCATAGGTTAGACCCGAAAGAGTTCCATTGTAAAATTTATTATTTCCAA
+ACTGAACTTTCCAATAAACAAAACCCGCTTCTTTAAGCATTTTAAGATGATATAAAACAACATTTTTATC
+TAACGAGTTTATTCTAGGAAAACGTTCAAAAGAACTTACAACTAAATGTTGGGGGTACTCATGTATTTCT
+TCAATATCCAAAAGAATATCGCGAGCAATTTCTGGATCAAACTTCATAATAAAAACCTCGTTTTTTGATT
+ACATTATATCAAATTTAGAAAGGACAGAAATGAGAAAACTAAAAAAAGCCTTCGCTATGCTGGATAACGA
+AGACCTTGCACTATCGATAATCGGCGCTGTAATCACATGGTTGTTCATTTGGTTATCAAAATGAATTAGC
+AAAAAGCCACTGCGGGAACAGTGGCAAATCAAAACATTACAAGGATATTTTATCATGAACGATTTAATGA
+TTCAACTACTCGACCAGTTCGAAATGGGGCTGAGAGAAAGAGCTATAAAGGTCATGGCTACTATCAATGA
+CGAAAAGCACAGATTTCCAATGGAACTCAATAAAAAACAGTGTTCGTTGATGTTGCTGGGGACTACAGAC
+ACCACAACCTTTGATATGCGTTTCAATAGTAAAAAGGACTTTCCTCGTATTAAAGGAGCGCGTGAAAAGT
+ATCCACGAGATGCTGTGATTGAGTGGTATCACCAAAATTGGATGAGGACAGAAGTGAAGCAGTAAGAAAT
+TGGCTTAACAGCGACTGGCAAGATATTGCCTAGAACATAACCCTAGCTGTAACAGTGAGCTAGTGAGGAA
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+GAAAAAAACATCCTCACTAGTTTTCTAGTGCGGTTAGGGAGTAGAAAGGAAAGTAACAATGGAAGAATTC
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+CAACATATCGAAACGATGAATTGATATACACTGATGAAACATTATCTAGTGTAGTTGTAT
+TGTATGTGAAGGCTAACAAGAAGGACAATGAGGAATAAAAATGAAGTATAAAGTAACTGA
+ATATTTCTCAGATGTTCGAGAAGAGCAAACTGGAACTTGTGAGCTATGCTATGGGACCGC
+TTTGGTCGAAAGTGGTTCAATCACAGTTGAAGACGAAAACGGAACGGAAACAGAAATCCC
+ATTGACAGACTGGAATTGGGGTGATTTTGACACAATCTATATCGACAATGTGGTTAATTT
+CTCTGCATGGTTGCAAGAAAAAGAAGTTGAACCAATCGCTGAAGAGACAAATGATTGGTC
+GTGGTTGAATGAGTTAGTAGAAAAATATGACGAGGAGCAGAAATGAATATAGAAGAATTT
+ATTGAAACTATCAGAGACGCAATTGATTTAATAGAACAACTAGACGAACCACAACCGTTG
+AAGCTAAAAGATATCACAAGCCGAATGAAAGAGCTAGATTCTCATGCTCGGTCAGAATGG
+ATTGATGTAATCTTACACGAATTCGGTGAAGAGTTTGGTTCAAAAAAATATCGTGACGGA
+TACGAGCAAGGCAAGTTAGAGGGAACTATCGAACATGTTAAACCAGTCGTACCGCAGTCT
+GTGGCGGATTGGTATGAGGAAATTAAAGGTGAATTTTACTTAAACTTACATTACTTGGCT
+TGGGATATGTTTGAAAGTTTGGACGAAGATGCCTGTGTACCTAAAAAAACATTAAATGAC
+GATATCACACGTTGGTATCGCAAAAACGAAAATGCTATCAAAATAATTGTCAACATGCAT
+CAGTTTGGCTACGAGGTGGAGAAAGAGACGAAGTACACTGTCAGAATCAAAATCACAAAT
+CAATATTTATGCAGCGATGAAGGCCACCTTCATTTTAGTCCGGGTTTTAGAACTGATTTT
+ACAAAAAGAGACCTTGAGGGGTTAGGTTTCGGATGGGTATTTGATTGCGAAGGAATTGAA
+ATCGAGGAGGTGGAATAGATGGCTAAGTTTATCGAAATTGAAACGTGGTATCAAGGACAC
+TCCCATATTGAAATTTTGAATATAGACGACATCGGGCATATAAGTGTCGGGCCAAACCTT
+ATCTTTTTGAAAACTCCATACGCTGACGGCTCAAACGTGACAAGAGTATCGTCTGAAACC
