Commit c452782f authored by Bertrand  NÉRON's avatar Bertrand NÉRON

replace info_replicon.dat by info_syst_annot.dat which contain new field "description"

parent 80662566
# Nouveautes:
Les 2 nouvelles colonnes "Gene-name" et "Description" sont à afficher dans le tableau.
J'ai constaté une erreur dans la colonne "Match": la valeur sctD2 n'existe plus, elle est remplacée par une valeur déjà existante. Par ailleurs j'ai changé les noms de gènes dans "Match", désormais ils commencent tous par une majusucule au lieu d'une minuscule. En effet la convention veut que les noms de protéines commencent par une majuscule.
J'ai annoté la ligne avec les noms de colonne, et le gène anormalement long que l'on avait constaté chez RHPP001p02.
# Ancien README_mobyle
Ci-joints deux fichiers de donnees a combiner pour avoir l'information pour chaque page statique.
Ces deux fichiers sont tabules, la tabulation servant de separateur de champs. Un "header" démarre chaque fichier, les champs seront désignés par la suite par les noms de colonne correspondant précédé d'un "$". Je ne sais pas à ce stade à quel point je dois vous détailler ceci... J'ai filé le texte de description avec des questions sur les fonctionnalités que j'aurais souhaité implémenter. N'hésitez pas si vous avez des idées/propositions pour améliorer ça !
Ces deux fichiers sont tabules, la tabulation servant de separateur de champs. Un "header" demarre chaque fichier, les champs seront designes par la suite par les noms de colonne correspondant precede d'un "$". Je ne sais pas a ce stade a quel point je dois vous detailler ceci... J'ai file le texte de description avec des questions sur les fonctionnalites que j'aurais souhaite implementer. N'hesitez pas si vous avez des idees/propositions pour ameliorer ca !
La colonne $Replicon des deux fichiers sert a faire le lien entre les systemes detectes (dans "info_syst.dat") et les informations relatives a chaque genome correspondant (dans le fichier "info_replicon.dat").
Une page statique correspondra à un systeme detecte (valeurs differentes de la colonne $System-code de "info_syst.dat").
Une page statique correspondra a un systeme detecte (valeurs differentes de la colonne $System-code de "info_syst.dat").
Description des fichiers:
......@@ -20,30 +31,30 @@ Replicon type: $Replicon_type
Replicon code: $Replicon
"""
Question1: Est-ce que l'on peut envisager de faire des champs "requetables"? Par exemple de faire des recherches sur le nom de la souche ($Strain) ? L'ideal serait que tous les champs précédents le soient, puis que la requete sorte une liste de liens vers les pages correspondantes?
Question1: Est-ce que l'on peut envisager de faire des champs "requetables"? Par exemple de faire des recherches sur le nom de la souche ($Strain) ? L'ideal serait que tous les champs precedents le soient, puis que la requete sorte une liste de liens vers les pages correspondantes?
1) "info_syst.dat"
Ce fichier comporte les resultats de la recherche du systeme de secretion de type III (T3SS) dans tous les genomes de notre methode de detection. Les données sont classées par nom de $Replicon, puis de gène $Gene-code qui correspond aussi à leur ordre le long des génomes analysés.
L'information relative à un système détecté (comme un système correspond à plusieurs gènes à coté, sauf quelques cas) sera donc trouvé dans des lignes consécutives et qui portent le meme $System-code.
Ce fichier comporte les resultats de la recherche du systeme de secretion de type III (T3SS) dans tous les genomes de notre methode de detection. Les donnees sont classees par nom de $Replicon, puis de gene $Gene-code qui correspond aussi a leur ordre le long des genomes analyses.
L'information relative a un systeme detecte (comme un systeme correspond a plusieurs genes a cote, sauf quelques cas) sera donc trouve dans des lignes consecutives et qui portent le meme $System-code.
On souhaiterait donc la creation d'une page statique par valeur possible de $System-code.
