Add file to directly run core example

Examples/commands/4-Corepers.sh

@@ -3,3 +3,6 @@ PanACoTA corepers -p Examples/3-pangenome/PanGenome-GENO3.All.prt-clust-0.8-mode
 
 # strict persistent at 95%
 PanACoTA corepers -p Examples/3-pangenome/PanGenome-GENO3.All.prt-clust-0.8-mode1_<date>.tsv.lst -o Examples/4-corepers -t 0.95
+
+# run only coregenome step from example
+PanACoTA corepers -p Examples/input_files/core-input/PanGenome-example.lst -o Examples/4-corepers
\ No newline at end of file

Examples/input_files/core-input/PanGenome-example.lst

+1 GEN4.1111.00001.0001b_00001 GENO.0321.00001.0001b_00002 GENO.1216.00002.0001b_00001 GENO.1216.00002.0001i_00002
+2 GEN4.1111.00001.0001i_00003
+3 GEN4.1111.00001.0001i_00005 GENO.0321.00001.0002i_00005 GENO.1216.00002.0001i_00006
+4 GEN4.1111.00001.0001i_00008 GENO.0321.00001.0002i_00010 GENO.1216.00002.0002b_00009
+5 GEN4.1111.00001.0001b_00009 GENO.0321.00001.0002b_00011 GENO.1216.00002.0002b_00010
+6 GENO.0321.00001.0001b_00001
+7 GEN4.1111.00001.0001i_00002 GENO.0321.00001.0002b_00003 GENO.1216.00002.0001i_00003
+8 GENO.0321.00001.0002i_00008
+9 GEN4.1111.00001.0001i_00007 GENO.0321.00001.0002i_00009 GENO.1216.00002.0001b_00008
+10 GENO.1216.00002.0001i_00004
+11 GEN4.1111.00001.0001i_00004 GENO.0321.00001.0002i_00004 GENO.1216.00002.0001i_00005
+12 GEN4.1111.00001.0001i_00006 GENO.0321.00001.0002i_00006 GENO.0321.00001.0002i_00007 GENO.1216.00002.0001i_00007
+13 GENO.1216.00002.0003b_00011
+14 GENO.1216.00002.0003b_00012