+ATCGAGAAATTAATGGATATTTTAAAGGTTAAAGAGGTGGGATGATGAACAGACTTAAAC
+GGTTAAGAAAAAAGAAAAGGCTAACTCTTATGAATTTGTCTAAAGAGTTGGGTTTGCCAG
+ACAGTACACTGTCTCAATACGAGAACGGCAAAAGACAAATCAGTATAGGCAAAGCCAAAA
+AGCTAGCTGAATACTTTGGTGTTAGCGTTGGTTATCTGTTAGGGCTTGATACACCAGCAA
+AGGACGGTATCCCAGAGCTTATCACCAAGGTTAACGAATGGGCTGATGACCGCAACCTTA
+AACAAGCAGACCCTAAGATACAGTGGATGCGAATCACTGAGGAAGTCGGAGAAATTCGAG
+ATGTACTCTTGAAACCGACGAAATTCACGGAACCACAAGCAGCACTCAAGGACGCTATCG
+GAGACACGCTAGTAACGATTATCGTGCTAGCACATCAATTAGACCTTGATGTTACTGAGT
+GTCTAAGCGTTGCTTATGAGGAAATCAAGAATAGAAAGGGAAAGATGGTAAATGGAACAT
+TTGTCAAAGAAGAAGACCTCTAAACGAGAAAACCAGCTAGCAGTAGCGACGATTCTGCTA
+GCGCTATCGCTGGCGATTAACGTGACTACTGTCCTACGAGTGGTTAATAGACCTATCGAG
+ATGGTACTTATCCACAAGGCAGATAATGCGGTAGAACTACATGGCAAGGTCACTGGAAAA
+TCAATGGTAGGCAAGCTCTACACGATTGATTGTGGAGCTTATGGTAAGTTTCTAGTGAGC
+AAGGAACAGTACGACCAAGTAAATGTTGGGGATGATATTCCGAGCTATTTGAAAGGACGG
+GGGCAATGAACAAACGACAACGAAAGAAGCAGTTTGTCAGAGAATTCTCAAAACTTTATG
+ACAAGAGTTTGGAACACGGAGGTTTTGAACGAGGGATGTCGATAGCCACTTTCAAGGACA
+TAAGAGGAACAATAAGGATGTTTCTGACGCTTAACAAAAGCATGAGCTATGATTTTGGTT
+GTGGCGAGTTGCCAAGTATTTCATTCGATGGGTACTGCCTTTGCTATAAAACGCTGAAGA
+GGTGAGAATAATGATACCAAAATATCGAGCGTGGGATAGAATTCGTAAAACGATGTATGA
+AGCGGATGATATTGTGTCTATCAATTTCGGAAAAAGCGAAATTTGTGTAAAAACACTCTT
+TTTTGAACAGGTAAATCGCTACAATTTCGATGACATCGTATTGATGCAATCAACTGGACT
+AACCGACAAGAATGGCAAAGAAATCTTTGAAGGGGATATAGTTGATTCGGAGGGTGGTTT
+TACAACCGGAGTAGTTGAATTTAGATCGGATTTAGGGATGTTTGTTAGCACCTTGATTAA
+ATATAATAACTTCGAACGGTTATGTAATGCTCACGGTTTGGTAAAGGTTATCGGCAACAT
+ATACGAAAATCCGGAATTGTTGGAGGTGAACTAATGCCTAGTAATTACCCCAATGCTGGA
+CTTACTAAGGAACTATTCCAGCGATATCGTGAGGAAGTGGAAGAACTGAGAGCTACTTAT
+CCAAACAGTATCGTGGCACATATCATGGAAATTAAGGGCTGCTCGAAGAGAGAAGCTAAG
+AACATCGACAGTGCTATCAGTGTACTCTATGTAGAACATGTTAATCTGACACCTCGTAAG
+GTGATTCAGTTAGAAGGATTGCTATCCAGAGAGCTATTCAGTGAGATAGCTAAGTATGTA
+TTCAATCACTACGAATGGCCGGAGAGTCTAGATAGTGAAGTTGACCGTATCACTCTTGAA
+TATCGGACACAGGGGGAGTTGGGACGCAACAAGCCAAGCGTTAAACGTTATCTGTATCGG
+GCTTATGCGCTTGGTGTTTAGGTGGAAAAGAAAAAAGCCGCAGACTAGTGCGACTCTTTG
+TTACTCAACATAACTATATTATAGCAAAGAAGGTCTGCAATGAAAACTAGCCAGCGATTG
+AAAGAGTTGAAAGCACTAGACAGATACATAGATAGCCAGCTTGAACGTATCCAAAAGCTG
+GAAGCAAGTGCCACTAAGGTAACCGCCGCTTTGCCACAAGCAGACAAGATTTCTGGTGGT