Chaque ligne de ce fichier correspond à un gène (d'identifiant unique $Gene-code, mais on a aussi l'identifiant unique de Refseq $Gene-Id) faisant partie, ou aux bords d'un T3SS. La taille $Protein-length, le sens de transcription $Strand et la position génomique (quand elle est connue) $Begin et $End (de début et fin) de ce gène sont indiqués.
Si ce gène a eu un hit avec un de nos profils HMMer, les colonnes suivantes indiquent quel profil de gène a "matché" $Match, puis des valeurs de score et statistiques de Hmmer sont données. Enfin, chaque sytème détecté s'est vu phylogénétiquement attribué une famille de T3SS, c'est la colonne $T3SS-family
Chaque ligne de ce fichier correspond a un gene (d'identifiant unique $Gene-code, mais on a aussi l'identifiant unique de Refseq $Gene-Id) faisant partie, ou aux bords d'un T3SS. La taille $Protein-length, le sens de transcription $Strand et la position genomique (quand elle est connue) $Begin et $End (de debut et fin) de ce gene sont indiques.
Si ce gene a eu un hit avec un de nos profils HMMer, les colonnes suivantes indiquent quel profil de gene a "matche" $Match, puis des valeurs de score et statistiques de Hmmer sont donnees. Enfin, chaque syteme detecte s'est vu phylogenetiquement attribue une famille de T3SS, c'est la colonne $T3SS-family
Comme nous l'avons discuté, nous aimerions que ces donnees soient affichées:
- sous forme graphique (représentation graphique des résultats de détection le long du génome)
- sous forme de tableau (présentation détaillée des résultats de Hmmer, des valeurs statistiques obtenues,...)
Comme nous l'avons discute, nous aimerions que ces donnees soient affichees:
- sous forme graphique (representation graphique des resultats de detection le long du genome)
- sous forme de tableau (presentation detaillee des resultats de Hmmer, des valeurs statistiques obtenues,...)
Je continue ma description d'une page type:
Il faudrait donc faire apparaitre de façon graphique les resultats de la recherche, sous forme de rectangles contigus afin de représenter les gènes le long du génome (lignes successives d'un meme système). Pour certains des gènes (en fait pour tous sauf ceux de deux organismes) nous disposons du sens du gène (colonne $Strand). Dans le cas ou cette information serait disponible, serait-il possible de représenter le gène par un rectangle-flèche? Pour la valeur "D" (pour direct), cela correspondrait à une flèche allant de gauche à droite, tandis que pour la valeur "C" (complementary), à une flèche allant de droite à gauche.
Attention, pour certains systèmes, tous les gènes d'un système ne sont pas contigus... (ce sont ceux dont le nom de système $System-code se termine par "p"). Dans ce cas les numéros (comptés de 10 en 10) contenus dand le champ $Gene-code ou $Gene-Id ne se suivent pas. Pourrait-on faire apparaitre graphiquement cela? Dans ce cas on pourrait soit ajouter un signe (comme "//") pour indiquer la césure dans les positions génomiques, ou encore imaginer de revenir à la ligne pour chaque "ilot" de gènes contigus.
Il faudrait donc faire apparaitre de facon graphique les resultats de la recherche, sous forme de rectangles contigus afin de representer les genes le long du genome (lignes successives d'un meme systeme). Pour certains des genes (en fait pour tous sauf ceux de deux organismes) nous disposons du sens du gene (colonne $Strand). Dans le cas ou cette information serait disponible, serait-il possible de representer le gene par un rectangle-fleche? Pour la valeur "D" (pour direct), cela correspondrait a une fleche allant de gauche a droite, tandis que pour la valeur "C" (complementary), a une fleche allant de droite a gauche.
Attention, pour certains systemes, tous les genes d'un systeme ne sont pas contigus... (ce sont ceux dont le nom de systeme $System-code se termine par "p"). Dans ce cas les numeros (comptes de 10 en 10) contenus dand le champ $Gene-code ou $Gene-Id ne se suivent pas. Pourrait-on faire apparaitre graphiquement cela? Dans ce cas on pourrait soit ajouter un signe (comme "//") pour indiquer la cesure dans les positions genomiques, ou encore imaginer de revenir a la ligne pour chaque "ilot" de genes contigus.
