footnote markdown

assigned to @rplanel

added Technical label

This issue is about rendering footnote markdown, right ?

What would be awesome is that we could write something like :

It has been shown that this system has effect against this phage [^10.1038/nmicrobiol.2017.92]. 
blablabla

::article-doi-list
---
items:
    - doi: 10.1126/science.1138140
---
::

And that [^10.1038/nmicrobiol.2017.92] is rendered as (Barrangou et al, 2017) (thanks to the zotero DB) and links to the article, and this item will also appear automatically in the article-doi-list, or should it be another section ?

Is this possible @rplanel ?

What do you think @ftesson ?

It could be nice to fix this issue before the hackaton, so people know how to make ref.

changed milestone to %fixed before hackaton

mentioned in issue #147 (closed)

created branch footnote-markdown to address this issue

mentioned in merge request !22 (merged)

J'ai une solution quick and dirty. La syntaxe inline est : :ref{doi=10.1023/A:1002027321171} mais ça nécessite d'ajouter manuellement le doi au composant article-doi-list. Par example:

bla bla bla :ref{doi=10.1023/A:1002027321171}.

du texte du texte du texte du texte
du texte du texte du texte du texte

### Relevant Abstracts

::article-doi-list
---
items:
    - doi: 10.1023/A:1002027321171
    - doi: 10.1016/j.mib.2005.06.006
    - doi: 10.1093/nar/gkac467
---
::

Est-ce que ça irait pour la hackathon ?

Comment ça rend comment à la fin ?

J'ai peur que les gens oublient de le mettre dans la doi list, on peut partir là dessus, mais si tu trouves un moyen, c'est top ! :)

J'ai trouvé un moyen de rendre ça automatique. Tous les dois trouvé dans le front matter :

title: Abi2
tableColumns:
    article:
      doi: 10.1016/j.mib.2005.06.006
    Activator: ''
    Effector: ''
    PFAM: PF07751
relevantAbstracts:
  - doi: 10.1016/j.mib.2005.06.006

dans le tableau d'objets relevantAbstracts + les :ref{doi=<mon-super-doi>} trouvés dans le body, seront automatiquement ajoutés au composant article-doi-list.

Par ailleurs, il n'est plus nécessaire d'ajouter :

## Relevant abstracts

::article-doi-list
---
items:
    - doi: 10.1023/A:1002027321171
    - doi: 10.1016/j.mib.2005.06.006

---
::

à la fin de chaque article puisque ce paragraphe est généré automatiquement si je trouve des entrées dans relevantAbstracts dans le front matter OU des dois dans le md sous la forme :ref{doi=<mon-super-doi>}

Vous en pensez quoi ?

Oui je pense que c'est top. Peut-être qu'on pourrait merger les relevant abstract avec l'article du frontmatter non ? Il faudrait réorganiser un peu l'affichage ds le tableau. En tout cas c'est un super début. Il faudra qu'on explique juste la différence entre l'article qui fini dans le tableau, et les relevant abstracts.

Tu veux dire ajouter automatiquement l'article du tableau qui liste les systèmes avec la liste des relevants abstracts si celui-ci ne s'y trouve pas ?

@ftesson suggère d'avoir 2 sections, 1 pr les relevant abstract et 1 pour les ref, vu que dans les ref, il peut y avoir des ref qui sont en lien avec autre chose.

mentioned in merge request !23 (merged)

mentioned in merge request !28 (merged)

closed