+ATGAAGCGTAAGCAGGATGACATCTATGTAGAGCTGATTGATGAGGAAGAAGAGGTGAAA
+AAGCTATGTAAACAAGCGATACAAAAGCGCAGAGAGTTTTATAATCTAATCTATCAAGTA
+GACGACTATCAAGCTAGAGATATGCTGACGATGGTCTATATTGATAAGCTGTCACGCTTT
+GACATTATGGATAAGTTAGAGCTAACTGCAGACAGCCAATACTACTATCTGTTAAGAAGA
+GCGCACAAAAAGATAGACAAACGCTGTTGATTTAAGTAAAACGGAGCGCAGTCTAAAATC
+AAAGTGGTATAGTAGTAGCATAAAGAATTGAAACAAAGGCACCTTGGGTTTGAATCCCAG
+AAAAGCTTCTGAAAAACTTCCAGCTTGGGTTACTGGTGGCGACGGAGTAGGATGTTTTAA
+AGTCGTGCTAAATAATTACGGGTCCTGCAATGAGTCGAGTCACATCGGAGTCATTGAAAA
+ATAAATGGAAAGGGTAAACATCTTGTGACGGATGCCTAAAAAAACGATACACAATCCAGG
+TTGAGTGTATCACGCTTGTTTGTGCACCTTTTGGACAAGCGGTAGGAATATAGCTCAGAT
+GGTAGAGCGACAGACCTTTAATCTGCATGCGTAGGTTCGAGTCCTACTTTTCCTATTACA
+GTCACACAATCGTGTGGCTTTTTAATTTAGATTTGGAGGTGATTGACATAGCTAGAGTTA
+GACGTTGCAAGTACGCAGGTTGCAGAACCTTTGTAGATATAAGCGACGGGTACTACTGCA
+AGGAGCACGCAGACCAAGCACCTAAGCGTGAGGTATACTCACGTACGAAGTACAACAAGT
+ACACACGCAACAGGTCAGAAGATAAGCGAGAGCAATATAATTTTTATCGAAGCAAGATTT
+GGTCGAGCCTAAGACGAGTAGTCCTAGAACGTGACCACTATCTATGTCAATACTGTTTAG
+CTCTAGGTACTGTCACACCGAACAGCAAGATAGGTGACCACGTCACACCCTTCGAGGTAG
+CGCCTGAACTAAGGACGGACCCGAAGAACATTGCGACAGCTTGCAGAGCTTGCGATAATG
+CCAAAAGGACGCTAGAACAGCAAATCTATGGCACAGGGCAAGGTAACACGTTGCATAACC
+AACAACTACGGCTCACGGTCAAAGAATGGGCGCTAAAAATCAAGCACGCACGAGAAGCCC
+TATAAAAAGCCCGTAGAGCAATTTTAATTGGCGGAGGTATAATTCATCAAAACAAAATTT
+AAAACGTGCCCCCGCCCCTGTATGAGCCAAGGAAGAGCCACACAAAGGT
diff --git a/non-regression-tests/run_HK97.sh b/non-regression-tests/run_HK97.sh
index 2c1bc07884d0540ea4b3a16b2e950780287d3ee7..33a94c3452ba1e9eb5b96be2ba6de2065a0c7af6 100755
--- a/non-regression-tests/run_HK97.sh
+++ b/non-regression-tests/run_HK97.sh
@@ -6,3 +6,4 @@ SCRIPT_PATH=../phagetermvirome
 echo "running PhageTerm on HK97 genome"
 python $SCRIPT_PATH/PhageTerm.py -f $DATA_PATH/R1_1M_READS_EACH_PHAGE.fastq.20 -p $DATA_PATH/R2_1M_READS_EACH_PHAGE.fastq.20 -r $DATA_PATH/HK97_assembly.fasta || exit 1
 python check_HK97_res.py || exit 2
+-r
\ No newline at end of file
diff --git a/non-regression-tests/run_HK97_long.sh b/non-regression-tests/run_HK97_long.sh
index f73a421d50b34c06a2b654dd3efd4c1a124c9131..7fa5bfc109682a0a4cc296fcdb634174c919bc85 100755
--- a/non-regression-tests/run_HK97_long.sh
+++ b/non-regression-tests/run_HK97_long.sh
@@ -5,4 +5,4 @@ SCRIPT_PATH=../phagetermvirome
 