Question2: Ce serait aussi intéressant de pouvoir attribuer une couleur par gène du système différent (valeur $Match), et pour les gènes ayant un $Match renseigné (différent de "-" qui désigne une valeur manquante) d'afficher le nom du gène ($Match) en noir au milieu du rectangle. Les rectangles des gènes sans valeur $Match resteraient alors vides. C'est possible?
Question2: Ce serait aussi interessant de pouvoir attribuer une couleur par gene du systeme different (valeur $Match), et pour les genes ayant un $Match renseigne (different de "-" qui designe une valeur manquante) d'afficher le nom du gene ($Match) en noir au milieu du rectangle. Les rectangles des genes sans valeur $Match resteraient alors vides. C'est possible?
Question3: J'ai créé un schéma du système (en svg), serait-il possible de l'inclure en titre de page par exemple (à coté de la 1ère ligne d'en tete par exemple, ou meme d'un titre plus général), et faire correspondre les couleurs de ce schéma avec les couleurs des gènes dans les représenations graphiques des résultats discutées juste au-dessus?
Question3: J'ai cree un schema du systeme (en svg), serait-il possible de l'inclure en titre de page par exemple (a cote de la 1ere ligne d'en tete par exemple, ou meme d'un titre plus general), et faire correspondre les couleurs de ce schema avec les couleurs des genes dans les represenations graphiques des resultats discutees juste au-dessus?
Après la représentation graphique du résultat, ce serait bien d'avoir un tableau avec les résultats détaillés, avec d'abord un titre:
Apres la representation graphique du resultat, ce serait bien d'avoir un tableau avec les resultats detailles, avec d'abord un titre:
"""
Summary of T3SS search for the system "$System-code"
......
# 0 1 2 3 4
#Replicon Taxid Strain Taxonomy Replicon_type
ACAV001c01 397945 Acidovorax avenae subsp. citrulli AAC00-1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Comamonadaceae; Acidovorax. Chromosome
ACAV002c01 643561 Acidovorax avenae subsp. avenae ATCC 19860 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Comamonadaceae; Acidovorax. Chromosome
AESA001p02 382245 Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 plasmid pAsa5, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Aeromonadales; Aeromonadaceae; Aeromonas. Plasmid
ANDE001c01 290397 Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Anaeromyxobacter. Chromosome
ANDE002c01 455488 Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Anaeromyxobacter. Chromosome
ANSF001c01 404589 Anaeromyxobacter sp. Fw109-5, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Anaeromyxobacter. Chromosome
ANSP001c01 447217 Anaeromyxobacter sp. K, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Anaeromyxobacter. Chromosome
BIWA001WGSc01 563192 Bilophila wadsworthia 3_1_6, draft genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Bilophila; Bilophila wadsworthia Chromosome
BOBR001c01 257310 Bordetella bronchiseptica RB50, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Alcaligenaceae; Bordetella. Chromosome
BOPA001c01 257311 Bordetella parapertussis 12822, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Alcaligenaceae; Bordetella. Chromosome
BOPE001c01 257313 Bordetella pertussis Tohama I, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Alcaligenaceae; Bordetella. Chromosome
BRJA001c01 224911 Bradyrhizobium japonicum USDA 110, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium. Chromosome
BUAM001c02 398577 Burkholderia ambifaria MC40-6 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUAM001c03 398577 Burkholderia ambifaria MC40-6 chromosome 3, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUC1001c02 640512 Burkholderia sp. CCGE1003 chromosome chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUCC001c02 331271 Burkholderia cenocepacia AU 1054 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUCC003c02 331272 Burkholderia cenocepacia HI2424 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUCC004c03 406425 Burkholderia cenocepacia MC0-3 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUCC005c02 216591 Burkholderia cenocepacia J2315 chromosome 2, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUCE002c02 339670 Burkholderia cepacia AMMD chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUCE002c03 339670 Burkholderia cepacia AMMD chromosome 3, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUGD001c02 999541 Burkholderia gladioli BSR3 chromosome chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUGE001c02 640510 Burkholderia sp. CCGE1001 chromosome chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUGL001c02 626418 Burkholderia glumae BGR1 chromosome 2, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUMA001c02 243160 Burkholderia mallei ATCC 23344 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUMA003c01 412022 Burkholderia mallei NCTC 10229 chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUMA005c01 320389 Burkholderia mallei NCTC 10247 chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Chromosome
BUMU001c02 395019 Burkholderia multivorans ATCC 17616 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUMU002c02 395019 Burkholderia multivorans ATCC 17616 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
