2.01

contig_info.sh

@@ -70,12 +70,13 @@
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 #                                                                                                           #
 #  ================                                                                                         #
-#  = MANUAL       =                                                                                         #
+#  = FUNCTIONS    =                                                                                         #
 #  ================                                                                                         #
 #                                                                                                           #
+# = mandoc() =============================================================================================  #
+#   prints the doc                                                                                          #
 #                                                                                                           #
-if [ "$1" == "-h" ] || [ $# -lt 1 ]
-then
+mandoc() {
   echo -e "\n\033[1m contig_info v$VERSION           $COPYRIGHT\033[0m";
   cat <<EOF
 
@@ -93,16 +94,7 @@ then
    -h          prints this help and exits
 
 EOF
-  [ "$1" == "-h" ] && exit 0 || exit 1 ;
-fi
-#                                                                                                           #
-#############################################################################################################
-
-#############################################################################################################
-#                                                                                                           #
-#  ================                                                                                         #
-#  = FUNCTIONS    =                                                                                         #
-#  ================                                                                                         #
+}
 #                                                                                                           #
 # = randomfile() =========================================================================================  #
 #   creates a random file within $TEMP_DIR and returns its name                                             #
@@ -118,6 +110,8 @@ randomfile() {
 #### INITIALIZING PARAMETERS AND READING OPTIONS                                                         ####
 ####                                                                                                     ####
 #############################################################################################################
+if [ $# -lt 1 ]; then mandoc ; exit 1 ; fi
+
 export LC_ALL=C;
 
 MIN_CONTIG_LGT=1;
@@ -125,15 +119,15 @@ GENOME_SIZE=0;
 RES_CONTENT=false;
 TSVOUT=false;
 
-while getopts m:g:tr option
+while getopts m:g:trh option
 do
   case $option in
-    m)  MIN_CONTIG_LGT=$OPTARG                            ;;
-    g)  GENOME_SIZE=$OPTARG                               ;;
-    r)  RES_CONTENT=true                                  ;;
-    t)  TSVOUT=true                                       ;;
-    :)  echo "option $OPTARG : missing argument" ; exit 1 ;;
-    \?) echo "$OPTARG : option invalide" ;         exit 1 ;;
+    m)  MIN_CONTIG_LGT=$OPTARG ;;
+    g)  GENOME_SIZE=$OPTARG    ;;
+    r)  RES_CONTENT=true       ;;
+    t)  TSVOUT=true            ;;
+    h)  mandoc ;        exit 0 ;;
+    \?) mandoc ;        exit 1 ;;
   esac
 done
 if ! [[ $MIN_CONTIG_LGT =~ ^[0-9]+$ ]]; then echo " incorrect value (option -m): $MIN_CONTIG_LGT"                           >&2 ; exit 1 ; fi