 echo "running PhageTerm on HK97 genome and a dataset with a minimum 50x coverage"
 python $SCRIPT_PATH/PhageTerm.py -f "$DATA_PATH/R1_1M_READS_EACH_PHAGE(1).fastq.4" -p "$DATA_PATH/R2_1M_READS_EACH_PHAGE(1).fastq.4" -r $DATA_PATH/HK97_assembly.fasta --nrt || exit 1
-python check_HK97_class.py || exit 2
+python check_HK97_n8_class.py || exit 2
diff --git a/non-regression-tests/run_HK97_long_multiproc.sh b/non-regression-tests/run_HK97_long_multiproc.sh
index 97cdd3f3fb8335bd2279d015002d92ca0f7c708c..429dbbba9b48aedd6738dc78263dc3e7c692959c 100755
--- a/non-regression-tests/run_HK97_long_multiproc.sh
+++ b/non-regression-tests/run_HK97_long_multiproc.sh
@@ -4,4 +4,4 @@ SCRIPT_PATH=../phagetermvirome
 
 echo "running PhageTerm on HK97 genome and a dataset with a minimum 50x coverage"
 python $SCRIPT_PATH/PhageTerm.py -c 4 -f "$DATA_PATH/R1_1M_READS_EACH_PHAGE(1).fastq.4" -p "$DATA_PATH/R2_1M_READS_EACH_PHAGE(1).fastq.4" -r $DATA_PATH/HK97_assembly.fasta --nrt
-python check_HK97_class.py
+python check_HK97_n8_class.py
diff --git a/non-regression-tests/run_n8.sh b/non-regression-tests/run_n8.sh
new file mode 100755
index 0000000000000000000000000000000000000000..7807ed8899d896ebecc146e594e366671b2fdd05
--- /dev/null
+++ b/non-regression-tests/run_n8.sh
@@ -0,0 +1,9 @@
+#/bin/bash
+DATA_PATH=./data
+SCRIPT_PATH=../phagetermvirome
+
+echo "running PhageTerm to check that the rearanged sequence bug is fixed"
+python $SCRIPT_PATH/PhageTerm.py -f "$DATA_PATH/n8_1.fq.gz" -p "$DATA_PATH/n8_1.fq.gz" -r $DATA_PATH/n8.fasta --report_title="n8" --nrt || exit 1
+python check_HK97_n8_class.py || exit 2
+python check_n8_res.py ||exit 3
+
diff --git a/phagetermvirome/PhageTerm.py b/phagetermvirome/PhageTerm.py
index 4894d27b4e8a36e5e6647bea2dfcac821db73362..e9104cc8396894f015a16745d3cc3774182c597f 100755
--- a/phagetermvirome/PhageTerm.py
+++ b/phagetermvirome/PhageTerm.py
@@ -39,7 +39,6 @@ from __future__ import print_function
 
