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......@@ -10,11 +10,59 @@ from mappy import fastx_read
from fs.osfs import OSFS as FS
#from fs.tempfs import TempFS as FS
# Older version
#fasta_transgene = """\
#>mex5_promoter
#ATATCAGTTTTTAAAAAATTAAACCATAAAACAAATAATATAACCCAATTTTTACATCAAACCACAAGAAAAAAATACATTTGGGCCCACGGATAAAGAAATTAAAAAAATACATTTTTTAAAGGCGCACCGAATTAAAATTCATTTGGGTCTTACCGCGTATACCGTACTCCGTTTGTTTGATCATTTTTGTCAGCGCTGGCGGTTGTTTTTTCATTTCATTTCTGCTTCAAAGACGTTTTCTCGAATAATTTTTCGTTTATTCTCTTTTTTAAAATTAATTTCTAGCCGTAAATGTTATAAATTCACCCATTTAACGCAAATTTCATGGTAATCTCATGGAAAAATGCAGTTTCTTTGTTAAAGAAAGCTTAAATAGCAAAAATTCCCCGACTTTCCCCAAAATCCTGCTCGATTTTCCGTTTTCTCATTGTATTCTCTCTTAATTAATTTTATCGATAATCAATTGAATGTTTCAGACAGAGA
#>exon_1
#ATGGTCTCAAAGGGTGAAGAAGATAACATGGCAATTATTAAAGAGTTTATGCGTTTCAAGGTGCATATGGAGGGATCTGTCAATGGGCATGAGTTTGAAATTGAAGGTGAAGGAGAAGGCCGACCATATGAGGGAACACAAACCGCAAAACTAAAG
#>intron_1
#GTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAG
#>exon_2
#GTAACTAAAGGCGGACCATTACCATTCGCCTGGGACATCCTCTCTCCACAGTTCATGTATGGAAGTAAAGCTTATGTTAAACATCCGGCAGATATACCAGATTATTTGAAACTTTCATTCCCGGAGGGTTTTAAGTGGGAACGCGTAATGAATTTTGAAGACGGAGGAGTTGTTACAGTGACGCAAGACTCAAG
#>intron_2
#GTAAGTTTAAACAGTTCGGTACTAACTAACCATACATATTTAAATTTTCAG
#>exon_3
#CCTCCAAGATGGAGAATTTATTTATAAAGTCAAACTTCGAGGAACGAATTTCCCCTCGGATGGACCTGTTATGCAGAAGAAGACTATGGGATGGGAAGCTTCAAGTGAAAGAATGTACCCTGAAGACGGTGCTCTTAAGGGAGAGATTAAACAACGTCTTAAATTGAAAGATGGAGGACATTACGATGCTGAG
#>intron_3
#GTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAG
#>exon_4
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#>his11
#ATGCCACCAAAGCCATCTGCCAAGGGAGCCAAGAAGGCCGCCAAGACCGTTACGAAGCCAAAGGACGGAAAGAAGAGACGTCATGCCCGTAAGGAATCATACTCCGTCTACATCTACCGTGTCCTCAAGCAAGTTCATCCAGACACTGGAGTTTCCTCCAAAGCCATGTCTATCATGAACTCTTTTGTCAACGATGTCTTCGAGCGTATTGCTGCTGAAGCATCCCGTCTTGCTCACTACAACAAGCGTTCCACAATCTCATCCCGCGAAATTCAGACCGCTGTCCGTCTGATCCTTCCAGGAGAGCTTGCCAAGCACGCCGTGTCTGAGGGAACCAAGGCCGTTACCAAGTACACTTCCAGCAAGTAA
#>tbb2_3UTR
#ATGCAAAATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAACTTTATTGTGCCGCCAAGAAAAAAGTC
#"""
# New version (19/12/2019)
fasta_transgene_caps = """\
>mex5_promoter
atctgcaagaaaatacattttcgactgattttacggttttcacaacggcaaaatatcagtttttaaaaaattaaaccataaaacaaataatataacccaatttttacatcaaaccacaagaaaaaaatacatttgggcccacggataaagaaattaaaaaaatacattttttaaaggcgcaccgaattaaaattcatttgggtcttaccgcgtataccgtactccgtttgtttgatcatttttgtcagcgctggcggttgttttttcatttcatttctgcttcaaagacgttttctcgaataatttttcgtttattctcttttttaaaattaatttctagccgtaaatgttataaattcacccatttaacgcaaatttcatggtaatctcatggaaaaatgcagtttctttgttaaagaaagcttaaatagcaaaaattccccgactttccccaaaatcctgctcgattttccgttttctcattgtattctctcttaattaattttatcgataatcaattgaatgtttcagacagaga
