Update mCherry transgene.

make_mCherry_transgene.py

@@ -10,11 +10,59 @@ from mappy import fastx_read
 from fs.osfs import OSFS as FS
 #from fs.tempfs import TempFS as FS
 
+# Older version
+#fasta_transgene = """\
+#>mex5_promoter
+#ATATCAGTTTTTAAAAAATTAAACCATAAAACAAATAATATAACCCAATTTTTACATCAAACCACAAGAAAAAAATACATTTGGGCCCACGGATAAAGAAATTAAAAAAATACATTTTTTAAAGGCGCACCGAATTAAAATTCATTTGGGTCTTACCGCGTATACCGTACTCCGTTTGTTTGATCATTTTTGTCAGCGCTGGCGGTTGTTTTTTCATTTCATTTCTGCTTCAAAGACGTTTTCTCGAATAATTTTTCGTTTATTCTCTTTTTTAAAATTAATTTCTAGCCGTAAATGTTATAAATTCACCCATTTAACGCAAATTTCATGGTAATCTCATGGAAAAATGCAGTTTCTTTGTTAAAGAAAGCTTAAATAGCAAAAATTCCCCGACTTTCCCCAAAATCCTGCTCGATTTTCCGTTTTCTCATTGTATTCTCTCTTAATTAATTTTATCGATAATCAATTGAATGTTTCAGACAGAGA
+#>exon_1
+#ATGGTCTCAAAGGGTGAAGAAGATAACATGGCAATTATTAAAGAGTTTATGCGTTTCAAGGTGCATATGGAGGGATCTGTCAATGGGCATGAGTTTGAAATTGAAGGTGAAGGAGAAGGCCGACCATATGAGGGAACACAAACCGCAAAACTAAAG
+#>intron_1
+#GTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAG
+#>exon_2
+#GTAACTAAAGGCGGACCATTACCATTCGCCTGGGACATCCTCTCTCCACAGTTCATGTATGGAAGTAAAGCTTATGTTAAACATCCGGCAGATATACCAGATTATTTGAAACTTTCATTCCCGGAGGGTTTTAAGTGGGAACGCGTAATGAATTTTGAAGACGGAGGAGTTGTTACAGTGACGCAAGACTCAAG
+#>intron_2
+#GTAAGTTTAAACAGTTCGGTACTAACTAACCATACATATTTAAATTTTCAG
+#>exon_3
+#CCTCCAAGATGGAGAATTTATTTATAAAGTCAAACTTCGAGGAACGAATTTCCCCTCGGATGGACCTGTTATGCAGAAGAAGACTATGGGATGGGAAGCTTCAAGTGAAAGAATGTACCCTGAAGACGGTGCTCTTAAGGGAGAGATTAAACAACGTCTTAAATTGAAAGATGGAGGACATTACGATGCTGAG
+#>intron_3
+#GTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAG
+#>exon_4
+#GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGG
+#>his11
+#ATGCCACCAAAGCCATCTGCCAAGGGAGCCAAGAAGGCCGCCAAGACCGTTACGAAGCCAAAGGACGGAAAGAAGAGACGTCATGCCCGTAAGGAATCATACTCCGTCTACATCTACCGTGTCCTCAAGCAAGTTCATCCAGACACTGGAGTTTCCTCCAAAGCCATGTCTATCATGAACTCTTTTGTCAACGATGTCTTCGAGCGTATTGCTGCTGAAGCATCCCGTCTTGCTCACTACAACAAGCGTTCCACAATCTCATCCCGCGAAATTCAGACCGCTGTCCGTCTGATCCTTCCAGGAGAGCTTGCCAAGCACGCCGTGTCTGAGGGAACCAAGGCCGTTACCAAGTACACTTCCAGCAAGTAA
+#>tbb2_3UTR
+#ATGCAAAATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAACTTTATTGTGCCGCCAAGAAAAAAGTC
+#"""
+
+# New version (19/12/2019)
+fasta_transgene_caps = """\
+>mex5_promoter
