Add cleanup sections where it was missing

01_INVENTORY/INVENTORY_01_dump_REDCap_database.R

@@ -160,6 +160,15 @@ write.table(dat_inventory_raw,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(INVENTORY_OUT_01_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_INV
 ######################################################################

02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_01_dump_REDCap_database.R

@@ -132,6 +132,15 @@ write.table(dat_observational_raw,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(OBSERVATIONAL_OUT_01_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
 ######################################################################

02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_02_curate_REDCap_raw_data.R

@@ -84,6 +84,15 @@ write.table(dat_observational_curated,
 
 
 
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm(OBSERVATIONAL_OUT_02_FILENAME)
+
+
+
+
+
 ######################################################################
 ### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
 ######################################################################

02_OBSERVATIONAL/OBSERVATIONAL_03_QC_02_merging_observational_and_inventory_data_integrity.R

@@ -79,4 +79,23 @@ tmp = dat_observational_curated %>%
                                     nested_hhid   = "\\d{2}", 
                                     "-", 
                                     nested_subjid = "\\d{2}"), too_few = "debug")
-  
+
+
+
+
+
+######################################################################
+### CLEANUP
+######################################################################
+rm()
+
+
+
+
+
+######################################################################
+### UPDATE DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS
+######################################################################
+DATA_EXTRACT_IS_RECENT_OBS    <- as.logical(difftime(time1 = Sys.Date(), 
+                                                     time2 = as.Date(ifelse(exists("DATA_EXTRACT_TS_OBS"), DATA_EXTRACT_TS_OBS, DATA_EXTRACT_TS_DEFAULT)), 
+                                                     units = "days") <= DATA_EXTRACT_EXPIRY_TIME_D)