BUPS001c02 272560 Burkholderia pseudomallei K96243 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group. Chromosome
BUPS002c02 320372 Burkholderia pseudomallei 1710b chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group. Chromosome
BUPS003c02 320373 Burkholderia pseudomallei 668 chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group. Chromosome
BUPS004c02 357348 Burkholderia pseudomallei 1106a chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group. Chromosome
BURH001p01 882378 Burkholderia rhizoxinica HKI 454 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia. Plasmid
BUTH001c02 271848 Burkholderia thailandensis E264 chromosome II, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group. Chromosome
BUVI001c02 269482 Burkholderia vietnamiensis G4 chromosome 2, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex. Chromosome
CHAB001c01 218497 Chlamydophila abortus S26/3, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHCA001c01 227941 Chlamydophila caviae GPIC, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHFE001c01 264202 Chlamydophila felis Fe/C-56, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHMU001c01 243161 Chlamydia muridarum Nigg, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHPN001c01 115711 Chlamydophila pneumoniae AR39, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHPN002c01 115713 Chlamydophila pneumoniae CWL029, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHPN004c01 182082 Chlamydophila pneumoniae TW-183, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHPN010c01 138677 Chlamydophila pneumoniae J138, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHPS001c01 331636 Chlamydophila psittaci 6BC chromosome, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydophila. Chromosome
CHTR001c01 272561 Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHTR002c01 315277 Chlamydia trachomatis A/HAR-13, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHTR003c01 471473 Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHTR004c01 471472 Chlamydia trachomatis 434/Bu, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHTR005c01 580049 Chlamydia trachomatis, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHTR006c01 672161 Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Chlamydiaceae; Chlamydia. Chromosome
CHVI001c01 243365 Chromobacterium violaceum ATCC 12472, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Chromobacterium. Chromosome
CIRO001c01 637910 Citrobacter rodentium ICC168, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Citrobacter. Chromosome
CUTA001c02 164546 Cupriavidus taiwanensis str. LMG19424 chromosome 2, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Cupriavidus. Chromosome
DEPI001WGSc01 411464 Desulfovibrio piger ATCC 29098, draft genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio; Desulfovibrio piger Chromosome
DEVU001p01 882 Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough megaplasmid, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio. Plasmid
DEVU002p01 391774 Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris DP4 plasmid pDVUL01, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio. Plasmid
DEVU003c01 883 Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F', complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio. Chromosome
DIDA002c01 590409 Dickeya dadantii Ech586, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Dickeya. Chromosome
DIDA003c01 198628 Dickeya dadantii 3937 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Dickeya. Chromosome
DIZE001c01 561229 Dickeya zeae Ech1591, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Dickeya. Chromosome
EDIC001c01 634503 Edwardsiella ictaluri 93-146, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Edwardsiella. Chromosome
EDTA001c01 498217 Edwardsiella tarda EIB202, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Edwardsiella. Chromosome
ERAM001c01 716540 Erwinia amylovora ATCC 49946, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia. Chromosome
ERAM002c01 552 Erwinia amylovora, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia. Chromosome
ERCA001c01 218491 Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Pectobacterium. Chromosome
ERPY001c01 634499 Erwinia pyrifoliae Ep1/96, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia. Chromosome
ERTA001c01 465817 Erwinia tasmaniensis Et1/99, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia. Chromosome
ESCO002c01 386585 Escherichia coli O157:H7 str. Sakai, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO003c01 155864 Escherichia coli O157:H7 EDL933, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO010c01 585056 Escherichia coli UMN026, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO015c01 444450 Escherichia coli O157:H7 str. EC4115, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO020c01 574521 Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO027c01 573235 Escherichia coli O26:H11 str. 11368, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO028c01 544404 Escherichia coli O157:H7 str. TW14359, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO029c01 585396 Escherichia coli O111:H- str. 11128, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO030c01 585395 Escherichia coli O103:H2 str. 12009, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