+atctgcaagaaaatacattttcgactgattttacggttttcacaacggcaaaatatcagtttttaaaaaattaaaccataaaacaaataatataacccaatttttacatcaaaccacaagaaaaaaatacatttgggcccacggataaagaaattaaaaaaatacattttttaaaggcgcaccgaattaaaattcatttgggtcttaccgcgtataccgtactccgtttgtttgatcatttttgtcagcgctggcggttgttttttcatttcatttctgcttcaaagacgttttctcgaataatttttcgtttattctcttttttaaaattaatttctagccgtaaatgttataaattcacccatttaacgcaaatttcatggtaatctcatggaaaaatgcagtttctttgttaaagaaagcttaaatagcaaaaattccccgactttccccaaaatcctgctcgattttccgttttctcattgtattctctcttaattaattttatcgataatcaattgaatgtttcagacagaga
+>exon_1
+atgGGAGGTAGGGCCGGCTCTGTCTCAAAGGGTGAAGAAGATAACATGGCAATTATTAAAGAGTTTATGCGTTTCAAGGTGCATATGGAGGGATCTGTCAATGGGCATGAGTTTGAAATTGAAGGTGAAGGAGAAGGCCGACCATATGAGGGAACACAAACCGCAAAACTAAAG
+>intron_1
+GTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAG
+>exon_2
+GTAACTAAAGGCGGACCATTACCATTCGCCTGGGACATCCTCTCTCCACAGTTCATGTATGGAAGTAAAGCTTATGTTAAACATCCGGCAGATATACCAGATTATTTGAAACTTTCATTCCCGGAGGGTTTTAAGTGGGAACGCGTAATGAATTTTGAAGACGGAGGAGTTGTTACAGTGACGCAAGACTCAAG
+>intron_2
+GTAAGTTTAAACAGTTCGGTACTAACTAACCATACATATTTAAATTTTCAG
+>exon_3
+CCTCCAAGATGGAGAATTTATTTATAAAGTCAAACTTCGAGGAACGAATTTCCCCTCGGATGGACCTGTTATGCAGAAGAAGACTATGGGATGGGAAGCTTCAAGTGAAAGAATGTACCCTGAAGACGGTGCTCTTAAGGGAGAGATTAAACAACGTCTTAAATTGAAAGATGGAGGACATTACGATGCTGAG
+>intron_3
+GTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAG
+>exon_4
+GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGGGAGGAGGAGGAGGTGGA
+>his11
+ATGCCACCAAAGCCATCTGCCAAGGGAGCCAAGAAGGCCGCCAAGACCGTTACGAAGCCAAAGGACGGAAAGAAGAGACGTCATGCCCGTAAGGAATCATACTCCGTCTACATCTACCGTGTCCTCAAGCAAGTTCATCCAGACACTGGAGTTTCCTCCAAAGCCATGTCTATCATGAACTCTTTTGTCAACGATGTCTTCGAGCGTATTGCTGCTGAAGCATCCCGTCTTGCTCACTACAACAAGCGTTCCACAATCTCATCCCGCGAAATTCAGACCGCTGTCCGTCTGATCCTTCCAGGAGAGCTTGCCAAGCACGCCGTGTCTGAGGGAACCAAGGCCGTTACCAAGTACACTTCCAGCAAGTAA
+>tbb2_3UTR
+atgcaagatcctttcaagcattcccttcttctctatcactcttctttctttttgtcaaaaaattctctcgctaatttatttgcttttttaatgttattattttatgactttttatagtcactgaaaagtttgcatctgagtgaagtgaatgctatcaaaatgtgattctgtctgatgtactttcacaatctctcttcaattccattttgaagtgctttaaacccgaaaggttgagaaaaatgcgagcgctcaaatatttgtattgtgttcgttgagtgacccaacaaaaagaggaaa
+"""
+
 fasta_transgene = """\
 >mex5_promoter
-ATATCAGTTTTTAAAAAATTAAACCATAAAACAAATAATATAACCCAATTTTTACATCAAACCACAAGAAAAAAATACATTTGGGCCCACGGATAAAGAAATTAAAAAAATACATTTTTTAAAGGCGCACCGAATTAAAATTCATTTGGGTCTTACCGCGTATACCGTACTCCGTTTGTTTGATCATTTTTGTCAGCGCTGGCGGTTGTTTTTTCATTTCATTTCTGCTTCAAAGACGTTTTCTCGAATAATTTTTCGTTTATTCTCTTTTTTAAAATTAATTTCTAGCCGTAAATGTTATAAATTCACCCATTTAACGCAAATTTCATGGTAATCTCATGGAAAAATGCAGTTTCTTTGTTAAAGAAAGCTTAAATAGCAAAAATTCCCCGACTTTCCCCAAAATCCTGCTCGATTTTCCGTTTTCTCATTGTATTCTCTCTTAATTAATTTTATCGATAATCAATTGAATGTTTCAGACAGAGA
