Update LINcoding.py

LINcoding.py

@@ -432,19 +432,19 @@ parser = argparse.ArgumentParser()
 
 parser.add_argument("-i", dest="fichier_tsv",    type=str, required=True, help="file name : file of profiles isolates")
 
-parser.add_argument("-r", dest="fichier_lin",    type=str,                help="file name .lin")
-parser.add_argument("-s", dest="fichier_txt",    type=str,                help="file name to sort strains")
-parser.add_argument("-ns", dest="sort",          type=str,                help="Y for no sort strains")
-parser.add_argument("-a", dest="alea",           type=str,                help="Y for ordre aleatoire")
+parser.add_argument("-r",    dest="fichier_lin",    type=str,                help="file name .lin")
+parser.add_argument("-s",    dest="fichier_txt",    type=str,                help="file name to sort strains")
+parser.add_argument("-ns",   dest="sort",          type=str,                help="Y for no sort strains")
+parser.add_argument("-a",    dest="alea",           type=str,                help="Y for ordre aleatoire")
 
-parser.add_argument("-t", dest="id",             type=str,                help="numero(s) column(s) name isolats, ex : 0-2,6")
-parser.add_argument("-l", dest="loci",           type=str,                help="numero(s) column(s) name isolats, ex : 2-265,300")
+parser.add_argument("-t",    dest="id",             type=str,                help="numero(s) column(s) name isolats, ex : 0-2,6")
+parser.add_argument("-l",    dest="loci",           type=str,                help="numero(s) column(s) name isolats, ex : 2-265,300")
 
-parser.add_argument("-b", dest="bins",           type=str,                help="bins, ex : 5,20,80,95,100")
-parser.add_argument("-o", dest="fichier_sorti",  type=str, help="file out")
+parser.add_argument("-b",    dest="bins",           type=str,                help="bins, ex : 5,20,80,95,100")
+parser.add_argument("-o",    dest="fichier_sorti",  type=str,                help="file out")
 
-parser.add_argument("-tree", dest="t", type=str, required=True, help="create tree : Y ")
-parser.add_argument("-lg", dest="len_branche", type=str, help="Y => longueur des branches")
+parser.add_argument("-tree", dest="t",           type=str,                help="create tree : Y ")
+parser.add_argument("-lg"  , dest="len_branche", type=str,                help="Y => longueur des branches")
 
 args = parser.parse_args()