 # Multiprocessing
 import multiprocessing
-import os
 from multiprocessing import Manager
 
 
@@ -47,7 +46,7 @@ from multiprocessing import Manager
 
 from utilities import checkReportTitle
 from functions_PhageTerm import *
-from common_readsCoverage_processing import processCovValuesForSeq
+from common_readsCoverage_processing import processCovValuesForSeq,RemoveEdge
 from main_utils import setOptions,checkOptArgsConsistency
 
 
@@ -63,36 +62,6 @@ def main():
     no_match = []
     draw = 0 # used when one wants to draw some graphs.
     chk_handler = RCCheckpoint_handler(tParms.chk_freq, tParms.dir_chk, tParms.test_mode)
-    ## VL: keep this code just in case we want to try GPU implementation again later.
-    # if tParms.gpu!=0:
-    #     ref_data = refData(inDArgs.refseq_liste, fParms.seed, inDArgs.hostseq)
-    #     nb_extracts=inRawDArgs.tot_reads
-    #     if (inRawDArgs.paired!=""):
-    #         nb_extracts_per_read=7
-    #     else:
-    #         nb_extracts_per_read=4
-    #     nb_extracts *= nb_extracts_per_read
-    #
-    #     gpu_mapping_res_dir = tParms.gpu_mapping_res_dir
-    #     wanted_gpu_nb_chunks = tParms.wanted_chunks
-    #     mapper = GPU_chunkMapper()
-    #     mapper.setRefData(ref_data)
-    #     mapper.setFicDir(gpu_mapping_res_dir)
-    #     nb_kmer_in_chunk = nb_extracts//wanted_gpu_nb_chunks
-    #     doMapping(nb_kmer_in_chunk, mapper, inRawDArgs.fastq, "", ref_data, nb_extracts_per_read)
-    #     if tParms.gpu_mapping_res_dir!=0:
-    #         exit() # Consider that if we put results in files, it is because we are processing large datasets on a cluster. Otherwise, go on working.
-    #
-    # if tParms.dir_cov_res!=None and tParms.gpu_mapping_res_dir!=None: # Process the mapping results produced by the GPU and put results in files
-    #     if tParms.idx_chunk==None or tParms.idx_seq==None:
-    #         print "Indicate index of chunk and sequence to process"
-    #         exit(1)
-    #     seq_info = seqInfo(inDArgs.refseq_liste[tParms.idx_seq],tParms.idx_seq, inDArgs.hostseq)
-    #     fname=os.path.join(tParms.gpu_mapping_res_dir,base_fname_rinfo+str(tParms.idx_chunk))
-    #     d_rinfo=load_d_rinfo(fname)
-    #     readsCoverageGPU_chunk(inRawDArgs.fastq, seq_info, tParms.idx_chunk, d_rinfo, fParms.edge, tParms.limit_coverage, fParms.virome, tParms.gpu_mapping_res_dir,
-    #                            tParms.dir_cov_res, logger=None)
-    #     exit() # Consider that if we put results in files, it is because we are processing large datasets on a cluster.
 
     if tParms.multi_machine:
         print("Running on cluster")
@@ -111,7 +80,6 @@ def main():
             for refseq in inDArgs.refseq_liste[idx_refseq:]:
                 readsCoverage(inRawDArgs, refseq, inDArgs, fParms,None,tParms.core_id, position[tParms.core_id], position[tParms.core_id + 1],
                               tParms,chk_handler,idx_refseq)
-                print("Processed: ", idx_refseq, " sequences")
                 idx_refseq+=1
             if tParms.core_id==0:
                 fname=os.path.join(tParms.dir_cov_mm,"nb_seq_processed.txt")
@@ -238,7 +206,7 @@ def main():
 
             # Sequence
             ExportCohesiveSeq(inRawDArgs.analysis_name, s_stats.ArtcohesiveSeq, s_stats.P_seqcoh, fParms.test_run)
-            ExportPhageSequence(inRawDArgs.analysis_name, s_stats.P_left, s_stats.P_right, refseq, s_stats.P_orient, s_stats.Redundant, s_stats.Mu_like, \
+            ExportPhageSequence(inRawDArgs.analysis_name, s_stats.P_left, s_stats.P_right, RemoveEdge(refseq, fParms.edge), s_stats.P_orient, s_stats.Redundant, s_stats.Mu_like, \
                                 s_stats.P_class, s_stats.P_seqcoh, fParms.test_run)
 