ESCO032c01 701177 Escherichia coli O55:H7 str. CB9615 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Chromosome
HACH001c01 349521 Hahella chejuensis KCTC 2396, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Oceanospirillales; Hahellaceae; Hahella. Chromosome
HADE001c01 572265 Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum), complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; aphid secondary symbionts; Candidatus Chromosome
HESE001c01 757424 Herbaspirillum seropedicae SmR1 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Oxalobacteraceae; Herbaspirillum. Chromosome
MAME001c01 717774 Marinomonas mediterranea MMB-1 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Oceanospirillales; Marinomonas. Chromosome
MELO001c01 266835 Mesorhizobium loti MAFF303099, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Phyllobacteriaceae; Mesorhizobium. Chromosome
MYFU001c01 483219 Myxococcus fulvus HW-1 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Myxococcus. Chromosome
MYXA001c01 246197 Myxococcus xanthus DK 1622, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Myxococcaceae; Myxococcus. Chromosome
PAAC001c01 765952 Parachlamydia acanthamoebae UV7, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Parachlamydiaceae; Parachlamydia. Chromosome
PASP001c01 264201 Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Parachlamydiaceae; Candidatus Protochlamydia. Chromosome
PECR001c01 561230 Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Pectobacterium. Chromosome
PHAB001c01 553480 Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica ATCC 43949 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Photorhabdus. Chromosome
PHLU001c01 243265 Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Photorhabdus. Chromosome
PRMI001c01 529507 Proteus mirabilis HI4320, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Proteus. Chromosome
PSAE001c01 208964 Pseudomonas aeruginosa PAO1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSAE002c01 208963 Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSAE004c01 557722 Pseudomonas aeruginosa LESB58, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSBR001c01 994484 Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum NFM421 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSMU001c01 399739 Pseudomonas mendocina ymp, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSSY001c01 223283 Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSSY002c01 205918 Pseudomonas syringae pv. syringae B728a, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
PSSY003c01 264730 Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas. Chromosome
RASO001p01 267608 Ralstonia solanacearum GMI1000 plasmid pGMI1000MP, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia. Plasmid
RASO002p01 859657 Ralstonia solanacearum PSI07, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia. Plasmid
RASO003p01 859656 Ralstonia solanacearum CFBP2957 plasmid RCFBPv3_mp, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia. Plasmid
RASO004p01 859655 Ralstonia solanacearum str. CMR15 plasmid CMR15_mp, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia. Plasmid
RHPP001p01 394 Rhizobium sp. NGR234 plasmid pNGR234b, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium. Plasmid
RHPP001p02 394 Rhizobium sp. NGR234 plasmid pNGR234a, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium. Plasmid
SAEN001c01 99287 Salmonella typhimurium LT2, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella. Chromosome
SAEN002c01 220341 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN003c01 209261 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN004c01 321314 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Chromosome
SAEN005c01 272994 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN006c01 41514 Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:--, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella. Chromosome
SAEN007c01 423368 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN008c01 454169 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN009c01 439843 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Chromosome
SAEN010c01 454166 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN011c01 554290 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Chromosome
SAEN012c01 439851 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN013c01 550538 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. 287/91, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SAEN014c01 550537 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Chromosome
SAEN015c01 295319 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Chromosome
SAEN016c01 476213 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi C strain RKS4594, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica subsp. enterica Chromosome
SHBA001c01 325240 Shewanella baltica OS155, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella. Chromosome