>exon_1
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>intron_1
GTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAG
>exon_2
GTAACTAAAGGCGGACCATTACCATTCGCCTGGGACATCCTCTCTCCACAGTTCATGTATGGAAGTAAAGCTTATGTTAAACATCCGGCAGATATACCAGATTATTTGAAACTTTCATTCCCGGAGGGTTTTAAGTGGGAACGCGTAATGAATTTTGAAGACGGAGGAGTTGTTACAGTGACGCAAGACTCAAG
>intron_2
GTAAGTTTAAACAGTTCGGTACTAACTAACCATACATATTTAAATTTTCAG
>exon_3
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>intron_3
GTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAG
>exon_4
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>his11
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>tbb2_3UTR
atgcaagatcctttcaagcattcccttcttctctatcactcttctttctttttgtcaaaaaattctctcgctaatttatttgcttttttaatgttattattttatgactttttatagtcactgaaaagtttgcatctgagtgaagtgaatgctatcaaaatgtgattctgtctgatgtactttcacaatctctcttcaattccattttgaagtgctttaaacccgaaaggttgagaaaaatgcgagcgctcaaatatttgtattgtgttcgttgagtgacccaacaaaaagaggaaa
"""
fasta_transgene = """\
>mex5_promoter
ATATCAGTTTTTAAAAAATTAAACCATAAAACAAATAATATAACCCAATTTTTACATCAAACCACAAGAAAAAAATACATTTGGGCCCACGGATAAAGAAATTAAAAAAATACATTTTTTAAAGGCGCACCGAATTAAAATTCATTTGGGTCTTACCGCGTATACCGTACTCCGTTTGTTTGATCATTTTTGTCAGCGCTGGCGGTTGTTTTTTCATTTCATTTCTGCTTCAAAGACGTTTTCTCGAATAATTTTTCGTTTATTCTCTTTTTTAAAATTAATTTCTAGCCGTAAATGTTATAAATTCACCCATTTAACGCAAATTTCATGGTAATCTCATGGAAAAATGCAGTTTCTTTGTTAAAGAAAGCTTAAATAGCAAAAATTCCCCGACTTTCCCCAAAATCCTGCTCGATTTTCCGTTTTCTCATTGTATTCTCTCTTAATTAATTTTATCGATAATCAATTGAATGTTTCAGACAGAGA
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>exon_1
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>exon_2
......@@ -26,11 +74,11 @@ CCTCCAAGATGGAGAATTTATTTATAAAGTCAAACTTCGAGGAACGAATTTCCCCTCGGATGGACCTGTTATGCAGAAGA
>intron_3
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>exon_4
GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGG
GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGGGAGGAGGAGGAGGTGGA
>his11
ATGCCACCAAAGCCATCTGCCAAGGGAGCCAAGAAGGCCGCCAAGACCGTTACGAAGCCAAAGGACGGAAAGAAGAGACGTCATGCCCGTAAGGAATCATACTCCGTCTACATCTACCGTGTCCTCAAGCAAGTTCATCCAGACACTGGAGTTTCCTCCAAAGCCATGTCTATCATGAACTCTTTTGTCAACGATGTCTTCGAGCGTATTGCTGCTGAAGCATCCCGTCTTGCTCACTACAACAAGCGTTCCACAATCTCATCCCGCGAAATTCAGACCGCTGTCCGTCTGATCCTTCCAGGAGAGCTTGCCAAGCACGCCGTGTCTGAGGGAACCAAGGCCGTTACCAAGTACACTTCCAGCAAGTAA
>tbb2_3UTR
ATGCAAAATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAACTTTATTGTGCCGCCAAGAAAAAAGTC
ATGCAAGATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAA
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