21.10

fqCleanER.sh

@@ -3206,21 +3206,21 @@ fq2oligo() {
   rm -f $cmd ;
 
   display_aliens "POLY" | grep -v -F "##" > $2 ;
-  if [ -e $o11 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.1."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o11 ; fi
-  if [ -e $o12 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.2."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o12 ; fi
-  if [ -e $o1s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o1s ; fi 
-  if [ -e $o1m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.M."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o1m ; fi
-  if [ -e $o21 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.1."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o21 ; fi
-  if [ -e $o22 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.2."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o22 ; fi
-  if [ -e $o2s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o2s ; fi 
-  if [ -e $o2m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.M."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o2m ; fi
-  if [ -e $o31 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.1."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o31 ; fi
-  if [ -e $o32 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.2."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o32 ; fi
-  if [ -e $o3s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o3s ; fi 
-  if [ -e $o3m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.M."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o3m ; fi
-  if [ -e $o4s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib4.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o4s ; fi 
-  if [ -e $o5s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib5.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o5s ; fi 
-  if [ -e $o6s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib6.S."(++i);print}' >> $2 ; rm -f $o6s ; fi 
+  if [ -e $o11 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.1."(++i);print}' $o11 >> $2 ; rm -f $o11 ; fi
+  if [ -e $o12 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.2."(++i);print}' $o12 >> $2 ; rm -f $o12 ; fi
+  if [ -e $o1s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.S."(++i);print}' $o1s >> $2 ; rm -f $o1s ; fi 
+  if [ -e $o1m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib1.M."(++i);print}' $o1m >> $2 ; rm -f $o1m ; fi
+  if [ -e $o21 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.1."(++i);print}' $o21 >> $2 ; rm -f $o21 ; fi
+  if [ -e $o22 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.2."(++i);print}' $o22 >> $2 ; rm -f $o22 ; fi
+  if [ -e $o2s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.S."(++i);print}' $o2s >> $2 ; rm -f $o2s ; fi 
+  if [ -e $o2m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib2.M."(++i);print}' $o2m >> $2 ; rm -f $o2m ; fi
+  if [ -e $o31 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.1."(++i);print}' $o31 >> $2 ; rm -f $o31 ; fi
+  if [ -e $o32 ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.2."(++i);print}' $o32 >> $2 ; rm -f $o32 ; fi
+  if [ -e $o3s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.S."(++i);print}' $o3s >> $2 ; rm -f $o3s ; fi 
+  if [ -e $o3m ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib3.M."(++i);print}' $o3m >> $2 ; rm -f $o3m ; fi
+  if [ -e $o4s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib4.S."(++i);print}' $o4s >> $2 ; rm -f $o4s ; fi 
+  if [ -e $o5s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib5.S."(++i);print}' $o5s >> $2 ; rm -f $o5s ; fi 
+  if [ -e $o6s ]; then $BAWK '!/^>/&&(length()>=20){print">lib6.S."(++i);print}' $o6s >> $2 ; rm -f $o6s ; fi 
   
   return 0 ;
 }
@@ -4051,6 +4051,7 @@ then
     echo -n "$(chrono) inferring alien oligos ... " ;
     fq2oligo $INFQ $ALIENFILE $TMP_DIR $NTHREADS ;
     echo "[ok]" ;
+    cat $ALIENFILE ;
   elif [ -e $ALIENS ]
   then
     cat $ALIENS > $ALIENFILE ;
@@ -4060,7 +4061,6 @@ then
     echo "+ ALIENS=$ALIENS" ;
   fi 
   if [ ! -s $ALIENFILE ]; then echo "no alien oligo (option -a)" >&2 ; rm -rf $TMP_DIR ; exit 1 ; fi
-  echo "+ ALIENFILE=$ALIENFILE" ;
 fi
 
 ## CONTA SEQUENCE(S)  ########################################################################################