Merge branch 'master' of gitlab.pasteur.fr:hub/rnaflow

runme.sh

@@ -27,10 +27,12 @@ module load subread/2.0.0
 module load deepTools/3.4.1
 module load MultiQC/1.9
 
-sbatch -q hubbioit -p hubbioit snakemake -q hubbioit -p hubbioit --cluster-config config/cluster_config.json --cluster "sbatch --mem={cluster.ram} --cpus-per-task={threads} -q hubbioit -p hubbioit" -j 300 --nolock
+sbatch -q hubbioit -p hubbioit snakemake --cluster-config config/cluster_config.json --cluster "sbatch --mem={cluster.ram} --cpus-per-task={threads} -q hubbioit -p hubbioit" -j 300 --nolock
 
 
 # or without module: 
 conda activate snakemake
-
-sbatch -q hubbioit -p hubbioit snakemake -q hubbioit -p hubbioit --cluster-config config/cluster_config.json --use-envmodules --cluster "sbatch --mem={cluster.ram} --cpus-per-task={threads} -q hubbioit -p hubbioit" -j 300 --nolock
+#check the pipeline:
+snakemake --use-envmodules -n
+#run the pipeline
+sbatch -q hubbioit -p hubbioit snakemake --cluster-config config/cluster_config.json --use-envmodules --cluster "sbatch --mem={cluster.ram} --cpus-per-task={threads} -q hubbioit -p hubbioit" -j 300 --nolock