+ATCTGCAAGAAAATACATTTTCGACTGATTTTACGGTTTTCACAACGGCAAAATATCAGTTTTTAAAAAATTAAACCATAAAACAAATAATATAACCCAATTTTTACATCAAACCACAAGAAAAAAATACATTTGGGCCCACGGATAAAGAAATTAAAAAAATACATTTTTTAAAGGCGCACCGAATTAAAATTCATTTGGGTCTTACCGCGTATACCGTACTCCGTTTGTTTGATCATTTTTGTCAGCGCTGGCGGTTGTTTTTTCATTTCATTTCTGCTTCAAAGACGTTTTCTCGAATAATTTTTCGTTTATTCTCTTTTTTAAAATTAATTTCTAGCCGTAAATGTTATAAATTCACCCATTTAACGCAAATTTCATGGTAATCTCATGGAAAAATGCAGTTTCTTTGTTAAAGAAAGCTTAAATAGCAAAAATTCCCCGACTTTCCCCAAAATCCTGCTCGATTTTCCGTTTTCTCATTGTATTCTCTCTTAATTAATTTTATCGATAATCAATTGAATGTTTCAGACAGAGA
 >exon_1
-ATGGTCTCAAAGGGTGAAGAAGATAACATGGCAATTATTAAAGAGTTTATGCGTTTCAAGGTGCATATGGAGGGATCTGTCAATGGGCATGAGTTTGAAATTGAAGGTGAAGGAGAAGGCCGACCATATGAGGGAACACAAACCGCAAAACTAAAG
+ATGGGAGGTAGGGCCGGCTCTGTCTCAAAGGGTGAAGAAGATAACATGGCAATTATTAAAGAGTTTATGCGTTTCAAGGTGCATATGGAGGGATCTGTCAATGGGCATGAGTTTGAAATTGAAGGTGAAGGAGAAGGCCGACCATATGAGGGAACACAAACCGCAAAACTAAAG
 >intron_1
 GTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAG
 >exon_2
@@ -26,11 +74,11 @@ CCTCCAAGATGGAGAATTTATTTATAAAGTCAAACTTCGAGGAACGAATTTCCCCTCGGATGGACCTGTTATGCAGAAGA
 >intron_3
 GTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAG
 >exon_4
-GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGG
+GTGAAGACAACTTACAAAGCCAAAAAACCAGTTCAGCTGCCAGGAGCGTACAATGTTAATATTAAACTGGATATCACCTCCCACAACGAGGATTACACTATCGTTGAGCAATATGAAAGAGCTGAAGGGCGGCACTCGACAGGTGGCATGGATGAATTGTATAAGGGAGGAGGAGGAGGTGGA
 >his11
 ATGCCACCAAAGCCATCTGCCAAGGGAGCCAAGAAGGCCGCCAAGACCGTTACGAAGCCAAAGGACGGAAAGAAGAGACGTCATGCCCGTAAGGAATCATACTCCGTCTACATCTACCGTGTCCTCAAGCAAGTTCATCCAGACACTGGAGTTTCCTCCAAAGCCATGTCTATCATGAACTCTTTTGTCAACGATGTCTTCGAGCGTATTGCTGCTGAAGCATCCCGTCTTGCTCACTACAACAAGCGTTCCACAATCTCATCCCGCGAAATTCAGACCGCTGTCCGTCTGATCCTTCCAGGAGAGCTTGCCAAGCACGCCGTGTCTGAGGGAACCAAGGCCGTTACCAAGTACACTTCCAGCAAGTAA
 >tbb2_3UTR
-ATGCAAAATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAACTTTATTGTGCCGCCAAGAAAAAAGTC
+ATGCAAGATCCTTTCAAGCATTCCCTTCTTCTCTATCACTCTTCTTTCTTTTTGTCAAAAAATTCTCTCGCTAATTTATTTGCTTTTTTAATGTTATTATTTTATGACTTTTTATAGTCACTGAAAAGTTTGCATCTGAGTGAAGTGAATGCTATCAAAATGTGATTCTGTCTGATGTACTTTCACAATCTCTCTTCAATTCCATTTTGAAGTGCTTTAAACCCGAAAGGTTGAGAAAAATGCGAGCGCTCAAATATTTGTATTGTGTTCGTTGAGTGACCCAACAAAAAGAGGAAA
 """
 
 mCherry_transcript_parts = ["exon_1", "intron_1", "exon_2", "intron_2", "exon_3", "intron_3", "exon_4"]