now handle PE files

data/test_PE1.fq

data/test_PE2.fq

src/FqAuxBackend.cpp

src/FqAuxBackend.h

src/FqConstants.h

src/FqMainBackend.cpp

src/FqMainBackend.h

src/Makefile.am

src/fqreader.cpp

src/fqreader.h

src/srp.h

src/unit_test_fqreader.cpp