             # Report
@@ -284,7 +252,7 @@ def main():
                     idx_refseq=DR[DPC][DC]["idx_refseq_in_list"]
                     refseq=inDArgs.refseq_liste[idx_refseq]
                     multiCohSeq   += ExportCohesiveSeq(DC, stat_dict["ArtcohesiveSeq"], stat_dict["P_seqcoh"], fParms.test_run, 1)
-                    multiPhageSeq += ExportPhageSequence(DC, stat_dict["P_left"], stat_dict["P_right"], refseq, stat_dict["P_orient"], stat_dict["Redundant"], stat_dict["Mu_like"], stat_dict["P_class"], stat_dict["P_seqcoh"], fParms.test_run, 1)
+                    multiPhageSeq += ExportPhageSequence(DC, stat_dict["P_left"], stat_dict["P_right"], RemoveEdge(refseq, fParms.edge), stat_dict["P_orient"], stat_dict["Redundant"], stat_dict["Mu_like"], stat_dict["P_class"], stat_dict["P_seqcoh"], fParms.test_run, 1)
 
                     # Report
                     multiReport = CreateReport(phagename=DC,
diff --git a/phagetermvirome/functions_PhageTerm.py b/phagetermvirome/functions_PhageTerm.py
index 6c1f6d045fa013b6b53ff881b70fa2b56af11f55..79a11dd17df103a32ed3a69ee5345bb13dc81329 100644
--- a/phagetermvirome/functions_PhageTerm.py
+++ b/phagetermvirome/functions_PhageTerm.py
@@ -745,6 +745,7 @@ def ExportCohesiveSeq(phagename, ArtcohesiveSeq, P_seqcoh, test_run, multi = 0):
             filout.close()
     return ""
 
+
 def ExportPhageSequence(phagename, P_left, P_right, refseq, P_orient, Redundant, Mu_like, P_class, P_seqcoh, test_run, multi = 0):
     """Export the phage sequence reorganized and completed if needed."""
     if test_run:
diff --git a/phagetermvirome/generate_report.py b/phagetermvirome/generate_report.py
index c11c92c96d45e7ecdbb55f232b1343f89966c023..d40348849122ea950d7f0fa069703e4fcbfcd45f 100644
--- a/phagetermvirome/generate_report.py
+++ b/phagetermvirome/generate_report.py
@@ -4,6 +4,7 @@ import pickle
 from reportlab.platypus import SimpleDocTemplate, Paragraph, Spacer, Image, Table, TableStyle, PageBreak
 from reportlab.lib.pagesizes import letter, landscape
 from functions_PhageTerm import SummaryReport,WorkflowReport,ExportCohesiveSeq,ExportPhageSequence,CreateReport
+from common_readsCoverage_processing import RemoveEdge
 
 
 def loadDR(DR_path,DR):
@@ -109,7 +110,7 @@ def genReport(fParms,inDArgs,inRawDArgs,no_match,DR):
             idx_refseq = DR[DPC][DC]["idx_refseq_in_list"]
             refseq = inDArgs.refseq_liste[idx_refseq]
             multiCohSeq += ExportCohesiveSeq(DC, DR[DPC][DC]["ArtcohesiveSeq"], DR[DPC][DC]["P_seqcoh"], fParms.test_run, 1)
-            multiPhageSeq += ExportPhageSequence(DC, DR[DPC][DC]["P_left"], DR[DPC][DC]["P_right"], refseq,
+            multiPhageSeq += ExportPhageSequence(DC, DR[DPC][DC]["P_left"], DR[DPC][DC]["P_right"], RemoveEdge(refseq, fParms.edge),
                                                  DR[DPC][DC]["P_orient"], DR[DPC][DC]["Redundant"], DR[DPC][DC]["Mu_like"],
                                                  DR[DPC][DC]["P_class"], DR[DPC][DC]["P_seqcoh"], fParms.test_run, 1)
 
diff --git a/phagetermvirome/main_utils.py b/phagetermvirome/main_utils.py
index a888ded9ea2e6e232e7771ae1c57c28626518d43..042d4d0adaafe5c461d2829e3a995ef9bf5f4ef3 100755
--- a/phagetermvirome/main_utils.py
+++ b/phagetermvirome/main_utils.py
@@ -299,7 +299,6 @@ class InputDerivedDataArgs:
     def __init__(self,inputRaw,fparms):
         # REFERENCE sequence recovery and edge adds
         self.refseq_liste, self.refseq_name, refseq_rejected = genomeFastaRecovery(inputRaw.reference, fparms.limit_reference, fparms.edge)
-        #print strftime("%a, %d %b %Y %H:%M:%S +0000", gmtime())
         self.nbr_virome = len(self.refseq_liste)
         if self.nbr_virome == 0:
             print("\nERROR: All the reference(s) sequence(s) are under the length limitation : " + str(