SHBA002c01 399599 Shewanella baltica OS195, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella. Chromosome
SHBO002p03 344609 Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Shigella. Plasmid
SHDY001p01 300267 Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Shigella. Plasmid
SHFL001p01 198214 Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Shigella. Plasmid
SHSO001p01 300269 Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Shigella. Plasmid
SHVI001c01 637905 Shewanella violacea DSS12, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella. Chromosome
SINE001c01 331113 Simkania negevensis Z chromosome gsn.131, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Simkaniaceae; Simkania. Chromosome
SOGL001c01 343509 Sodalis glossinidius str. 'morsitans', complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Sodalis. Chromosome
STAR001c01 378806 Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Cystobacteraceae; Stigmatella. Chromosome
VAPA002c01 595537 Variovorax paradoxus EPS chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Comamonadaceae; Variovorax. Chromosome
VESP001c01 240016 Verrucomicrobium spinosum DSM 4136. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Verrucomicrobia; Verrucomicrobiae; Verrucomicrobiales; Verrucomicrobiaceae; Verrucomicrobium Chromosome
VIEX001c01 150340 Vibrio sp. Ex25 chromosome 1, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Vibrio. Chromosome
VIHA001c01 338187 Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 chromosome I, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Vibrio. Chromosome
VIPA001c01 223926 Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 chromosome I, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Vibrio. Chromosome
WACH001c01 716544 Waddlia chondrophila WSU 86-1044 chromosome, complete genome. Bacteria; Chlamydiae/Verrucomicrobia group; Chlamydiae; Chlamydiales; Waddliaceae; Waddlia. Chromosome
XAAL001c01 29447 Xanthomonas albilineans, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XAAX001c01 190486 Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XACA001c01 190485 Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XACA002c01 314565 Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XACA003c01 316273 Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XAOR001c01 291331 Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XAOR002c01 342109 Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XAOR003c01 360094 Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
XAOR004c01 509169 Xanthomonas campestris pv. campestris, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Xanthomonadales; Xanthomonadaceae; Xanthomonas. Chromosome
YEEN001c01 393305 Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEEN001p01 393305 Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 plasmid pYVe8081, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEEN002c01 994476 Yersinia enterocolitica subsp. palearctica 105.5R(r) chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEEN002p01 994476 Yersinia enterocolitica subsp. palearctica 105.5R(r) plasmid 105.5R(r)p, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE001c01 214092 Yersinia pestis CO92, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE001p03 214092 Yersinia pestis CO92 plasmid pCD1, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE002c01 187410 Yersinia pestis KIM 10, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE003c01 229193 Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE003p01 229193 Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pCD1, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE004c01 360102 Yersinia pestis Antiqua, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE004p03 360102 Yersinia pestis Antiqua plasmid pCD, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE005c01 377628 Yersinia pestis Nepal516, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE006c01 386656 Yersinia pestis Pestoides F, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE006p02 386656 Yersinia pestis Pestoides F plasmid CD, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE007p01 349746 Yersinia pestis Angola plasmid new_pCD, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPE008c01 637386 Yersinia pestis Z176003 chromosome, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPE008p03 637386 Yersinia pestis Z176003 plasmid pCD1, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPS001c01 273123 Yersinia pseudotuberculosis IP 32953, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPS001p01 273123 Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 plasmid pYV, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
YEPS002c01 349747 Yersinia pseudotuberculosis IP 31758, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPS003c01 502800 Yersinia pseudotuberculosis YPIII, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPS004c01 502801 Yersinia pseudotuberculosis PB1/+, complete genome. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Chromosome
YEPS004p01 502801 Yersinia pseudotuberculosis PB1/+ plasmid pYPTS01, complete sequence. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. Plasmid
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