redo all unit and functional tests

.gitlab-ci.yml

@@ -77,17 +77,17 @@ unit-test-ubuntu:
   script:
     - ls Examples/genomes_init/genome1.fst
     - py.test test/test_unit/test_utils.py -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_utils-logging.py -xv
-    # - py.test test/test_unit/test_utils-pan.py -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_utils-argparse.py -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_prepare -v -x
-    # - py.test test/test_unit/test_annotate/test_genome_func.py -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_annotate/test_annotation*  -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_annotate/test_format* -v -x
-    # - py.test test/test_unit/test_pangenome -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_corepers -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_align -vx
-    # - py.test test/test_unit/test_tree -xv
+    - py.test test/test_unit/test_utils-logging.py -xv
+    - py.test test/test_unit/test_utils-pan.py -vx
+    - py.test test/test_unit/test_utils-argparse.py -vx
+    - py.test test/test_unit/test_prepare -v -x
+    - py.test test/test_unit/test_annotate/test_genome_func.py -vx
+    - py.test test/test_unit/test_annotate/test_annotation*  -vx
+    - py.test test/test_unit/test_annotate/test_format* -v -x
+    - py.test test/test_unit/test_pangenome -vx
+    - py.test test/test_unit/test_corepers -vx
+    - py.test test/test_unit/test_align -vx
+    - py.test test/test_unit/test_tree -xv
     - coverage report
     - mv .coverage .coverage-unit
   artifacts:
@@ -107,16 +107,16 @@ func-test-ubuntu:
     - pip3 install -r requirements-dev.txt
     - ./make
   script:
-    # - py.test test/test_functional/test_pangenome.py -vx
+    - py.test test/test_functional/test_pangenome.py -vx
     - py.test test/test_functional/test_pangenome-parser.py -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_corepers* -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_align-parser.py -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_align.py -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_tree* -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_annote-parser.py -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_annote.py -xv
-    # - py.test test/test_functional/test_all* -vx
-    # - py.test test/test_functional/test_prepare* -vx
+    - py.test test/test_functional/test_corepers* -vx
+    - py.test test/test_functional/test_align-parser.py -vx
+    - py.test test/test_functional/test_align.py -vx
+    - py.test test/test_functional/test_tree* -vx
+    - py.test test/test_functional/test_annote-parser.py -vx
+    - py.test test/test_functional/test_annote.py -xv
+    - py.test test/test_functional/test_all* -vx
+    - py.test test/test_functional/test_prepare* -vx
     - coverage report
     - mv .coverage .coverage-functional
   artifacts: