bash error when star (pass2) input is fastq.gz

workflow/rules/sortmerna.rules

@@ -53,11 +53,11 @@ rule sortmerna:
         
         if [[ ${{#infiles[@]}} -eq 2 ]];
         then
-            sortmerna --ref ${{fasta}} --idx-dir ${{idxdir}} --workdir {params.tmpdir} -threads {threads} --reads ${{infiles[0]}} --reads ${{infiles[1]}} --aligned {output.rRNA} --fastx --out2 --paired_out --other {output.no_rRNA}  -v > {log.out} 2> {log.err}
-            mv {output.no_rRNA}_fwd.fastq {output.no_rRNA}[0]
-            mv {output.no_rRNA}_rev.fastq {output.no_rRNA}[1]
-            mv {output.rRNA}_fwd.fastq {output.rRNA}[0]
-            mv {output.rRNA}_rev.fastq {output.rRNA}[1]
+            sortmerna --ref ${{fasta}} --idx-dir ${{idxdir}} --workdir {params.tmpdir}/{wildcards.SAMPLE} -threads {threads} --reads ${{infiles[0]}} --reads ${{infiles[1]}} --aligned out_paired_ribo --fastx --out2 --paired_out --other out_paired  -v > {log.out} 2> {log.err}
+            mv out_paired_fwd.fastq {output.no_rRNA[0]}
+            mv out_paired_rev.fastq {output.no_rRNA[1]}
+            mv out_paired_ribo_fwd.fastq {output.rRNA[0]}
+            mv out_paired_ribo_rev.fastq {output.rRNA[1]}
 
         else
             sortmerna --ref ${{fasta}} --idx-dir ${{idxdir}} --workdir {params.tmpdir} -threads {threads} --reads ${{infiles[0]}} --aligned {output.rRNA} --fastx --other {output.no_rRNA}  -v > {log.out} 2> {log.err}
@@ -66,5 +66,6 @@ rule sortmerna:
         fi
 
 
+        rm  {params.tmpdir}/{wildcards.SAMPLE}
 
         """

workflow/rules/star_mapping_pass2.rules

@@ -46,10 +46,7 @@ rule star_mapping_pass2:
         star_mapping_pass2_logs
     shell:
         """ 
-        tmp="{input}"
-        infiles=($tmp)
-
-        if [[ ${{infiles[0]}} == "*.gz"  ]]
+        if [[ {input.fastq[0]} =~ \.gz$ ]]
         then
             STAR --genomeDir {params.index} \
                  --readFilesIn {input.fastq}  \