finish functional tests for prepare module

.gitlab-ci.yml

PanACoTA/subcommands/prepare.py

PanACoTA/utils.py

PanACoTA/utils_argparse.py

test/test_functional/test_annote.py

test/test_functional/test_corepers.py

test/test_functional/test_prepare-parser.py

test/test_functional/test_prepare.py

test/test_unit/test_utils-argparse.py

test/test_unit/test_utils-logging.py

test/test_unit/test_utils.py